SeRMN Wiki

This page is read only. You can view the source, but not change it. Ask your administrator if you think this is wrong.
====== Base de dades de metabolòmica BBIOREFCODE ======

===== Compra del BBIOREFCODE =====

L'any 2007 el SeRMN va sol·licitar un ajut per la compra d'un base de dades de metabonòmica a la convocatòria de [[http://www10.gencat.net/agaur_web/ | l’Agència de Gestió d’Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR)]] per a atorgar [[http://www10.gencat.net/agaur_web/AppJava/a_beca.jsp?categoria=recerca&id_beca=12321 | ajuts per a equipament i infraestructura destinats a la recerca (PEIR - DGR 2007)]]. La petició es va resoldre favorablement amb la [[http://www10.gencat.net/agaur_web/generados/catala/home/recurs/doc/res_peir07.pdf | concessió de l'ajut PEIR07-B-00010-50.]] L'any 2008 es va executar la compra a l'empresa Bruker Española, S.A., compra que va incloure,
  * la base de dades BBIOREFCODE 2-0-0
  * una llicència flotant del programa [[http://www.bruker-biospin.com/amix.html | Amix]], i
  * una llicència del programa [[http://www.perchsolutions.com/products/PERCH%20Tools%20for%20BRUKER%a0Software.html | PERCH Tools for BRUKER Software.]]

===== BBIOREFCODE 2-0-0 =====

A principis de 2009 vàrem rebre un CD-R amb la base de dades BBIOREFCODE, composada per les dades espectroscòpiques de rmn 1D i 2D de 500 metabòlits. El CD-R contenia un únic fitxer, aparentment en format TAR, que després de nombrosos intents, només es va poder obrir amb el programa [[http://www.winzip.com/ | WinZip]], cosa que ens fa pensar que es tracta d'una versió no estàndard de fitxer TAR.

Per altra banda, el CD-R no venia amb cap manual d'instruccions per instal·lar-ho. Les instruccions per importar bases de dades es troben al manual de l'Amix, //Chapter 14, Spectra bases.//

==== CD-R disponibles ====

{{ :metabonomica:bbiorefcode-2-0-0_contingut.png?300|Contingut de la carpeta BBIOREFCODE}} El fitxer té una mida aproximada de 554 MB i un cop descomprimit ocupa uns 880 MB, i conté 167.471 fitxers agrupats en 14.823 carpetes. Ateses les dificultats amb el format del fitxer, he gravat dos CD-R que contenen,
  - la base de dades descomprimida. Aquest format és poc eficient per copiar el contingut a un disc dur, però permet la consulta directe del contingut de la base de dades.
  - La base de dades comprimida en un fitxer ZIP suposadament estàndard. Aquest és el CD-R recomanat per instal·lar la base de dades en un ordinador, ja que només s'ha de copiar un fitxer ZIP del CD al disc dur, i s'ha de descomprimir tot seguit.

==== Organització de la base de dades ====

El contingut de la base de dades s'organitza en carpetes de la següent forma,

<code>
bbiorefcode-2-0-0
|-- docu
|-- info
|-- pat
`-- ref
    |-- 1,2-propanediol
    |-- 1,3-diaminopropane
    |-- 1,3-dimethylurea
    |-- 1,3-propanediol
    |-- 1,6-anhydro-b-D-glucose
    |-- 1,7-dimethyluricacid
    |-- 1-butanol
    :
    :
    |-- xanthine
    |-- xanthopterin
    |-- xanthosine
    |-- xanthurenicacid
    `-- xylitol

504 directories
</code>

on

  * les carpetes **docu** i **info** no contenen cap fitxer,
  * la carpeta **pat** conté els següents fitxers,
    - 1D.med
    - cosygs.med
    - invchlr.med
    - invch.med
    - invchmod.txt
    - jresa.med
    - pattern1.med
    - pattern_file.txt
    - pattern_hasc.med
    - tocsyph.med
  * i la carpeta **ref** conté 500 carpetes, cadascuna de les quals conté les **dades espectroscòpiques** d'un dels 500 metabòlits que composen la base de dades.

==== Compostos a la base de dades ====

(Per ordre alfabètic)

| 1,2-propanediol | beta-leucine | methanol |
| 1,3-diaminopropane | biotin | methionine |
| 1,3-dimethylurea | butyricacid | methyl-3-hydroxybutyrate |
| 1,3-propanediol | cadaverine | methylamine |
| 1,6-anhydro-b-D-glucose | caffeine | methylguanidine |
| 1,7-dimethyluricacid | caprylicacid | methylmalonicacid |
| 1-butanol | carnitine | mucicacid |
| 1-methyl-2-pyrrolidone | carnosine | myo-inositol |
| 1-methylnicotinamide | catechol | N1-acetylspermine |
| 1-methyluricacid | chloramphenicol | N2-acetyl-L-ornithine |
| 1-phenylethylalcohol | chlormequat | N8-acetylspermidine |
| 2,2-dimethylsuccinicacid | chlorogenicacid | N-acetyl-5-hydroxytryptamine |
| 2,3-dihydroxybenzoicacid | cholicacid | N-acetylalanine |
| 2-(4-hydroxyphenyl)propionicacid | choline | N-acetylarginine |
| 2,5-dihydroxypyridine | cis-4-hydroxy-D-proline | N-acetylasparticacid |
| 2,5-furandicarboxylicacid | cis-aconiticacid | N-acetylcysteine |
| 2-amino-2-methylsuccinicacid | cis,cis-muconicacid | N-acetyl-D-glucosamine |
| 2-amino-3-phosphonopropionicacid | citraconicacid | N-acetylglycine |
| 2-amino-5-hydroxybenzoicacid | citramalicacid | N-acetyl-L-glutamicacid |
| 2-aminoadipicacid | citricacid | N-acetyl-L-glutamine |
| 2-aminobutyricacid | citrulline | N-acetyllysine |
| 2-aminoimidazole | cotinine | N-acetylneuraminicacid |
| 2-aminoisobutyricacid | creatine | N-acetylphenylalanine |
| 2-aminophenol | creatinine | N-acetylputrescine |
| 2-aminopropanol | crotonaldehyde | N-acetyltryptophan |
| 2-butanone | crotonicacid | N-acetyltyrosine |
| 2-chlorophenol | cyclohexanone | N-amidinotaurine |
| 2-deoxyadenosine | cycloleucine | niacinamide |
| 2-deoxycytidine-5-monophosphate | cysteicacid | nicotinamide-N-oxide |
| 2-ethylacrylicacid | cysteine | nicotinamideribotide |
| 2-furoicacid | cystine | nicotinicacid |
| 2-hexanone | cytidine | nicotinuricacid |
| 2-hydroxy-2-methylbutyricacid | cytosine | N-isovaleroylglycine |
| 2-hydroxy-3-methylvalericacid | deoxycytidine | N-methylasparticacid |
| 2-hydroxy-4-methylvalericacid | deoxyinosine | N-methyl-L-alanine |
| 2-hydroxy-5-methoxybenzoicacid | deoxyuridine | N-methyl-L-proline |
| 2-hydroxybutyricacid | desthiobiotin | N-methylnicotinamide |
| 2-hydroxyglutaricacid | D-galactose | N-methyltryptamine |
| 2-hydroxyisobutyricacid | D-gluconicacid | N-methyltyramine |
| 2-hydroxyisovalericacid | D-glucosamine | N,N-dimethylglycine |
| 2-hydroxyphenylaceticacid | D-glucose | norepinephrine |
| 2-hydroxypyridine | D-glucuronicacid | norleucine |
| 2-hydroxyvalericacid | diethanolamine | normetanephrine |
| 2-ketobutyricacid | diethylmalonicacid | norvaline |
| 2-methylbutyricacid | diglycolicacid | octanoyl-L-carnitine |
| 2-methylbutyrylglycine | dihydrouracil | o-hydroxyhippuricacid |
| 2-methylglutaricacid | dimethylamine | O-methylserotonin |
| 2-methylsuccinicacid | dimethylphthalate | ornithine |
| 2-oxoglutaricacid | dimethylsulfide | oroticacid |
| 2-oxohexanoicacid | dithiothreitol | oxypurinol |
| 2-oxoisocaproicacid | D,L-2,6-diaminopimelicacid | pantothenicacid |
| 2-pentanone | D-lactose | paracetamol |
| 2-phenylacetamide | D,L-cystathionine | paracetamol-glucuronide |
| 2-phenylbutyricacid | D-mannitol | paracetamol-sulfate |
| 2-phenylpropionicacid | D-mannose | para-coumaricacid |
| 3-(2,4-dihydroxyphenyl)propionicacid | dopamine | paraxanthine |
| 3-(2-hydroxyphenyl)propionicacid | D-panthenol | patulin |
| 3-(3,4-dihydroxyphenyl)propionicacid | D-raffinose | p-cresol |
| 3,3-dimethylacrylicacid | D-saccharicacid | pentaglycine |
| 3-(3-hydroxyphenyl)propionicacid | D-sorbitol | phenacetin |
| 3,4-dihydroxybenzoicacid | D-xylose | phenol |
| 3,4-dihydroxymandelicacid | ectoine | phenylaceticacid |
| 3,4-dihydroxyphenylaceticacid | epicatechine | phenylacetylglycine |
| 3,4-dihydroxyphenylalanine | ethanol | phenylalanine |
| 3,7-dimethyluricacid | ethanolamine | phenylethylalcohol |
| 3-amino-1,2,4-triazole | ethionine | phenylethylamine |
| 3-aminoadipicacid | ethosuximide | phenylpropionylglycine |
| 3-aminobutyricacid | ethyl-2-methylacetoacetate | phloreticacid |
| 3-aminoisobutyricacid | ethylcrotonate | phloroglucinol |
| 3-hydroxy-2-butanone | ethyleneglycol | phosphocreatine |
| 3-hydroxy-3-methylglutaricacid | ethylmalonicacid | phosphoenolpyruvate |
| 3-hydroxy-4-methoxymandelicacid | folicacid | phosphoethanolamine |
| 3-hydroxyadipicacid | formicacid | phosphothreonine |
| 3-hydroxyanthranilicacid | fructose | phthalicacid |
| 3-hydroxybenzoicacid | fumaricacid | picolinicacid |
| 3-hydroxybutyricacid | furoylglycine | pimelicacid |
| 3-hydroxyglutaricacid | galactinol | piperazine |
| 3-hydroxyglutaricacidethylester | galactitol | porphobilinogen |
| 3-hydroxyisovalericacid | galactose-1-phosphate | proline |
| 3-hydroxymandelicacid | gallicacid | propanol |
| 3-hydroxyphenylaceticacid | gamma-butyrolactone | propionicacid |
| 3-hydroxypropionicacid | gentisicacid | propionylcarnitine |
| 3-hydroxysebacicacid | glucose-D-1-phosphate | propionylglycine |
| 3-methoxytyramine | glutamicacid | pseudouridine |
| 3-methoxytyrosine | glutamine | purine |
| 3-methyl-2-oxovalericacid | glutaricacid | putrescine |
| 3-methyladipicacid | glycericacid | pyridoxal-5-phosphate |
| 3-methylasparticacid | glycerol | pyridoxamine |
| 3-methylbutanol | glycerol-1-phosphate | pyridoxicacid |
| 3-methylcatechol | glycerophosphocholine | pyridoxine |
| 3-methylcrotonylglycine | glycine | pyrimidine |
| 3-methylglutaconicacid | glycolicacid | pyrrolidine |
| 3-methylglutaricacid | glycyl-L-leucine | pyruvicacid |
| 3-methylhistamine | glyoxylicacid | quinicacid |
| 3-methylhistidine | guaiacol | quinoline-3-carboxylicacid |
| 3-oxoadipicacid | guanidinoaceticacid | quinolinicacid |
| 3-phenyllacticacid | guanidinopropionicacid | R-adrenaline |
| 3-phenylpropionicacid | guanidinosuccinicacid | resorcine |
| 3-phenylpropionylglycine | guanosine | ribitol |
| 3-sulfinoalanine | guanosine-5-diphosphate | S-5-adenosyl-L-homocysteine |
| 3-tyramine | guanosine-5-phosphate | salicylicacid |
| 3-ureidopropionicacid | hexanoicacid | salidroside |
| 4-aminobenzoicacid | hexanoylglycine | sarcosine |
| 4-aminobutyricacid | hippuricacid | scyllo-inositol |
| 4-aminohippuricacid | histamine | sebacicacid |
| 4-aminophenol | histidine | sepiapterin |
| 4-guanidinobutyricacid | homoarginine | serine |
| 4-heptanone | homocysteine | serotonin |
| 4-hydroxy-3-methoxyphenylglycol | homogentisicacid | shikimicacid |
| 4-hydroxybenzoicacid | homoserine | spermidine |
| 4-hydroxybutyricacid | homovanillicacid | S-sulphocysteine |
| 4-hydroxyhippuricacid | hordenine | subericacid |
| 4-hydroxymandelicacid | hydantoicacid | suberylglycine |
| 4-hydroxymethylimidazole | hydroferulicacid | succinamide |
| 4-hydroxyphenylaceticacid | hydroquinone | succinicacid |
| 4-hydroxyphenylethanol | hydroxyacetone | succinimide |
| 4-hydroxyphenyllacticacid | hyocholicacid | sucrose |
| 4-phenylbutyricacid | hyodeoxycholicacid | tartaricacid |
| 5,6-dihydrothymine | hypotaurine | taurine |
| 5-aminopentanoicacid | hypoxanthine | taurocyamine |
| 5-hydroxyanthranilicacid | ibuprofen | terephthalicacid |
| 5-hydroxyindole-3-aceticacid | imidazole | theobromine |
| 5-hydroxymethylfurfural | imidazoleaceticacid | thiodiaceticacid |
| 5-hydroxymethyluracil | indole-3-aceticacid | thioglycolicacid |
| 5-hydroxytryptophan | indole-3-ethanol | threitol |
| 5-methoxytryptophol | indole-3-lacticacid | threonicacid |
| 5-methylcytosine | indole-3-propionicacid | threonine |
| 6-methyladenine | indoxylsulfate | thymidine |
| 6-methylnicotinicacid | inosine | thymine |
| 7-methylxanthine | isethionicacid | thymol |
| acetaldehyde | isobarbituricacid | tiglicacid |
| acetamide | isobutyricacid | tiglylglycine |
| acetanilide | isobutyrylcarnitine | trans-2-hydroxycinnamicacid |
| aceticacid | isobutyrylglycine | trans-3-hexenedioicacid |
| acetoaceticacid | isocaproicacid | trans-3-hydroxycinnamicacid |
| acetone | isocitricacid | trans-aconiticacid |
| acetophenone | isoferulicacid | trans-caffeicacid |
| acetylcholine | isoglutamine | tricarballylicacid |
| acetyl-L-carnitine | isohomovanillicacid | tricine |
| adenine | isonicotinicacid | triethanolamine |
| adenosine | isopropanolamine | trigonelline |
| adenosine-5-diphosphate | isovalericacid | trimethylamine |
| adipicacid | isovalerylcarnitine | trimethylamine-N-oxide |
| agmatine | itaconicacid | tromethamine |
| alanine | ketoleucine | tropicacid |
| allantoin | kynurenicacid | tryptamine |
| allopurinol | kynurenine | tryptophan |
| alpha-D-glucose | lacticacid | tyramine |
| alpha-D-mannose-1-phosphate | L-allo-isoleucine | tyrosine |
| alpha-hydroxyhippuricacid | lanthionine | uracil |
| aniline | L-dihydrooroticacid | ureidosuccinicacid |
| anserine | leucine | uridine |
| anthranilicacid | levulinicacid | uridine-5-monophosphate |
| arabinose | lipoicacid | urocanicacid |
| arabitol | L-isoleucine | valericacid |
| arbutin | L-pyroglutamicacid | valerylglycine |
| arginine | lysine | valine |
| ascorbicacid | maleicacid | valproicacid |
| asparagine | maleimide | vanillicacid |
| asparticacid | malicacid | vanillin |
| azelaicacid | mandelicacid | vanilmandelicacid |
| benzamidine | melatonin | xanthine |
| benzimidazole | melibiose | xanthopterin |
| benzoicacid | mesaconicacid | xanthosine |
| beta-alanine | meso-tartaricacid | xanthurenicacid |
| beta-D-glucose | methacrylicacid | xylitol |
| betaine | methanethiol |   |

==== Actualització a la versió 2.0.1 ====

El novembre de 2009 la base de dades es va actualitzar a la versió 2.0.1, que incorpora les següents millores:
  - Instal·lació gràfica de la base de dades i programes auxiliars.
  - Nova versió del programa AMIX (v. 3.0.2) que millora el processament d'espectres 2D.
  - Addició d'uns 50 nous compostos.

===== AMIX =====

Aquest programa fa servir el mateix software gestor de llicències que el Topspin, o sigui que es podria demanar una llicència flotant que permetés executar el programa AMIX a qualsevol ordinador autoritzat (caldrà comprovar cóm restringir l'accés al servidor de llicències).

===== PERCH Tools for BRUKER Software =====

Al lloc web de l'empresa desenvolupadora trobareu una [[http://www.perchsolutions.com/products/PERCH%20Tools%20for%20BRUKER%a0Software.html | descripció breu del programa]] i unes senzilles [[http://www.perchsolutions.com/Downloads/install.html | instruccions d'instal·lació]] on s'explica com obtenir la llicència d'ús del programa.

<WRAP important>
Aquest programa només està disponible per Windows i la llicència només és vàlida per l'ordinador en que s'instal·la.
</WRAP>

Sortosament, hi ha una versió gratuïta "The LITE-Edition covering most of the features of previous version is now FREEWARE for academic users." Per més informació consulta [[http://www.perchsolutions.com/sales/sales.html | la pàgina de vendes]] o la pàgina que compara les [[http://www.perchsolutions.com/sales/licenses.html | característiques de les versions disponibles.]]

===== Ordinador DataAnalysis/AMIX  =====

Els programes AMIX, Perch Tools i la base de dades BBIOREFCODE s'han instal·lat en un ordinador disponible pels usuaris del SeRMN. La [[administracio_sermn:amix-computer_configuracio | configuració d'aquest ordinador]] es pot consultar a la Intranet del SeRMN.
SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Page Tools
