User Tools

Site Tools


bbiorefcode

Base de dades de metabolòmica BBIOREFCODE

Compra del BBIOREFCODE

L'any 2007 el SeRMN va sol·licitar un ajut per la compra d'un base de dades de metabonòmica a la convocatòria de l’Agència de Gestió d’Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR) per a atorgar ajuts per a equipament i infraestructura destinats a la recerca (PEIR - DGR 2007). La petició es va resoldre favorablement amb la concessió de l'ajut PEIR07-B-00010-50. L'any 2008 es va executar la compra a l'empresa Bruker Española, S.A., compra que va incloure,

BBIOREFCODE 2-0-0

A principis de 2009 vàrem rebre un CD-R amb la base de dades BBIOREFCODE, composada per les dades espectroscòpiques de rmn 1D i 2D de 500 metabòlits. El CD-R contenia un únic fitxer, aparentment en format TAR, que després de nombrosos intents, només es va poder obrir amb el programa WinZip, cosa que ens fa pensar que es tracta d'una versió no estàndard de fitxer TAR.

Per altra banda, el CD-R no venia amb cap manual d'instruccions per instal·lar-ho. Les instruccions per importar bases de dades es troben al manual de l'Amix, Chapter 14, Spectra bases.

CD-R disponibles

Contingut de la carpeta BBIOREFCODE El fitxer té una mida aproximada de 554 MB i un cop descomprimit ocupa uns 880 MB, i conté 167.471 fitxers agrupats en 14.823 carpetes. Ateses les dificultats amb el format del fitxer, he gravat dos CD-R que contenen,

  1. la base de dades descomprimida. Aquest format és poc eficient per copiar el contingut a un disc dur, però permet la consulta directe del contingut de la base de dades.
  2. La base de dades comprimida en un fitxer ZIP suposadament estàndard. Aquest és el CD-R recomanat per instal·lar la base de dades en un ordinador, ja que només s'ha de copiar un fitxer ZIP del CD al disc dur, i s'ha de descomprimir tot seguit.

Organització de la base de dades

El contingut de la base de dades s'organitza en carpetes de la següent forma,

bbiorefcode-2-0-0
|-- docu
|-- info
|-- pat
`-- ref
    |-- 1,2-propanediol
    |-- 1,3-diaminopropane
    |-- 1,3-dimethylurea
    |-- 1,3-propanediol
    |-- 1,6-anhydro-b-D-glucose
    |-- 1,7-dimethyluricacid
    |-- 1-butanol
    :
    :
    |-- xanthine
    |-- xanthopterin
    |-- xanthosine
    |-- xanthurenicacid
    `-- xylitol

504 directories

on

  • les carpetes docu i info no contenen cap fitxer,
  • la carpeta pat conté els següents fitxers,
    1. 1D.med
    2. cosygs.med
    3. invchlr.med
    4. invch.med
    5. invchmod.txt
    6. jresa.med
    7. pattern1.med
    8. pattern_file.txt
    9. pattern_hasc.med
    10. tocsyph.med
  • i la carpeta ref conté 500 carpetes, cadascuna de les quals conté les dades espectroscòpiques d'un dels 500 metabòlits que composen la base de dades.

Compostos a la base de dades

(Per ordre alfabètic)

1,2-propanediol beta-leucine methanol
1,3-diaminopropane biotin methionine
1,3-dimethylurea butyricacid methyl-3-hydroxybutyrate
1,3-propanediol cadaverine methylamine
1,6-anhydro-b-D-glucose caffeine methylguanidine
1,7-dimethyluricacid caprylicacid methylmalonicacid
1-butanol carnitine mucicacid
1-methyl-2-pyrrolidone carnosine myo-inositol
1-methylnicotinamide catechol N1-acetylspermine
1-methyluricacid chloramphenicol N2-acetyl-L-ornithine
1-phenylethylalcohol chlormequat N8-acetylspermidine
2,2-dimethylsuccinicacid chlorogenicacid N-acetyl-5-hydroxytryptamine
2,3-dihydroxybenzoicacid cholicacid N-acetylalanine
2-(4-hydroxyphenyl)propionicacid choline N-acetylarginine
2,5-dihydroxypyridine cis-4-hydroxy-D-proline N-acetylasparticacid
2,5-furandicarboxylicacid cis-aconiticacid N-acetylcysteine
2-amino-2-methylsuccinicacid cis,cis-muconicacid N-acetyl-D-glucosamine
2-amino-3-phosphonopropionicacid citraconicacid N-acetylglycine
2-amino-5-hydroxybenzoicacid citramalicacid N-acetyl-L-glutamicacid
2-aminoadipicacid citricacid N-acetyl-L-glutamine
2-aminobutyricacid citrulline N-acetyllysine
2-aminoimidazole cotinine N-acetylneuraminicacid
2-aminoisobutyricacid creatine N-acetylphenylalanine
2-aminophenol creatinine N-acetylputrescine
2-aminopropanol crotonaldehyde N-acetyltryptophan
2-butanone crotonicacid N-acetyltyrosine
2-chlorophenol cyclohexanone N-amidinotaurine
2-deoxyadenosine cycloleucine niacinamide
2-deoxycytidine-5-monophosphate cysteicacid nicotinamide-N-oxide
2-ethylacrylicacid cysteine nicotinamideribotide
2-furoicacid cystine nicotinicacid
2-hexanone cytidine nicotinuricacid
2-hydroxy-2-methylbutyricacid cytosine N-isovaleroylglycine
2-hydroxy-3-methylvalericacid deoxycytidine N-methylasparticacid
2-hydroxy-4-methylvalericacid deoxyinosine N-methyl-L-alanine
2-hydroxy-5-methoxybenzoicacid deoxyuridine N-methyl-L-proline
2-hydroxybutyricacid desthiobiotin N-methylnicotinamide
2-hydroxyglutaricacid D-galactose N-methyltryptamine
2-hydroxyisobutyricacid D-gluconicacid N-methyltyramine
2-hydroxyisovalericacid D-glucosamine N,N-dimethylglycine
2-hydroxyphenylaceticacid D-glucose norepinephrine
2-hydroxypyridine D-glucuronicacid norleucine
2-hydroxyvalericacid diethanolamine normetanephrine
2-ketobutyricacid diethylmalonicacid norvaline
2-methylbutyricacid diglycolicacid octanoyl-L-carnitine
2-methylbutyrylglycine dihydrouracil o-hydroxyhippuricacid
2-methylglutaricacid dimethylamine O-methylserotonin
2-methylsuccinicacid dimethylphthalate ornithine
2-oxoglutaricacid dimethylsulfide oroticacid
2-oxohexanoicacid dithiothreitol oxypurinol
2-oxoisocaproicacid D,L-2,6-diaminopimelicacid pantothenicacid
2-pentanone D-lactose paracetamol
2-phenylacetamide D,L-cystathionine paracetamol-glucuronide
2-phenylbutyricacid D-mannitol paracetamol-sulfate
2-phenylpropionicacid D-mannose para-coumaricacid
3-(2,4-dihydroxyphenyl)propionicacid dopamine paraxanthine
3-(2-hydroxyphenyl)propionicacid D-panthenol patulin
3-(3,4-dihydroxyphenyl)propionicacid D-raffinose p-cresol
3,3-dimethylacrylicacid D-saccharicacid pentaglycine
3-(3-hydroxyphenyl)propionicacid D-sorbitol phenacetin
3,4-dihydroxybenzoicacid D-xylose phenol
3,4-dihydroxymandelicacid ectoine phenylaceticacid
3,4-dihydroxyphenylaceticacid epicatechine phenylacetylglycine
3,4-dihydroxyphenylalanine ethanol phenylalanine
3,7-dimethyluricacid ethanolamine phenylethylalcohol
3-amino-1,2,4-triazole ethionine phenylethylamine
3-aminoadipicacid ethosuximide phenylpropionylglycine
3-aminobutyricacid ethyl-2-methylacetoacetate phloreticacid
3-aminoisobutyricacid ethylcrotonate phloroglucinol
3-hydroxy-2-butanone ethyleneglycol phosphocreatine
3-hydroxy-3-methylglutaricacid ethylmalonicacid phosphoenolpyruvate
3-hydroxy-4-methoxymandelicacid folicacid phosphoethanolamine
3-hydroxyadipicacid formicacid phosphothreonine
3-hydroxyanthranilicacid fructose phthalicacid
3-hydroxybenzoicacid fumaricacid picolinicacid
3-hydroxybutyricacid furoylglycine pimelicacid
3-hydroxyglutaricacid galactinol piperazine
3-hydroxyglutaricacidethylester galactitol porphobilinogen
3-hydroxyisovalericacid galactose-1-phosphate proline
3-hydroxymandelicacid gallicacid propanol
3-hydroxyphenylaceticacid gamma-butyrolactone propionicacid
3-hydroxypropionicacid gentisicacid propionylcarnitine
3-hydroxysebacicacid glucose-D-1-phosphate propionylglycine
3-methoxytyramine glutamicacid pseudouridine
3-methoxytyrosine glutamine purine
3-methyl-2-oxovalericacid glutaricacid putrescine
3-methyladipicacid glycericacid pyridoxal-5-phosphate
3-methylasparticacid glycerol pyridoxamine
3-methylbutanol glycerol-1-phosphate pyridoxicacid
3-methylcatechol glycerophosphocholine pyridoxine
3-methylcrotonylglycine glycine pyrimidine
3-methylglutaconicacid glycolicacid pyrrolidine
3-methylglutaricacid glycyl-L-leucine pyruvicacid
3-methylhistamine glyoxylicacid quinicacid
3-methylhistidine guaiacol quinoline-3-carboxylicacid
3-oxoadipicacid guanidinoaceticacid quinolinicacid
3-phenyllacticacid guanidinopropionicacid R-adrenaline
3-phenylpropionicacid guanidinosuccinicacid resorcine
3-phenylpropionylglycine guanosine ribitol
3-sulfinoalanine guanosine-5-diphosphate S-5-adenosyl-L-homocysteine
3-tyramine guanosine-5-phosphate salicylicacid
3-ureidopropionicacid hexanoicacid salidroside
4-aminobenzoicacid hexanoylglycine sarcosine
4-aminobutyricacid hippuricacid scyllo-inositol
4-aminohippuricacid histamine sebacicacid
4-aminophenol histidine sepiapterin
4-guanidinobutyricacid homoarginine serine
4-heptanone homocysteine serotonin
4-hydroxy-3-methoxyphenylglycol homogentisicacid shikimicacid
4-hydroxybenzoicacid homoserine spermidine
4-hydroxybutyricacid homovanillicacid S-sulphocysteine
4-hydroxyhippuricacid hordenine subericacid
4-hydroxymandelicacid hydantoicacid suberylglycine
4-hydroxymethylimidazole hydroferulicacid succinamide
4-hydroxyphenylaceticacid hydroquinone succinicacid
4-hydroxyphenylethanol hydroxyacetone succinimide
4-hydroxyphenyllacticacid hyocholicacid sucrose
4-phenylbutyricacid hyodeoxycholicacid tartaricacid
5,6-dihydrothymine hypotaurine taurine
5-aminopentanoicacid hypoxanthine taurocyamine
5-hydroxyanthranilicacid ibuprofen terephthalicacid
5-hydroxyindole-3-aceticacid imidazole theobromine
5-hydroxymethylfurfural imidazoleaceticacid thiodiaceticacid
5-hydroxymethyluracil indole-3-aceticacid thioglycolicacid
5-hydroxytryptophan indole-3-ethanol threitol
5-methoxytryptophol indole-3-lacticacid threonicacid
5-methylcytosine indole-3-propionicacid threonine
6-methyladenine indoxylsulfate thymidine
6-methylnicotinicacid inosine thymine
7-methylxanthine isethionicacid thymol
acetaldehyde isobarbituricacid tiglicacid
acetamide isobutyricacid tiglylglycine
acetanilide isobutyrylcarnitine trans-2-hydroxycinnamicacid
aceticacid isobutyrylglycine trans-3-hexenedioicacid
acetoaceticacid isocaproicacid trans-3-hydroxycinnamicacid
acetone isocitricacid trans-aconiticacid
acetophenone isoferulicacid trans-caffeicacid
acetylcholine isoglutamine tricarballylicacid
acetyl-L-carnitine isohomovanillicacid tricine
adenine isonicotinicacid triethanolamine
adenosine isopropanolamine trigonelline
adenosine-5-diphosphate isovalericacid trimethylamine
adipicacid isovalerylcarnitine trimethylamine-N-oxide
agmatine itaconicacid tromethamine
alanine ketoleucine tropicacid
allantoin kynurenicacid tryptamine
allopurinol kynurenine tryptophan
alpha-D-glucose lacticacid tyramine
alpha-D-mannose-1-phosphate L-allo-isoleucine tyrosine
alpha-hydroxyhippuricacid lanthionine uracil
aniline L-dihydrooroticacid ureidosuccinicacid
anserine leucine uridine
anthranilicacid levulinicacid uridine-5-monophosphate
arabinose lipoicacid urocanicacid
arabitol L-isoleucine valericacid
arbutin L-pyroglutamicacid valerylglycine
arginine lysine valine
ascorbicacid maleicacid valproicacid
asparagine maleimide vanillicacid
asparticacid malicacid vanillin
azelaicacid mandelicacid vanilmandelicacid
benzamidine melatonin xanthine
benzimidazole melibiose xanthopterin
benzoicacid mesaconicacid xanthosine
beta-alanine meso-tartaricacid xanthurenicacid
beta-D-glucose methacrylicacid xylitol
betaine methanethiol

Actualització a la versió 2.0.1

El novembre de 2009 la base de dades es va actualitzar a la versió 2.0.1, que incorpora les següents millores:

  1. Instal·lació gràfica de la base de dades i programes auxiliars.
  2. Nova versió del programa AMIX (v. 3.0.2) que millora el processament d'espectres 2D.
  3. Addició d'uns 50 nous compostos.

AMIX

Aquest programa fa servir el mateix software gestor de llicències que el Topspin, o sigui que es podria demanar una llicència flotant que permetés executar el programa AMIX a qualsevol ordinador autoritzat (caldrà comprovar cóm restringir l'accés al servidor de llicències).

PERCH Tools for BRUKER Software

Al lloc web de l'empresa desenvolupadora trobareu una descripció breu del programa i unes senzilles instruccions d'instal·lació on s'explica com obtenir la llicència d'ús del programa.

Aquest programa només està disponible per Windows i la llicència només és vàlida per l'ordinador en que s'instal·la.

Sortosament, hi ha una versió gratuïta “The LITE-Edition covering most of the features of previous version is now FREEWARE for academic users.” Per més informació consulta la pàgina de vendes o la pàgina que compara les característiques de les versions disponibles.

Ordinador DataAnalysis/AMIX

Els programes AMIX, Perch Tools i la base de dades BBIOREFCODE s'han instal·lat en un ordinador disponible pels usuaris del SeRMN. La configuració d'aquest ordinador es pot consultar a la Intranet del SeRMN.

This website uses cookies for visitor traffic analysis. By using the website, you agree with storing the cookies on your computer.More information
bbiorefcode.txt · Last modified: 2020/07/09 12:41 by miquel