This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
informatica:hp_z400_macromodel_macromodel [2012/06/13 17:48] miquel [Instal·lacio de la Schrödinger Suite 2012] |
informatica:hp_z400_macromodel_macromodel [2020/07/09 12:22] (current) miquel |
||
---|---|---|---|
Line 1: | Line 1: | ||
- | ====== | + | ====== Schrödinger Suite 2012 ====== |
- | Aquest | + | La // |
Les icones emprades indiquen, | Les icones emprades indiquen, | ||
Line 8: | Line 8: | ||
* :warn: - pas d' | * :warn: - pas d' | ||
* :fail: - pas d' | * :fail: - pas d' | ||
- | |||
===== Descàrrega del programa ===== | ===== Descàrrega del programa ===== | ||
Line 46: | Line 45: | ||
</ | </ | ||
- | ====== Comprovacions prèvies a la instal·lació | + | ===== Comprovacions prèvies a la instal·lació ===== |
- | ===== System requirements | + | ==== System requirements ==== |
* :ok: CPU, Memory, and Disk. En general el sistema compleix amb les especificacions recomanades. | * :ok: CPU, Memory, and Disk. En general el sistema compleix amb les especificacions recomanades. | ||
Line 61: | Line 60: | ||
* :warn: Cal modificar la configuració de xarxa a estàtica per evitar problemes si la xarxa es penja. De totes formes, com que l' | * :warn: Cal modificar la configuració de xarxa a estàtica per evitar problemes si la xarxa es penja. De totes formes, com que l' | ||
- | ===== GNU/Linux x86 64-bit executables | + | ==== GNU/Linux x86 64-bit executables ==== |
:info: La distribució Debian no és una de les que tenen suport tècnic. Tanmateix, per la seva proximitat i estreta relació amb la distribució Ubuntu, seguiré les recomanacions per aquesta distribució. | :info: La distribució Debian no és una de les que tenen suport tècnic. Tanmateix, per la seva proximitat i estreta relació amb la distribució Ubuntu, seguiré les recomanacions per aquesta distribució. | ||
Line 70: | Line 69: | ||
* :ok: On Ubuntu, symbolic links to the the libssl and libcrypto libraries must be made because of versioning differences ('' | * :ok: On Ubuntu, symbolic links to the the libssl and libcrypto libraries must be made because of versioning differences ('' | ||
- | ===== Queueing Systems | + | ==== Queueing Systems ==== |
Aquests són els gestors de cues amb què poden treballar els programes de la Schrödinger Suite. Indico quins paquets de Debian semblen correspondre al gestor de cues. En alguns casos la correspondència és clara, en altres caldrà comprovar-la. | Aquests són els gestors de cues amb què poden treballar els programes de la Schrödinger Suite. Indico quins paquets de Debian semblen correspondre al gestor de cues. En alguns casos la correspondència és clara, en altres caldrà comprovar-la. | ||
Line 85: | Line 84: | ||
* SGE version must be no earlier than 6.0u8. From 6.2u3 on, a patch or SGI reconfiguration is required if SGE preemption is used. | * SGE version must be no earlier than 6.0u8. From 6.2u3 on, a patch or SGI reconfiguration is required if SGE preemption is used. | ||
- | + | ==== Espai de disc per la instal·lació ==== | |
- | ===== Espai de disc per la instal·lació | + | |
Tenint present els requisits, | Tenint present els requisits, | ||
Line 102: | Line 100: | ||
</ | </ | ||
- | ===== Maestro 9.3 Requirements | + | ==== Maestro 9.3 Requirements ==== |
Aquest són els requisits específics del programa Maestro v. 9.3, | Aquest són els requisits específics del programa Maestro v. 9.3, | ||
Line 112: | Line 110: | ||
* :ok: PDF reader. For Adobe Reader a version no earlier than 7.0.5 is recommended. La versió d' | * :ok: PDF reader. For Adobe Reader a version no earlier than 7.0.5 is recommended. La versió d' | ||
- | ===== Notes sobres els productes | + | ==== Notes sobres els productes ==== |
Per ara em salto aquesta secció (//2.4 Product Notes//), ja que caldrà veure primer quins programes s' | Per ara em salto aquesta secció (//2.4 Product Notes//), ja que caldrà veure primer quins programes s' | ||
- | ===== Verifying System Compliance | + | ==== Verifying System Compliance ==== |
Faig servir la comanda '' | Faig servir la comanda '' | ||
Line 145: | Line 143: | ||
</ | </ | ||
- | ====== Instal·lació de la Schrödinger Suite ====== | + | ===== Instal·lació de la Schrödinger Suite ===== |
:info: La instal·lació la faig com a usuari root (sudo -s). | :info: La instal·lació la faig com a usuari root (sudo -s). | ||
- | ===== Scracth disk ===== | + | ==== Scracth disk ==== |
Abans de començar, creo la carpeta /// | Abans de començar, creo la carpeta /// | ||
- | ===== ./ | + | ==== ./INSTALL ==== |
Aquesta és la sessió d' | Aquesta és la sessió d' | ||
- | ==== Inici ==== | + | === Inici === |
La primera pantalla ens proporciona unes breus instruccions d'ús del programa d' | La primera pantalla ens proporciona unes breus instruccions d'ús del programa d' | ||
Line 181: | Line 179: | ||
</ | </ | ||
- | ==== On instal·lar el programa? | + | === On instal·lar el programa? === |
A la pantalla següent, se'ns demana ón instal·lar el programa. Si el directori no existeix, ens pregunta si el volem crear. A GNU/Linux, el [[wp> | A la pantalla següent, se'ns demana ón instal·lar el programa. Si el directori no existeix, ens pregunta si el volem crear. A GNU/Linux, el [[wp> | ||
Line 209: | Line 207: | ||
</ | </ | ||
- | ==== Hardware/ | + | === Hardware/ |
El programa d' | El programa d' | ||
Line 235: | Line 233: | ||
</ | </ | ||
- | ==== Selecció de mòduls | + | === Selecció de mòduls === |
En aquest apartat, el programa d' | En aquest apartat, el programa d' | ||
Line 320: | Line 318: | ||
</ | </ | ||
- | ==== Directori " | + | === Directori " |
Aquest és el directori que hem creat més amunt i que està a disposició dels programes de càlcul per guardar fitxers temporals, | Aquest és el directori que hem creat més amunt i que està a disposició dels programes de càlcul per guardar fitxers temporals, | ||
Line 351: | Line 349: | ||
</ | </ | ||
- | ==== Resum de les opcions d' | + | === Resum de les opcions d' |
Aquesta pantalla resumeix els mòduls que s' | Aquesta pantalla resumeix els mòduls que s' | ||
Line 378: | Line 376: | ||
</ | </ | ||
- | ==== Fitxer ' | + | === Fitxer ' |
El pas següent és comprovar el contingut del fitxer // | El pas següent és comprovar el contingut del fitxer // | ||
Line 447: | Line 445: | ||
* processors - a les instruccions d' | * processors - a les instruccions d' | ||
- | ==== Licensing | + | === Licensing === |
En aquesta pantalla apareix la informació necessària (machine name, host id) per sol·licitar la llicència. | En aquesta pantalla apareix la informació necessària (machine name, host id) per sol·licitar la llicència. | ||
Line 478: | Line 476: | ||
</ | </ | ||
- | ==== Finalment... la instal·lació | + | === Finalment... la instal·lació === |
Després de prémer el botó < | Després de prémer el botó < | ||
Line 489: | Line 487: | ||
Per ara, l' | Per ara, l' | ||
- | ===== Espai de disc ocupat | + | ==== Espai de disc ocupat ==== |
Un cop finalitzada la instal·lació, | Un cop finalitzada la instal·lació, | ||
Line 687: | Line 685: | ||
El pas següent és configurar el sistema i els comptes dels usuaris per tal que puguin cridar i executar correctament els programes instal·lats. | El pas següent és configurar el sistema i els comptes dels usuaris per tal que puguin cridar i executar correctament els programes instal·lats. | ||
+ | ==== Variables d' | ||
+ | Variables de entorn, | ||
+ | * Afegeixo la carpeta on està instal·lat el programa a la variable PATH. | ||
+ | * Per ara no faig ús d' | ||
+ | * Per ara no defineixo '' | ||
+ | * Per ara no defineixo '' | ||
+ | * Defineixo '' | ||
+ | |||
+ | Per simplicitat, | ||
+ | < | ||
+ | # schrodinger.sh - created by MCE for SCHRODINGER SUITE 2012 | ||
+ | PATH=/ | ||
+ | export SCHRODINGER=/ | ||
+ | # export PYTHONPATH= | ||
+ | # export SCHRODINGER_PYTHONPATH= | ||
+ | # export PYMOLMAESTRO= | ||
+ | export SCHRODINGER_HELP_BROWSER=/ | ||
+ | export SCHRODINGER_PDF_VIEWER=/ | ||
+ | </ | ||
+ | i '' | ||
+ | < | ||
+ | # schrodinger.csh - created by MCE for SCHRODINGER SUITE 2012 | ||
+ | setenv PATH / | ||
+ | setenv SCHRODINGER / | ||
+ | # setenv PYTHONPATH | ||
+ | # setenv SCHRODINGER_PYTHONPATH | ||
+ | # setenv PYMOLMAESTRO | ||
+ | setenv SCHRODINGER_HELP_BROWSER / | ||
+ | setenv SCHRODINGER_PDF_VIEWER / | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Testing the installation ===== | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | # / | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | Schrodinger installation check (rev 1.31) | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | Test files will be written in directory instcheck-cie-48-184-4fdb5e50/ | ||
+ | |||
+ | Hosts file: / | ||
+ | |||
+ | There is only 1 host entry in this file. | ||
+ | * There are NO host entries for running immediate jobs on remote machines. | ||
+ | * There are NO host entries for submitting batch jobs. | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | Schrodinger Installation Check (rev 1.31) | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | Hosts file: / | ||
+ | |||
+ | ****** | ||
+ | ****** | ||
+ | ****** | ||
+ | |||
+ | ------------------ -------------------- ------- | ||
+ | Hosts Entry Check Result | ||
+ | ------------------ -------------------- ------- | ||
+ | localhost | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | This table can also be found in the file instcheck-cie-48-184-4fdb5e50.summary . | ||
+ | See that file for additional comments on any issues identified above. | ||
+ | |||
+ | The output files and other results of these tests have been archived in the | ||
+ | following file: | ||
+ | ... | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | # / | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | Schrodinger installation check (rev 1.31) | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | Test files will be written in directory instcheck-cie-48-184-4fdb5f04/ | ||
+ | |||
+ | Hosts file: / | ||
+ | |||
+ | There is only 1 host entry in this file. | ||
+ | * There are NO host entries for running immediate jobs on remote machines. | ||
+ | * There are NO host entries for submitting batch jobs. | ||
+ | |||
+ | 1 test job will be launched. | ||
+ | |||
+ | Progress will be logged in instcheck-cie-48-184-4fdb5f04/ | ||
+ | |||
+ | This may take 15 minutes or more - please be patient. | ||
+ | A summary of the results will be given when all jobs are done. | ||
+ | |||
+ | ------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | Schrodinger Installation Check (rev 1.31) | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | Hosts file: / | ||
+ | |||
+ | ------------------ -------------------- ------- | ||
+ | Hosts Entry Check Result | ||
+ | ------------------ -------------------- ------- | ||
+ | localhost | ||
+ | ------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | This table can also be found in the file instcheck-cie-48-184-4fdb5f04.summary . | ||
+ | See that file for additional comments on any issues identified above. | ||
+ | |||
+ | The output files and other results of these tests have been archived in the | ||
+ | following file: | ||
+ | |||
+ | Archive: instcheck-cie-48-184-4fdb5f04.tarball | ||
+ | |||
+ | If you need help understanding any of these results, please send | ||
+ | this file to help@schrodinger.com, | ||
+ | |||
+ | |||
+ | Done. | ||
+ | </ | ||
===== Gestor de cues ===== | ===== Gestor de cues ===== | ||
Line 720: | Line 843: | ||
* ... | * ... | ||
+ | ===== Running Maestro ===== | ||
+ | |||
+ | Després d'un primer missatge d' | ||
+ | < | ||
+ | sermn-uab@cie-48-184: | ||
+ | License file: / | ||
+ | Log file: lmgrd.cie-48-184.log | ||
+ | sermn-uab@cie-48-184: | ||
+ | 4780 pts/0 S 0:00 / | ||
+ | 4781 ? Ssl 0:00 SCHROD -T cie-48-184 11.10 3 -c / | ||
+ | 4785 pts/0 S+ 0:00 grep lice | ||
+ | </ | ||
+ | i provo a executar el programa //Maestro// | ||
+ | < | ||
+ | sermn-uab@cie-48-184: | ||
+ | </ | ||
+ | i s' | ||
+ | {{: | ||
+ | |||
+ | <WRAP important> | ||
+ | Caldrà comprovar perquè el gestor de llicències no s'ha posat en marxa automàticament. Per ara, sembla ser que no hi ha cap //script// a /// | ||
+ | </ | ||
+ | Per començar trio el perfil per defecte: //Maestro// i finalment s'obre la finestra principal del programa. | ||