Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_z400_macromodel_macromodel [2012/06/13 17:11]
miquel [Espai de disc per la instal·lació]
+++ informatica:hp_z400_macromodel_macromodel [2020/07/09 12:22] (current)
miquel
@@ Line 1: / Line 1: @@
-====== Instal·lacio de la Schrödinger Suite 2012 ======
+====== Schrödinger Suite 2012 ======
-Aquest és el paquet de programes que inclou els programes Macromodel i Maestro, a més d'altres.
+La //Schrödinger Suite 2012// és el paquet de programes que inclou els programes Macromodel i Maestro, a més d'altres.
+Les icones emprades indiquen,
+  * :info: - informació important per la instal·lació o configuració
+  * :ok: - pas d'instal·lació o configuració completat
+  * :warn: - pas d'instal·lació o configuració parcialment no completat, o que potser s'haurà de modificar posteriorment.
+  * :fail: - pas d'instal·lació o configuració no completat
 ===== Descàrrega del programa =====
@@ Line 39: / Line 45: @@
 </blockquote>
-====== Comprovacions prèvies a la instal·lació ======
+===== Comprovacions prèvies a la instal·lació =====
-===== System requirements =====
+==== System requirements ====
   * :ok: CPU, Memory, and Disk. En general el sistema compleix amb les especificacions recomanades.
@@ Line 54: / Line 60: @@
     * :warn: Cal modificar la configuració de xarxa a estàtica per evitar problemes si la xarxa es penja. De totes formes, com que l'ordinador estarà a la xarxa interna del SeRMN, on aquesta és la configuració estàndard.
-===== GNU/Linux x86 64-bit executables =====
+==== GNU/Linux x86 64-bit executables ====
 :info: La distribució Debian no és una de les que tenen suport tècnic. Tanmateix, per la seva proximitat i estreta relació amb la distribució Ubuntu, seguiré les recomanacions per aquesta distribució.
@@ Line 63: / Line 69: @@
   * :ok: On Ubuntu, symbolic links to the the libssl and libcrypto libraries must be made because of versioning differences (''cd /usr/lib && ln -s libssl.so.0.9.8 libssl.so.6 && ln -s libcrypto.so.0.9.8 libcrypto.so.6'').
-===== Queueing Systems =====
+==== Queueing Systems ====
 Aquests són els gestors de cues amb què poden treballar els programes de la Schrödinger Suite. Indico quins paquets de Debian semblen correspondre al gestor de cues. En alguns casos la correspondència és clara, en altres caldrà comprovar-la.
@@ Line 78: / Line 84: @@
   * SGE version must be no earlier than 6.0u8. From 6.2u3 on, a patch or SGI reconfiguration is required if SGE preemption is used.
+==== Espai de disc per la instal·lació ====
-===== Espai de disc per la instal·lació =====
 Tenint present els requisits,
@@ Line 95: / Line 100: @@
 </file>
-===== Maestro 9.3 Requirements =====
+==== Maestro 9.3 Requirements ====
 Aquest són els requisits específics del programa Maestro v. 9.3,
@@ Line 105: / Line 110: @@
   * :ok: PDF reader. For Adobe Reader a version no earlier than 7.0.5 is recommended. La versió d'Acrobat Reader disponible és la 9.5.1. A més, hi ha altres visors de PDF disponibles.
-===== Notes sobres els productes =====
+==== Notes sobres els productes ====
 Per ara em salto aquesta secció (//2.4 Product Notes//), ja que caldrà veure primer quins programes s'instal·len, i perquè molts dels comentarise semblen fer referència a instal·lacions en clusters d'ordinadors, i aquest no és el nostre cas.
-===== Verifying System Compliance =====
+==== Verifying System Compliance ====
 Faig servir la comanda ''platform'' per comprovar els requisits del sistema,
@@ Line 138: / Line 143: @@
 </file>
-====== Instal·lació de la Schrödinger Suite ======
+===== Instal·lació de la Schrödinger Suite =====
 :info: La instal·lació la faig com a usuari root (sudo -s).
-===== Scracth disk =====
+==== Scracth disk ====
 Abans de començar, creo la carpeta ///home/scratch// per fer-la servir com //scratch disk// ja que les carpetes que fa servir el programa per defecte no existeixen, i, si es vol fer servir una carpeta alternatia, el programa d'instal·lació no la crea.
-===== ./INSTALL =====
+==== ./INSTALL ====
 Aquesta és la sessió d'instal·lació del programa amb la comanda "./INSTALL"
-==== Inici ====
+=== Inici ===
 La primera pantalla ens proporciona unes breus instruccions d'ús del programa d'instal·lació,
@@ Line 174: / Line 179: @@
 </file>
-==== On instal·lar el programa? ====
+=== On instal·lar el programa? ===
 A la pantalla següent, se'ns demana ón instal·lar el programa. Si el directori no existeix, ens pregunta si el volem crear. A GNU/Linux, el [[wp>Filesystem_Hierarchy_Standard | Filesystem Hierarchy Standard]] estableix que les //Optional application software packages// s'han d'instal·lar a la carpeta ///opt//, que és la proposada pel programa d'instal·lació,
@@ Line 202: / Line 207: @@
 </file>
-==== Hardware/software platform ====
+=== Hardware/software platform ===
 El programa d'instal·lació comprova en quin tipus de sistema s'està executant, i recomanda la versió que millor s'ajusta a l'arquitectura i sistema operatiu de l'ordinador,
@@ Line 228: / Line 233: @@
 </file>
-==== Selecció de mòduls ====
+=== Selecció de mòduls ===
 En aquest apartat, el programa d'instal·lació ens permet triar els mòduls que volem instal·lar: tots, cap o alguns. En el nostre cas, només instal·lo els programes pels quals tenim llicència,
@@ Line 313: / Line 318: @@
 </file>
-==== Directori "Scratch" ====
+=== Directori "Scratch" ===
 Aquest és el directori que hem creat més amunt i que està a disposició dels programes de càlcul per guardar fitxers temporals,
@@ Line 344: / Line 349: @@
 </file>
-==== Resum de les opcions d'instal·lació ====
+=== Resum de les opcions d'instal·lació ===
 Aquesta pantalla resumeix els mòduls que s'instal·laran i ens demana que confirmem la tria,
@@ Line 371: / Line 376: @@
 </file>
-==== Fitxer 'schrodinger.host' ====
+=== Fitxer 'schrodinger.host' ===
 El pas següent és comprovar el contingut del fitxer //schrodinger.host// i corregir-lo si cal. En el nostre cas, com que només està previst que fem servir el programa l'ordinador on l'estem instal·lant, els paràmetres per defecte ja s'ajusten a la configuració final,
@@ Line 440: / Line 445: @@
   * processors - a les instruccions d'instal·lació no queda clar si fa referència al nombre de CPU o al nombre de cores dins una CPU. Per ara deixo el valor per defecte.
-==== Licensing ====
+=== Licensing ===
 En aquesta pantalla apareix la informació necessària (machine name, host id) per sol·licitar la llicència.
@@ Line 471: / Line 476: @@
 </file>
-==== Finalment... la instal·lació ====
+=== Finalment... la instal·lació ===
 Després de prémer el botó <key>ENTER</key> a la pantalla anterior, comença el llarg procés d'instal·lar tots els programes... i mig segon després ens diu que ja ha acabat:
@@ Line 482: / Line 487: @@
 Per ara, l'únic que podem fer és esperar que ens enviïn el fitxer de llicències. Llavors el podrem instal·lar i comprovar el funcionament dels programes instal·lats.
-===== Espai de disc ocupat =====
+==== Espai de disc ocupat ====
 Un cop finalitzada la instal·lació, el programa ocupa ocupa 3,6 GiB (carpeta ///opt/schrodinger//), que es reparteixen majoritàriament entre,
@@ Line 680: / Line 685: @@
 El pas següent és configurar el sistema i els comptes dels usuaris per tal que puguin cridar i executar correctament els programes instal·lats.
+==== Variables d'entorn ====
+Variables de entorn,
+  * Afegeixo la carpeta on està instal·lat el programa a la variable PATH.
+  * Per ara no faig ús d'alies, potser caldrà més endavant quan instal·lem altres versions.
+  * Per ara no defineixo ''PYTHONPATH'' ni ''SCHRODINGER_PYTHONPATH''
+  * Per ara no defineixo ''PYMOLMAESTRO''
+  * Defineixo ''SCHRODINGER_HELP_BROWSER'' perquè faci servir //Iceweasel// (aka Mozilla Firefox).
+Per simplicitat, creo a ///etc/profile.d// els fitxers ''schrodinger.sh'',
+<file>
+# schrodinger.sh - created by MCE for SCHRODINGER SUITE 2012
+PATH=/opt/schrodinger:$PATH
+export SCHRODINGER=/opt/schrodinger
+# export PYTHONPATH=
+# export SCHRODINGER_PYTHONPATH=
+# export PYMOLMAESTRO=
+export SCHRODINGER_HELP_BROWSER=/usr/bin/firefox
+export SCHRODINGER_PDF_VIEWER=/usr/bin/acroread
+</file>
+i ''schrodinger.csh''
+<file>
+# schrodinger.csh - created by MCE for SCHRODINGER SUITE 2012
+setenv PATH /opt/schrodinger:${PATH}
+setenv SCHRODINGER /opt/schrodinger
+# setenv PYTHONPATH
+# setenv SCHRODINGER_PYTHONPATH
+# setenv PYMOLMAESTRO
+setenv SCHRODINGER_HELP_BROWSER /usr/bin/firefox
+setenv SCHRODINGER_PDF_VIEWER /usr/bin/acroread
+</file>
+===== Testing the installation =====
+<file>
+# /opt/schrodinger/run installation_check.pl
+------------------------------------------------------------------------
+                Schrodinger installation check (rev 1.31)
+------------------------------------------------------------------------
+Test files will be written in directory instcheck-cie-48-184-4fdb5e50/.
+Hosts file: /opt/schrodinger/schrodinger.hosts
+There is only 1 host entry in this file.
+* There are NO host entries for running immediate jobs on remote machines.
+* There are NO host entries for submitting batch jobs.
+------------------------------------------------------------------------------------------
+                          Schrodinger Installation Check (rev 1.31)
+------------------------------------------------------------------------------------------
+Hosts file: /opt/schrodinger/schrodinger.hosts
+        ******    No test jobs were run.  Use the '-test' option to run   ******
+        ******    a quick test job on selected hosts, or '-testall' to    ******
+        ******    run jobs on all hosts.                                  ******
+------------------ -------------------- -------  -----------------------------------------
+Hosts Entry        Check                Result   Notes
+------------------ -------------------- -------  -----------------------------------------
+localhost          hosts file           * OK *
+------------------------------------------------------------------------------------------
+This table can also be found in the file instcheck-cie-48-184-4fdb5e50.summary .
+See that file for additional comments on any issues identified above.
+The output files and other results of these tests have been archived in the
+following file:
+...
+</file>
+<file>
+# /opt/schrodinger/run installation_check.pl -test localhost
+------------------------------------------------------------------------
+                Schrodinger installation check (rev 1.31)
+------------------------------------------------------------------------
+Test files will be written in directory instcheck-cie-48-184-4fdb5f04/.
+Hosts file: /opt/schrodinger/schrodinger.hosts
+There is only 1 host entry in this file.
+* There are NO host entries for running immediate jobs on remote machines.
+* There are NO host entries for submitting batch jobs.
+test job will be launched.
+Progress will be logged in instcheck-cie-48-184-4fdb5f04/inst_check.log
+This may take 15 minutes or more - please be patient.
+A summary of the results will be given when all jobs are done.
+------------------------------------------------------------------------------------------
+                          Schrodinger Installation Check (rev 1.31)
+------------------------------------------------------------------------------------------
+Hosts file: /opt/schrodinger/schrodinger.hosts
+------------------ -------------------- -------  -----------------------------------------
+Hosts Entry        Check                Result   Notes
+------------------ -------------------- -------  -----------------------------------------
+localhost          testapp              * OK *
+------------------------------------------------------------------------------------------
+This table can also be found in the file instcheck-cie-48-184-4fdb5f04.summary .
+See that file for additional comments on any issues identified above.
+The output files and other results of these tests have been archived in the
+following file:
+Archive: instcheck-cie-48-184-4fdb5f04.tarball
+If you need help understanding any of these results, please send
+this file to help@schrodinger.com, along with your questions.
+Done.
+</file>
 ===== Gestor de cues =====
@@ Line 713: / Line 843: @@
     * ...
+===== Running Maestro =====
+Després d'un primer missatge d'error, la consulta al [[http://www.schrodinger.com/kb | Schrodinger Knowledge Base]] m'indica que el gestor de llicències no està funcionant. El poso en marxa,
+<code>
+sermn-uab@cie-48-184:~$  $SCHRODINGER/licadmin START -c $SCHRODINGER/license -l lmgrd.`hostname`.log
+License file: /opt/schrodinger/license (commandline)
+Log file: lmgrd.cie-48-184.log
+sermn-uab@cie-48-184:~$ ps ax | grep lice
+pts/0    S      0:00 /opt/schrodinger/mmshare-v21023/bin/Linux-x86_64/lmgrd -c /opt/schrodinger/license -l +lmgrd.cie-48-184.log
+?        Ssl    0:00 SCHROD -T cie-48-184 11.10 3 -c /opt/schrodinger/license -daemon_port cf08 --lmgrd_start 50114c33
+pts/0    S+     0:00 grep lice
+</code>
+i provo a executar el programa //Maestro//
+<code>
+sermn-uab@cie-48-184:~$ $SCHRODINGER/maestro &
+</code>
+i s'obren les primeres finestres del programa,
+{{:informatica:programari:macromodel:maestro-screenshot-1.png?400 | Schrodinger Maestro opens!}}
+<WRAP important>
+Caldrà comprovar perquè el gestor de llicències no s'ha posat en marxa automàticament. Per ara, sembla ser que no hi ha cap //script// a ///etc/init.d// que s'encarregui de posar-lo en marxa en reiniciar l'ordinador.
+</WRAP>
+Per començar trio el perfil per defecte: //Maestro// i finalment s'obre la finestra principal del programa.

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools