Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_z400_macromodel_macromodel [2012/06/12 13:16]
miquel [./INSTALL]
+++ informatica:hp_z400_macromodel_macromodel [2020/07/09 12:22] (current)
miquel
@@ Line 1: / Line 1: @@
-====== Instal·lacio de la Schrödinger Suite 2012 ======
+====== Schrödinger Suite 2012 ======
-Aquest és el paquet de programes que inclou els programes Macromodel i Maestro, a més d'altres.
+La //Schrödinger Suite 2012// és el paquet de programes que inclou els programes Macromodel i Maestro, a més d'altres.
+Les icones emprades indiquen,
+  * :info: - informació important per la instal·lació o configuració
+  * :ok: - pas d'instal·lació o configuració completat
+  * :warn: - pas d'instal·lació o configuració parcialment no completat, o que potser s'haurà de modificar posteriorment.
+  * :fail: - pas d'instal·lació o configuració no completat
 ===== Descàrrega del programa =====
@@ Line 39: / Line 45: @@
 </blockquote>
-====== Comprovacions prèvies a la instal·lació ======
+===== Comprovacions prèvies a la instal·lació =====
-===== System requirements =====
+==== System requirements ====
   * :ok: CPU, Memory, and Disk. En general el sistema compleix amb les especificacions recomanades.
@@ Line 54: / Line 60: @@
     * :warn: Cal modificar la configuració de xarxa a estàtica per evitar problemes si la xarxa es penja. De totes formes, com que l'ordinador estarà a la xarxa interna del SeRMN, on aquesta és la configuració estàndard.
-===== GNU/Linux x86 64-bit executables =====
+==== GNU/Linux x86 64-bit executables ====
 :info: La distribució Debian no és una de les que tenen suport tècnic. Tanmateix, per la seva proximitat i estreta relació amb la distribució Ubuntu, seguiré les recomanacions per aquesta distribució.
@@ Line 63: / Line 69: @@
   * :ok: On Ubuntu, symbolic links to the the libssl and libcrypto libraries must be made because of versioning differences (''cd /usr/lib && ln -s libssl.so.0.9.8 libssl.so.6 && ln -s libcrypto.so.0.9.8 libcrypto.so.6'').
-===== Queueing Systems =====
+==== Queueing Systems ====
 Aquests són els gestors de cues amb què poden treballar els programes de la Schrödinger Suite. Indico quins paquets de Debian semblen correspondre al gestor de cues. En alguns casos la correspondència és clara, en altres caldrà comprovar-la.
@@ Line 78: / Line 84: @@
   * SGE version must be no earlier than 6.0u8. From 6.2u3 on, a patch or SGI reconfiguration is required if SGE preemption is used.
+==== Espai de disc per la instal·lació ====
-===== Espai de disc per la instal·lació =====
 Tenint present els requisits,
-<blockquote>
 Disk space requirements for a full installation of Schrödinger software, including the documentation, are given in Table 2.1. These values do not include the PDB or BLAST databases which require 14 GB and 13 GB. The Pfam database (included) requires less than 1 GB.
 </blockquote Installation Guide. Schrödinger Suite 2012>
@@ Line 95: / Line 100: @@
 </file>
-===== Maestro 9.3 Requirements =====
+==== Maestro 9.3 Requirements ====
 Aquest són els requisits específics del programa Maestro v. 9.3,
@@ Line 105: / Line 110: @@
   * :ok: PDF reader. For Adobe Reader a version no earlier than 7.0.5 is recommended. La versió d'Acrobat Reader disponible és la 9.5.1. A més, hi ha altres visors de PDF disponibles.
-===== Notes sobres els productes =====
+==== Notes sobres els productes ====
 Per ara em salto aquesta secció (//2.4 Product Notes//), ja que caldrà veure primer quins programes s'instal·len, i perquè molts dels comentarise semblen fer referència a instal·lacions en clusters d'ordinadors, i aquest no és el nostre cas.
-===== Verifying System Compliance =====
+==== Verifying System Compliance ====
 Faig servir la comanda ''platform'' per comprovar els requisits del sistema,
@@ Line 138: / Line 143: @@
 </file>
-====== Instal·lació de la Schrödinger Suite ======
+===== Instal·lació de la Schrödinger Suite =====
 :info: La instal·lació la faig com a usuari root (sudo -s).
-===== Scracth disk =====
+==== Scracth disk ====
 Abans de començar, creo la carpeta ///home/scratch// per fer-la servir com //scratch disk// ja que les carpetes que fa servir el programa per defecte no existeixen, i, si es vol fer servir una carpeta alternatia, el programa d'instal·lació no la crea.
-===== ./INSTALL =====
+==== ./INSTALL ====
 Aquesta és la sessió d'instal·lació del programa amb la comanda "./INSTALL"
-==== Inici ====
+=== Inici ===
 La primera pantalla ens proporciona unes breus instruccions d'ús del programa d'instal·lació,
@@ Line 174: / Line 179: @@
 </file>
-==== On instal·lar el programa? ====
+=== On instal·lar el programa? ===
 A la pantalla següent, se'ns demana ón instal·lar el programa. Si el directori no existeix, ens pregunta si el volem crear. A GNU/Linux, el [[wp>Filesystem_Hierarchy_Standard | Filesystem Hierarchy Standard]] estableix que les //Optional application software packages// s'han d'instal·lar a la carpeta ///opt//, que és la proposada pel programa d'instal·lació,
@@ Line 202: / Line 207: @@
 </file>
-==== Hardware/software platform ====
+=== Hardware/software platform ===
 El programa d'instal·lació comprova en quin tipus de sistema s'està executant, i recomanda la versió que millor s'ajusta a l'arquitectura i sistema operatiu de l'ordinador,
@@ Line 228: / Line 233: @@
 </file>
-==== Selecció de mòduls ====
+=== Selecció de mòduls ===
 En aquest apartat, el programa d'instal·lació ens permet triar els mòduls que volem instal·lar: tots, cap o alguns. En el nostre cas, només instal·lo els programes pels quals tenim llicència,
@@ Line 313: / Line 318: @@
 </file>
-==== Directori "Scratch" ====
+=== Directori "Scratch" ===
 Aquest és el directori que hem creat més amunt i que està a disposició dels programes de càlcul per guardar fitxers temporals,
@@ Line 344: / Line 349: @@
 </file>
-==== Resum de les opcions d'instal·lació ====
+=== Resum de les opcions d'instal·lació ===
 Aquesta pantalla resumeix els mòduls que s'instal·laran i ens demana que confirmem la tria,
@@ Line 371: / Line 376: @@
 </file>
-==== Fitxer 'schrodinger.host' ====
+=== Fitxer 'schrodinger.host' ===
 El pas següent és comprovar el contingut del fitxer //schrodinger.host// i corregir-lo si cal. En el nostre cas, com que només està previst que fem servir el programa l'ordinador on l'estem instal·lant, els paràmetres per defecte ja s'ajusten a la configuració final,
@@ Line 440: / Line 445: @@
   * processors - a les instruccions d'instal·lació no queda clar si fa referència al nombre de CPU o al nombre de cores dins una CPU. Per ara deixo el valor per defecte.
-==== Licensing ====
+=== Licensing ===
 En aquesta pantalla apareix la informació necessària (machine name, host id) per sol·licitar la llicència.
@@ Line 471: / Line 476: @@
 </file>
-==== Finalment... la instal·lació ====
+=== Finalment... la instal·lació ===
 Després de prémer el botó <key>ENTER</key> a la pantalla anterior, comença el llarg procés d'instal·lar tots els programes... i mig segon després ens diu que ja ha acabat:
@@ Line 482: / Line 487: @@
 Per ara, l'únic que podem fer és esperar que ens enviïn el fitxer de llicències. Llavors el podrem instal·lar i comprovar el funcionament dels programes instal·lats.
+==== Espai de disc ocupat ====
+Un cop finalitzada la instal·lació, el programa ocupa ocupa 3,6 GiB (carpeta ///opt/schrodinger//), que es reparteixen majoritàriament entre,
+  *  217 MiB  ./docs
+  * 1240 MiB  ./knime-v15023
+  *  359 MiB  ./macromodel-v99223
+  *  252 MiB  ./maestro-v93024
+  * 1585 MiB  ./mmshare-v21023
+===== Instal·lació i activació de la llicència =====
+Aquest és el contingut del correu electrònic amb la llicència i instruccions per instal·lar-la. Per motius de seguretat, els noms de persones han estat substituïts per inicials, i les dades de la llicència han estat eliminades. També he esborrat la part relativa a clústers d'ordinadors perquè no en tenim cap.
+<blockquote Email from Schrodinger Licensing (licensing@schrodinger.com)>
+Thank you for your purchase, K.D. has asked us to make the end date 1 year from today.
+Attached and listed below are the license files which will enable access to 1 job of MacroModel with Confgen as well as access to KNIME and Maestro. **These licenses are served from your new Linux machine called cie-48-184.uab.es and are valid through 12-Jun-2013.**
+To activate these, replace the current "license" file found in the $SCHRODINGER/license directory on cie-48-184 with the attached license file and issue the command:
+<code>
+$SCHRODINGER/licadmin START -c $SCHRODINGER/license -l lmgrd.`hostname`.log
+</code>
+(not wrapped and exactly as shown) on cie-48-184 to activate the license server daemon.
+Once the licenser server is active you should have no problems running the Schrodinger products.
+If you encounter any errors please use the 2012 Diagnostics Tool. To run the diagnostics tool please enter $SCHRODINGER/diagnostics in a terminal window.
+If the license server is on a remote machine and you are encountering errors, you should run the following five steps on both the license server and on your local machine:
+First - Open a terminal window.
+Second - Set the SCHRODINGER environment variable to point to your software installation.
+Third - Enter the command $SCHRODINGER/licadmin INFO.
+When the licadmin program finishes, it prints a message telling you the name of the file it created. The name is in the form username-machine-license-info.tar.gz. This file should be in the current directory.
+Fourth - Rename the file to username-machine-license-info.tarball. This is necessary because some mail programs filter out files with a .tar.gz extension.
+Finally - Send the renamed file to help@schrodinger.com.
+If you have other questions or problems please see our online knowledge base at: http://www.schrodinger.com/kb/ and type 2012 Linux in the search box.
+If there is anything else we can do for you please let us know.
+Sincerely,
+Kimberly Lehmann
+**Please send only license requests to licensing@schrodinger.com. All other questions or queries should go to help@schrodinger.com. Thank you.**
+# Date generated: <Tue Jun 12 14:51:41 PDT 2012>
+# Server flexid:    ...
+# ...
+----------------------------------------------------------------------
+Schrodinger Licensing | licensing@schrodinger.com
+http://www.schrodinger.com | 503-299-1150 | 503-299-4532 (fax)
+SW Main Street, Suite 1300, Portland, OR 97204
+----------------------------------------------------------------------
+        Find answers in our searchable Knowledge Base!
+               http://www.schrodinger.com/kb/
+----------------------------------------------------------------------
+</blockquote>
+==== License Installation Instructions ====
+The instructions below assume that the SCHRODINGER environment variable has been set to the directory where you have installed the software.
+=== Editing the license file ===
+. Add the license information that was sent to you to the end of your $SCHRODINGER/license file. If your license file contains any SERVER lines, then a copy of, or symbolic link to, the license file must be placed in the $SCHRODINGER directory of each machine that is listed on a SERVER line.
+. Close and save the changes to the license file. Please ensure that the license file has the appropriate read permissions.
+. If your license file does not contain a SERVER line, and does not have any FEATURE or INCREMENT sections specifying HOSTID=INTERNET=, then your license installation is complete.
+If your license file does not contain a SERVER line, but *does* have FEATURE or INCREMENT sections specifying HOSTID=INTERNET=, you will need to place a copy of (or symbolic link to) the license file in the $SCHRODINGER directory of your other machines (that fall in the IP address range specified by the OSTID=INTERNET= lines).  This will allow those machines to access these features.
+. If your license file *does* contain a SERVER line, you will need to either start the Schrodinger-installed license server daemon for the first time, or make the currently-running copy of the Schrodinger-installed license server daemon reread the license file.
+If you are installing the license information for the first time, and have not previously started the license server daemon using the licensing software installed with your Schrodinger software, please proceed to the section titled "Starting the license server daemon".
+If you edit the license file after having already started the license server daemon (lmgrd) using the Schrodinger-installed licensing software, you will need to tell lmgrd to reread the updated license file.  This is usually the case if you have added additional license lines to your file that already contained license information.  In this case, please proceed to the section titled "Rereading the license file".
+If you encounter any problems, please see the Troubleshooting sectionbelow.
+=== Rereading the license file ===
+You can instruct an already-running instance of the Schrodinger-installed license server daemon to reread the license file by executing the following command:
+<code>
+$SCHRODINGER/licadmin REREAD
+</code>
+Please execute this command each time you add new lines to the license file and wish to have the updated license information read by an already-running copy of the license server daemon.
+After executing a reread, you may want to check the current status of available licenses with the following command:
+<code>
+$SCHRODINGER/licadmin STAT
+</code>
+=== Starting the license server daemon (lmgrd) ===
+. Before starting the license server daemon, you should set your FLEXLM_DIAGNOSTICS environment variable to 3, which will provide the highest level of license debugging output. This additional output can be used to troubleshoot any problems you may experience with starting the license server.
+For bash or ksh, FLEXLM_DIAGNOSTICS can be set with the following command:
+<code>
+export FLEXLM_DIAGNOSTICS=3
+</code>
+For csh, FLEXLM_DIAGNOSTICS can be set with the following command:
+<code>
+setenv FLEXLM_DIAGNOSTICS 3
+</code>
+(* Once you've verified that the license server has started and everything is working correctly, you can unset your FLEXLM_DIAGNOSTICS environment variable if you wish.  This may be desirable if you have other software running which also uses FLEXlm, as they will also produce additional debugging output as long as this environment variable is set.)
+. If your license file contains a SERVER line, and you have not already previously started the license server, then execute the command:
+<code>
+$SCHRODINGER/licadmin START -c $SCHRODINGER/license -l lmgrd.`hostname`.log
+</code>
+(exactly as shown). This command will start lmgrd, the license server daemon. lmgrd will listen for license requests on the port designated by the third argument after the word SERVER on the SERVER line of the license file.
+For example, in the following SERVER line:
+<file>
+SERVER lsnode b0019732 27000
+</file>
+is the port on which the machine lsnode will listen for license requests.
+If no port is specified on the SERVER line, a default port in the range 27000-27009 is used.
+. Available command-line arguments for the licadmin utility may be viewed with the command:
+<code>
+$SCHRODINGER/licadmin HELP
+</code>
+=== Setting up client machines ===
+. To allow client machines to access license information from the license server, the LM_LICENSE_FILE environment variable must be set appropriately on the client machines.  The LM_LICENSE_FILE environment variable tells the client machine where to look in order to obtain a license.  In addition, setting your FLEXLM_DIAGNOSTICS variable to 3 will provide the highest level of license debugging output, for use in troubleshooting license checkout problems.
+For bash or ksh, FLEXLM_DIAGNOSTICS can be set with:
+<code>
+export FLEXLM_DIAGNOSTICS=3
+</code>
+For csh, FLEXLM_DIAGNOSTICS can be set with:
+<code>
+setenv FLEXLM_DIAGNOSTICS 3
+</code>
+Before attempting to set the LM_LICENSE_FILE variable, please check whether it has already been set to a particular value by executing the command:
+<code>
+echo $LM_LICENSE_FILE
+</code>
+If the command above returns no output, then the LM_LICENSE_FILE variable has not yet been set.
+If the LM_LICENSE_FILE environment variable has not been set, it can be set as follows:
+For bash or ksh, LM_LICENSE_FILE can be set with the following command:
+<code>
+export LM_LICENSE_FILE=[port]@<host>
+</code>
+For csh, LM_LICENSE_FILE can be set with the following command:
+<code>
+setenv LM_LICENSE_FILE [port]@<host>
+</code>
+If the echo $LM_LICENSE_FILE command shows that the LM_LICENSE_FILE environment variable has already been set, then new values can be appended with the following commands:
+For bash or ksh, a new value can be appended to LM_LICENSE_FILE with the following command:
+<code>
+export LM_LICENSE_FILE=[port]@<host>:$LM_LICENSE_FILE
+</code>
+For csh, a new value can be appended to LM_LICENSE_FILE with the following command:
+<code>
+setenv LM_LICENSE_FILE [port]@<host>:$LM_LICENSE_FILE
+</code>
+In all the commands above, replace <host> with the hostname of the machine on which lmgrd is running (the license server).  Replace [port] with the port number that is specified as the third argument after the word SERVER on the SERVER line of the license file.  If no port is specified on the SERVER line, or if the port specified is in the default range of 27000-27009, then the value for [port] may be omitted when specifying LM_LICENSE_FILE.
+=== Enabling license communication across a firewall or proxy ===
+If the client machine and the license server are separated by a firewall or proxy, it will probably be necessary to specify a port on the VENDOR line of the license in order to enable license communication. Any unused port may be chosen, but the port specified will need to be made available on the firewall or proxy.  For example, if the license file looks like the following:
+<code>
+SERVER lsnode b0019732 27000
+VENDOR SCHROD PORT=10081
+</code>
+and the client machine and license server are separated by a firewall or proxy, then ports 27000 and 10081 will need to be made available to the client.
+===== Configuració =====
+El pas següent és configurar el sistema i els comptes dels usuaris per tal que puguin cridar i executar correctament els programes instal·lats.
+==== Variables d'entorn ====
+Variables de entorn,
+  * Afegeixo la carpeta on està instal·lat el programa a la variable PATH.
+  * Per ara no faig ús d'alies, potser caldrà més endavant quan instal·lem altres versions.
+  * Per ara no defineixo ''PYTHONPATH'' ni ''SCHRODINGER_PYTHONPATH''
+  * Per ara no defineixo ''PYMOLMAESTRO''
+  * Defineixo ''SCHRODINGER_HELP_BROWSER'' perquè faci servir //Iceweasel// (aka Mozilla Firefox).
+Per simplicitat, creo a ///etc/profile.d// els fitxers ''schrodinger.sh'',
+<file>
+# schrodinger.sh - created by MCE for SCHRODINGER SUITE 2012
+PATH=/opt/schrodinger:$PATH
+export SCHRODINGER=/opt/schrodinger
+# export PYTHONPATH=
+# export SCHRODINGER_PYTHONPATH=
+# export PYMOLMAESTRO=
+export SCHRODINGER_HELP_BROWSER=/usr/bin/firefox
+export SCHRODINGER_PDF_VIEWER=/usr/bin/acroread
+</file>
+i ''schrodinger.csh''
+<file>
+# schrodinger.csh - created by MCE for SCHRODINGER SUITE 2012
+setenv PATH /opt/schrodinger:${PATH}
+setenv SCHRODINGER /opt/schrodinger
+# setenv PYTHONPATH
+# setenv SCHRODINGER_PYTHONPATH
+# setenv PYMOLMAESTRO
+setenv SCHRODINGER_HELP_BROWSER /usr/bin/firefox
+setenv SCHRODINGER_PDF_VIEWER /usr/bin/acroread
+</file>
+===== Testing the installation =====
+<file>
+# /opt/schrodinger/run installation_check.pl
+------------------------------------------------------------------------
+                Schrodinger installation check (rev 1.31)
+------------------------------------------------------------------------
+Test files will be written in directory instcheck-cie-48-184-4fdb5e50/.
+Hosts file: /opt/schrodinger/schrodinger.hosts
+There is only 1 host entry in this file.
+* There are NO host entries for running immediate jobs on remote machines.
+* There are NO host entries for submitting batch jobs.
+------------------------------------------------------------------------------------------
+                          Schrodinger Installation Check (rev 1.31)
+------------------------------------------------------------------------------------------
+Hosts file: /opt/schrodinger/schrodinger.hosts
+        ******    No test jobs were run.  Use the '-test' option to run   ******
+        ******    a quick test job on selected hosts, or '-testall' to    ******
+        ******    run jobs on all hosts.                                  ******
+------------------ -------------------- -------  -----------------------------------------
+Hosts Entry        Check                Result   Notes
+------------------ -------------------- -------  -----------------------------------------
+localhost          hosts file           * OK *
+------------------------------------------------------------------------------------------
+This table can also be found in the file instcheck-cie-48-184-4fdb5e50.summary .
+See that file for additional comments on any issues identified above.
+The output files and other results of these tests have been archived in the
+following file:
+...
+</file>
+<file>
+# /opt/schrodinger/run installation_check.pl -test localhost
+------------------------------------------------------------------------
+                Schrodinger installation check (rev 1.31)
+------------------------------------------------------------------------
+Test files will be written in directory instcheck-cie-48-184-4fdb5f04/.
+Hosts file: /opt/schrodinger/schrodinger.hosts
+There is only 1 host entry in this file.
+* There are NO host entries for running immediate jobs on remote machines.
+* There are NO host entries for submitting batch jobs.
+test job will be launched.
+Progress will be logged in instcheck-cie-48-184-4fdb5f04/inst_check.log
+This may take 15 minutes or more - please be patient.
+A summary of the results will be given when all jobs are done.
+------------------------------------------------------------------------------------------
+                          Schrodinger Installation Check (rev 1.31)
+------------------------------------------------------------------------------------------
+Hosts file: /opt/schrodinger/schrodinger.hosts
+------------------ -------------------- -------  -----------------------------------------
+Hosts Entry        Check                Result   Notes
+------------------ -------------------- -------  -----------------------------------------
+localhost          testapp              * OK *
+------------------------------------------------------------------------------------------
+This table can also be found in the file instcheck-cie-48-184-4fdb5f04.summary .
+See that file for additional comments on any issues identified above.
+The output files and other results of these tests have been archived in the
+following file:
+Archive: instcheck-cie-48-184-4fdb5f04.tarball
+If you need help understanding any of these results, please send
+this file to help@schrodinger.com, along with your questions.
+Done.
+</file>
+===== Gestor de cues =====
+Això no és immediat, però si algun dia féssim servir molt i molt el Macromodel i altres programes de càlcul, no tindríem més remei que emprar un gestor de cues (veure [[informatica:hp_z400_macromodel_macromodel#queueing_systems | "Queueing systems"]] més amunt) per organitzar les peticions de càlculs.
+Mentre arriba aquest dia, aquesta és una recopilació d'enllaços d'interés per familiartizar-se amb els gestors de cues. Per ara, no segueixen cap ordre.
+  * [[http://debianclusters.org/index.php/Using_a_Scheduler_and_Queue | Using a Scheduler and Queue]] i les pàgines a què enllaça.
+    * El lloc web [[http://debianclusters.org/index.php/Main_Page | Debian Clusters for Education and Research]] on es troba la pàgina anterior conté altre inforamció d'interès.
+  * [[http://neuro.debian.net/index.html | NeuroDebian]] provides a turnkey software platform for neuroscience that is created by integrating research tools with the Debian operating system. If you are using such software on Debian or its derivatives, such as Ubuntu, chances are that you are already using NeuroDebian.
+    * [[http://neuro.debian.net/pkgs/gridengine-client.html | gridengine-client – Utilities for Grid Engine queue management]].
+  * [[http://en.wikipedia.org/wiki/Scheduling_%28computing%29 | Scheduling (computing)]]
+  * [[http://en.wikipedia.org/wiki/Job_scheduler | Job scheduler]]
+    * [[http://en.wikipedia.org/wiki/TORQUE_Resource_Manager | TORQUE Resource Manager]]
+    * [[http://en.wikipedia.org/wiki/Simple_Linux_Utility_for_Resource_Management | Simple Linux Utility for Resource Management]]
+    * [[http://en.wikipedia.org/wiki/Condor_High-Throughput_Computing_System | Condor High-Throughput Computing System]]
+    * [[http://en.wikipedia.org/wiki/Portable_Batch_System | Portable Batch System]]
+    * [[http://en.wikipedia.org/wiki/Load_Sharing_Facility | Platform LSF]]
+    * [[http://en.wikipedia.org/wiki/Sun_Grid_Engine | Oracle Grid Engine,]] anteriorment //Sun Grid Engine (SGE)//.
+===== Debian for chemists =====
+Mentre buscava enllaços per l'apartat anterior, he començat a trobar d'altres sobre //Debian per químics// i, per mandra d'obrir una pàgina nova, els he acabat recopilant en aquesta pàgina, però aquesta és una situació transitòria ;-)
+  * [[http://blends.alioth.debian.org/debichem/ | DebiChem,]] a blend of Debian for chemists.
+    * [[http://blends.alioth.debian.org/debichem/tasks/packagelist | List of Tasks making DebiChem]].
+  * [[http://www.debian.org/devel/debian-med/ | Debian Med]] is a "Debian Pure Blend" with the aim to develop Debian into an operating system that is particularly well fit for the requirements for medical practice and biomedical research. The goal of Debian Med is a complete free and open system for all tasks in medical care and research.
+  * [[http://wiki.debian.org/DebianScience | DebianScience]]
+    * [[http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/ | List of Tasks making DebianScience]].
+    * [[http://blends.alioth.debian.org/science/tasks/chemistry | Chemistry task at DebianScience]].
+    * ...
+===== Running Maestro =====
+Després d'un primer missatge d'error, la consulta al [[http://www.schrodinger.com/kb | Schrodinger Knowledge Base]] m'indica que el gestor de llicències no està funcionant. El poso en marxa,
+<code>
+sermn-uab@cie-48-184:~$  $SCHRODINGER/licadmin START -c $SCHRODINGER/license -l lmgrd.`hostname`.log
+License file: /opt/schrodinger/license (commandline)
+Log file: lmgrd.cie-48-184.log
+sermn-uab@cie-48-184:~$ ps ax | grep lice
+pts/0    S      0:00 /opt/schrodinger/mmshare-v21023/bin/Linux-x86_64/lmgrd -c /opt/schrodinger/license -l +lmgrd.cie-48-184.log
+?        Ssl    0:00 SCHROD -T cie-48-184 11.10 3 -c /opt/schrodinger/license -daemon_port cf08 --lmgrd_start 50114c33
+pts/0    S+     0:00 grep lice
+</code>
+i provo a executar el programa //Maestro//
+<code>
+sermn-uab@cie-48-184:~$ $SCHRODINGER/maestro &
+</code>
+i s'obren les primeres finestres del programa,
+{{:informatica:programari:macromodel:maestro-screenshot-1.png?400 | Schrodinger Maestro opens!}}
+<WRAP important>
+Caldrà comprovar perquè el gestor de llicències no s'ha posat en marxa automàticament. Per ara, sembla ser que no hi ha cap //script// a ///etc/init.d// que s'encarregui de posar-lo en marxa en reiniciar l'ordinador.
+</WRAP>
+Per començar trio el perfil per defecte: //Maestro// i finalment s'obre la finestra principal del programa.

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools