Web
Directori
Seu Electrònica
Intranet
Serveis d'Intranet
Control horari
DTIC
DTIC - Incidències
Servei de biblioteca
——–
Avis Legal, UAB
Protecció de dades, UAB
This is an old revision of the document!
Descarrego el fitxer linux-topspin3.5.6.sh i instal·lo el TopSpin 3.5 Patchlevel 6.
Els únics missatges d'error tenen a veure amb la configuració del servei de DHCP i del tallafocs (firewall iptable/iptable6) perquè el programa d'instal·lació està dissenyat per funcionar amb sistemes GNU/Linux de la família de distribucions RedHat i el sistema on s'instal·la és de la familia de distribucions Debian.
Per resoldre el problema actualitzo manualment la configuració del DHCP, i passo de la configuració del tallafocs perquè no s'està executant (tot i que podria ser recomanable activar-ho).
Copio el nou fitxer de configuració disponible a /tftpboot/dhcpd.conf a /etc/dhcp/dhcpd.conf però abans faig una còpia de seguretat de l'anterior amb el nom dhcpd.conf.BRUKER-v1.19-20090928.
També copio el nou fitxer /tftpboot/dhcpd a /etc/dhcp/dhcpd
root@cie-56-18:/var/log# ls -l /etc/dhcp/dhcpd -rw-r--r-- 1 root root 43 Feb 8 12:18 /etc/dhcp/dhcpd root@cie-56-18:/var/log# cat /etc/dhcp/dhcpd # Command line options here DHCPDARGS=eth1 root@cie-56-18:/var/log#
Llavors comprovo l'estat del servei DHCP i el reinicio per carregar la nova configuració,
root@cie-56-18:/etc/init.d# sudo service isc-dhcp-server
Usage: /etc/init.d/isc-dhcp-server {start|stop|restart|force-reload|status}
root@cie-56-18:/etc/init.d# sudo service isc-dhcp-server status
Status of ISC DHCP server: dhcpd is running.
root@cie-56-18:/etc/init.d# sudo service isc-dhcp-server restart
Stopping ISC DHCP server: dhcpd.
Starting ISC DHCP server: dhcpd.
Abans de posar en marxa l'IPSO, obro el programa Wireshark, selecciono la interfície de xarxa eth1, i engego una sessió de captura per monitoritzar la comunicació entre l'IPSO i l'ordinador del 600. Llavors poso en marxa l'IPSO (prémer el botó vermell a l'IPSO fins que es posi en marxa) i el registre a Wireshark sembla indicar que tot ha funcionat correctament.
Per comprovar-ho, provo a connectar-me als diferents mòduls de la consola
i puc accedir a tots ells.
Comprovo que s'hagin creat els fitxers .desktop dels nous programes del TopSpin 3.5,
root@cie-56-18:/usr/share/applications# ls -l bruker-* lrwxrwxrwx 1 root root 63 Feb 21 2012 bruker-cmc-assist-1.0.desktop -> /opt/topspin3.1/uninstall/desktop/bruker-cmc-assist-1.0.desktop lrwxrwxrwx 1 root root 63 Sep 13 2013 bruker-cmc-assist-1.1.desktop -> /opt/topspin3.1/uninstall/desktop/bruker-cmc-assist-1.1.desktop lrwxrwxrwx 1 root root 66 Feb 8 11:29 bruker-cmc-assist-2.5.desktop -> /opt/topspin3.5pl6/uninstall/desktop/bruker-cmc-assist-2.5.desktop lrwxrwxrwx 1 root root 54 Feb 21 2012 bruker-mics.desktop -> /opt/Bruker/mics/uninstall/desktop/bruker-mics.desktop lrwxrwxrwx 1 root root 60 Sep 13 2013 bruker-nmr-sim-5.4.desktop -> /opt/topspin3.1/uninstall/desktop/bruker-nmr-sim-5.4.desktop lrwxrwxrwx 1 root root 65 Feb 8 11:32 bruker-nmr-sim-6.0.b.desktop -> /opt/topspin3.5pl6/uninstall/desktop/bruker-nmr-sim-6.0.b.desktop lrwxrwxrwx 1 root root 60 Sep 13 2013 bruker-topspin-3.1.desktop -> /opt/topspin3.1/uninstall/desktop/bruker-topspin-3.1.desktop lrwxrwxrwx 1 root root 66 Feb 8 11:28 bruker-topspin-3.5pl6.desktop -> /opt/topspin3.5pl6/uninstall/desktop/bruker-topspin-3.5pl6.desktop root@cie-56-18:/usr/share/applications#
i que també s'hagi creat el nou menú
captura de pantalla
i l'edito per identificar millor la versió instal·lada
captura de pantalla
Copio el fitxer /usr/share/applications/bruker-topspin-3.5pl6.desktop a l'escriptori, afegeixo la línia
#!/usr/bin/env xdg-open
al capdamunt, i canvio els permisos del fitxer a
root@cie-56-18:/home/sermnuab/Desktop# ls -l bruker-topspin-3.5pl6.desktop -rwxr-x--- 1 sermnuab sermnuab 388 Feb 8 12:41 bruker-topspin-3.5pl6.desktop
Provo a executar el nou programa, i s'obre sense problemes.
Executo la comanda cf per aplicar la configuració copiada del TopSpin 3.1, i trio l'espectròmetre Avance III 600 - configured in spect. El procés es completa amb alguns avisos.
Demana que s'actualitzi el firmware de la targeta DRU,
Firmware information for DRU1: Current version on DRU1 : 2012-09-11 Minimum required version: 2015-10-14 Available for update : 2015-10-14 Please proceed as follows: 1) Wait until 'cf' is finished! 2) Start Mozilla Web browser and enter the URL 'http://149.236.99.89' 3) Click 'AQS Firmware Setup' -> 'Program new DRU firmware' 4) Browse to '/opt/topspin3.5pl6/conf/instr/servtool/dru' 5) Select the file 'dru_firmware_151014.gz and install the firmware. 6) Before starting any acquisition you must execute 'ii' in TopSpin!
i el firmware de la targeta AQS_RX1
ATTENTION: the firmware on AQS_RX1 is too old and must be updated! FPGA Firmware information for Receiver1: Current version on Receiver 1 : AV Minimum required version: AW Available for update : AW Please proceed as follows: 1) Open a terminal shell and start 'UniTool' 2) Hit the <Enter> key or enter 'aqs' as device name 3) Enter 16 as SBSB address 4) Read the warning, then hit the <Enter> key 5) Select 'Receiver Service Menu' and hit the <Enter> key 6) Select 'Manual Download' and hit the <Enter> key 7) Enter 'birds/rxs_aw.hex' and hit the <Enter> key Wait until the update is finished - this may take up to 30 min. 8) Enter 'X' repeatedly until UniTool terminates If the update is not done 'wobb' may fail with RGP_RX error.
i no detecta cap dels amplificadors
Warning: No transmitters detected, neither in the AQS rack nor at the spectrometer subnet. Make sure that all transmitters are switched on and that the ethernet cable is connected.
potser perquè cal aplicar primer les actualitzacions de més amunt.
El resultat de l'execució de cf aquest primer cop és
CONFIGURATION INFORMATION
=========================
Path : /opt/topspin3.5pl6/conf/instr/spect/uxnmr.info
Date : Wed Feb 8 12:58:46 2017
Release : TopSpin 3.5 pl 6
Installed in : /opt/topspin3.5pl6
Host : cie-56-18
OS : Linux 3.2.0-0.bpo.4-amd64 #1 SMP Debian 3.2.68-1+deb7u6~bpo60+1
CPU : Intel(R) Xeon(R) CPU W3550 @ 3.07GHz (4 cores at 2926 MHz)
User : sermnuab (SeRMN-UAB Users,,,)
System : Avance III 600 NMR spectrometer
1H-frequency : 600.13 MHz
Description : Avance III 600
Location : SeRMN UAB
Bruker Order : PH000806
Configured in: cie-56-18:/opt/topspin3.5pl6/conf/instr/spect
IPSO: connected to spectrometer subnet
- TCP/IP address = 149.236.99.90
- IPSO type: 19"
- Tctrl : 1
- Fctrls: 3
- Gctrl1: with digital preemphasis
- Rctrl : none
- FREDs : none
- DPP : 1
DRU1: AQS DRU-E Z102520/00613 ECL 03.00
- TCP/IP address = 149.236.99.89
- Firmware Version = 120911 (needs update to version 151014)
- DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2
AQS: connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
_Slot_ SBSB _____________________Board_____________________
Number Addr Type HW-VS FW-VS ID ECL Name Description
-----------------------------------------------------------
2 0x10 0x42 0x3 AV R 3.0 REC-1 AQS RXAD600 Z102117/00312 ECL 03.00 (needs update to version AW)
3 0x34 0xc0 0x1 X 0.4 REF-1 REF-600 Reference Board for AQS Receiver
4 0x24 0x19 0x8 AD S 2.0 SGU-1 AQS SGU/2 600 Z103081/00300 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
5 0x25 0x19 0x8 AD S 2.0 SGU-2 AQS SGU/2 600 Z103081/00126 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
6 0x26 0x19 0x8 AD S 2.0 SGU-3 AQS SGU/2 600 Z103081/00316 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
21 0x21 0xcf 0 P 1.0 PSD-1 PSD/3 Power Supply Distribution Board
-- 0x20 0xc6 0 B 1.2 AQS/2 AQS/2 chassis
1 0x20 0x7 0 B MASTER AQS Rack Master
Logical Receiver/SGU configuration:
Router: none installed
BSMS: BSMS/2 connected to ethernet
- TCP/IP address = 149.236.99.20
- ELCB firmware version = 20111004
- SCB channels = 40
- Shim System = BOSS2-SB
- 2HTX Amplifier: not available
- Lock: installed
Bruker Automatic Changer: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty01
- Capacity: 60 holders
- Firmware: 20040805
- use BACS air = no
- BACS sx delay = 10 s
- Sample Rail fast changer mode = no
Eurotherm VTU: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty05
Preamplifiers :
HPPR2: - HPPR/2 preamplifier connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
Type : HPPR/2
Controller: Cover/1 with Application firmware = AP
15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching
Module 1 : 1H LNA
PN=Z003462, SN=00485 from 20061101
Module 2 : XBB19F 2HS
PN=Z003506, SN=00529 from 20061024
Module 3 : 2H
PN=Z003473, SN=00491 from 20061206
Gradient Controller cable connections
--------------------------------------------------------------------
GCtrl1: connected via DPP to
RF cable connections (assumed)
--------------------------------------------------------------------
SGU1 NORM output -> open
SGU1 AUX output -> open
SGU2 NORM output -> open
SGU2 AUX output -> open
SGU3 NORM output -> open
SGU3 AUX output -> open
Blanking cable connections (assumed)
--------------------------------------------------------------------
Abans de continuar amb els Additional Setups provo a actualitzar els firmwares.
Firmware information for DRU1: Current version on DRU1 : 2012-09-11 Minimum required version: 2015-10-14 Available for update : 2015-10-14 Please proceed as follows: 1) Wait until 'cf' is finished! 2) Start Mozilla Web browser and enter the URL 'http://149.236.99.89' 3) Click 'AQS Firmware Setup' -> 'Program new DRU firmware' 4) Browse to '/opt/topspin3.5pl6/conf/instr/servtool/dru' 5) Select the file 'dru_firmware_151014.gz and install the firmware. 6) Before starting any acquisition you must execute 'ii' in TopSpin!
i el firmware de la targeta AQS_RX1
ATTENTION: the firmware on AQS_RX1 is too old and must be updated! FPGA Firmware information for Receiver1: Current version on Receiver 1 : AV Minimum required version: AW Available for update : AW Please proceed as follows: 1) Open a terminal shell and start 'UniTool' 2) Hit the <Enter> key or enter 'aqs' as device name 3) Enter 16 as SBSB address 4) Read the warning, then hit the <Enter> key 5) Select 'Receiver Service Menu' and hit the <Enter> key 6) Select 'Manual Download' and hit the <Enter> key 7) Enter 'birds/rxs_aw.hex' and hit the <Enter> key Wait until the update is finished - this may take up to 30 min. 8) Enter 'X' repeatedly until UniTool terminates If the update is not done 'wobb' may fail with RGP_RX error.
