SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

You are here: sermn_wiki » informatica » hp_z240mt_offstation_configuracio
Trace:
informatica:hp_z240mt_offstation_configuracio

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Last revision Both sides next revision
informatica:hp_z240mt_offstation_configuracio [2017/08/06 19:15]
miquel [Instal·lació de biblioteques addicionals] 		informatica:hp_z240mt_offstation_configuracio [2017/08/07 15:57]
miquel [expinstall]
Line 1: Line 1:
 ====== Configuració del ParaVision ====== ====== Configuració del ParaVision ======
  
-En realitat, no es tracta de configurar el ParaVision, sinó de +Un cop resolts els problemes que impedien que funcionés el programa, el primer cop que provo a executar el programa surt un missatge on indica que la primera vegada que s'executa el programa cal fer-ho com a NMR Superuser,
-  * crear els usuaris i grups necessaris per córrer el programa; +
-  * d'ajustar els permisos i propietaris de les carpetes del programa; i +
-  * de crear els fitxers i variables d'entorn necessàries perquè el programa funcioni correctament. +
- +
-===== Usuaris i grups ===== +
- +
-Aquests són els usuaris i grups relacionats amb el ParaVision a l'ordinador antic que s'hauran de crear al nou ordinador,+
  
 <file> <file>
-[root@sermn112 PV5.1]# cat /etc/passwd             +sermnadmin@sermn115:/opt/PV5.1$ ./pv 
-root:x:0:0:root:/root:/bin/bash +Available disk memory for ParaVision is 40Gbytes. The partition load is 59%
-... +
-mri:x:500:500:SeRMN Users:/home/mri:/bin/bash +
-nmrsu:x:501:501:Bruker Topspin/ParaVision Superuser:/home/nmrsu:/bin/bash +
-flexlm:x:502:502:FLEXlm Licence Manager:/nonexistent:/bin/sh+
  
- +Network Consistency Check : seems to be OK, ParaVision can be started
-[root@sermn112 PV5.1]# cat /etc/shadow +
-... +
-mri:<password>:13998:0:99999:7::: +
-nmrsu:<password>:14407:0:99999:7::: +
-flexlm:!!:13998:0:99999:7::: +
- +
- +
-[root@sermn112 PV5.1]# cat /etc/group   +
-... +
-mri:x:500: +
-nmrsu:x:501:nmrsu,mri +
-flexlm:x:502:flexlm +
-</file> +
- +
-Un cop creats, el resultat és: +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/etc# tail -2 /etc/passwd +
-nmrsu:x:1003:1003:Bruker TopSpin/ParaVision Superuser:/home/nmrsu:/bin/bash +
-flexlm:x:1004:1004:FLEXlm Licence Manager:/nonexistent:/bin/sh +
- +
-root@cie-50-189:/etc# tail -2 /etc/group +
-nmrsu:x:1003:sermnmri +
-flexlm:x:1004: +
- +
-root@cie-50-189:/etc# tail -2 shadow +
-nmrsu:<password>:17381:0:99999:7::: +
-flexlm:!!:17381:0:99999:7::: +
-</file> +
- +
-===== Canvi de propietaris de les carpetes i fitxerrs ===== +
- +
-La transferència de les carpetes i fitxers amb els permisos i propietaris que hi havia a l'antic ordinador, ha fet que es mantinguin els UID/GID originals dels fitxers i que ara sigui necessari corregir-los, per exemple, amb la comanda, +
- +
-<file> +
-# cd /opt/PV5.1 +
-# find . -type d -uid 501 -exec chown nmrsu:nmrsu {} \; +
-</file> +
- +
-===== Definició dels serveis locals de Bruker ===== +
- +
-Cal afegir les següents línies al final del fitxer ///etc/services// per definir els serveis locals de Bruker, +
- +
-<file> +
-# Local services +
-bfs 2201/udp # BRUKER: bootfileserver +
-bruker_ls 1700/tcp # FLEXlm licensing for Bruker +
-bbmri_ls 1700/tcp # FLEXlm licensing for Bruker +
-</file> +
- +
-===== Configuració del kernel ===== +
- +
-<WRAP important>Comprovar si cal mantenir aquesta configuració +
-</WRAP> +
- +
-A l'antiga instal·lació hi ha la següent línia al fitxer ///etc/sysctl.conf// per configurar la memòria compartida que no aplico per ara. +
- +
-<file> +
-# kernel.shmmax: Set shared memory size to total memory size (for BRUKER TOPSPIN, ParaVision). +
-kernel.shmmax = 1052028928 +
-</file> +
- +
-===== installpv - ParaVision post-installation script ===== +
- +
-Executo la comanda ''installpv'' per comprovar/corregir/completar la instal·lació del ParaVision, +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1/prog/bin# ./installpv /opt/PV5.1 nmrsu +
-Environment variable XWINNMRHOME defaults to /opt/PV5.1 +
---------------------------------------------------------------------------- +
-installpv for ParaVision running under LINUX 4.6.0-0.bpo.1-amd64 +
-Current installation script version : +
-$Id: installpv,v 1.305.2.54 2010/04/21 12:40:09 cwe Exp $ +
---------------------------------------------------------------------------- +
-your selections are: +
- +
-    ParaVision installation path : /opt/PV5.1 +
-    The NMR Superuser will be    : nmrsu +
- +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:48 2017) +
-++++ +
-Validating NMR Superuser ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:48 2017) +
-++++ +
-NMR Administration Password for special privileges +
-Nothing to do +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:48 2017) +
-++++ +
-Full TopSpin version found, continuing with normal installation procedure +
-.. +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:48 2017) +
-++++ +
-Call cf/expinstall after first start +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:48 2017) +
-++++ +
-Creating/removing some directories ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:48 2017) +
-++++ +
-Make symbolic links for Inventor ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:48 2017) +
-++++ +
-Create dump file for java shared classes ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:49 2017) +
-++++ +
-Make symbolic links for System Libs in /opt/PV5.1/prog/pvshlib ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:49 2017) +
-++++ +
-Make symbolic links for System Libs in /opt/PV5.1/prog/shlib ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:49 2017) +
-++++ +
-Check OpenGL support... +
- +
-!!!!!!! +
-WARNING (Fri Aug  4 10:39:49 2017) +
-!!!!!!! +
-No suitable OpenGL driver found; installing MESA, if not present... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:49 2017) +
-++++ +
-Running post-installation scripts ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:49 2017) +
-++++ +
-Adjusting Makefiles in exported parameter sources ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:49 2017) +
-++++ +
-installpv detected an already existing ParaVision Configuration, OK +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:49 2017) +
-++++ +
-Install default datastation configuration ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:50 2017) +
-++++ +
-Setting up CORBA Name Service for default distribution ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:50 2017) +
-++++ +
-CORBA Name Service is not running at the moment ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:50 2017) +
-++++ +
-Configuring CORBA Name Service ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:50 2017) +
-++++ +
-Starting new CORBA Name Service ... +
-nohup: ignoring input and redirecting stderr to stdout +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:55 2017) +
-++++ +
-Answer is : Starting CORBA name service: -e done +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:55 2017) +
-++++ +
-nmrsu    12550     1  6 10:39 ?        00:00:00 +
-/opt/PV5.1/jre1.6.0_13/bin/orbd -J-server -J-Xmx16m +
--J-Dcom.sun.CORBA.transport.ORBUseNIOSelectToWait=false -ORBInitialPort 12345 -defaultdb /var/log/CORBA +
-root     12573 12438  0 10:39 pts/3    00:00:00 sh -c ps -efw | grep orbd +
-root     12575 12573  0 10:39 pts/3    00:00:00 grep orbd +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:55 2017) +
-++++ +
-Checking/setting overcommit policy for processes ... +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:55 2017) +
-++++ +
-Updating permissions of ParaVision/TopSpin ... +
-.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:39:57 2017) +
-++++ +
-Creating checksum file for installation ... +
-find: `/tftpboot': No such file or directory +
- +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:40:34 2017) +
-++++ +
- +
- +
-/opt/PV5.1/prog/service/chkpv.pl: +
-( $Id: chkpv.pl,v 1.10.2.1 2009/10/20 12:28:31 roe Exp $) +
-freezing PV file tree /opt/PV5.1 of version 5.1 ... +
-================================================ +
-Results for snapshot of version /opt/PV5.1 +
-================================================ +
-Checksum file /opt/PV5.1/prog/service/configuration.md5 from Fri +
-Aug  4 10:40:34 2017 +
- +
- +
-++++ +
-INFO    (Fri Aug  4 10:40:34 2017) +
-++++ +
-ParaVision post-installation (SETUP) succeeded +
-</file> +
- +
-===== installnmr - TopSpin post-installation script ===== +
- +
-Executo la comanda ''installnmr'' per comprovar/corregir/completar la instal·lació del TopSpin, +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1# ./prog/bin/installnmr -h +
-Usage: +
-    installnmr [-option ...] <Installation Path> <NMR-superuser> +
- -encrypted <string>     +
- -help                  +
- -noadmincheck              +
- -secure                +
- -useinstalled              +
- -verbose+              +
- +
- Hit <Enter> to continue ... +
- +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1# ./prog/bin/installnmr -useinstalled +
- +
-*---------------------------------* +
- TOPSPIN 2.0PV processing package  +
-*---------------------------------* +
- +
-Update permissions of ALL TOPSPIN FILES... +
-installation of TOPSPIN version processing package  +
-continue with acquisition +
- +
-*----------------------------------* +
- TOPSPIN ts_2_0 acquisition package  +
-*----------------------------------* +
- +
-... installing helevtransfer ... +
-- A copy of the original crontab file for user nmrsu is stored in +
-  /opt/PV5.1/cronfile.nmrsu.orig +
-... installation of helevtransfer finished. +
- File /opt/PV5.1/conf/instr/curinst exists! +
- 'cf' already done for Datastation +
-installation of TOPSPIN acquisition VS ts_2_0 finished +
-exit: 0 +
- +
-</file> +
- +
-===== Reset del NMR Administration Password ===== +
- +
-Per algun motiu, no aconsegueixo que el programa //installnmr// accepti cap de les contrasenyes que fem servir habitualment com a NMR Administration Password, de forma que la reinicio segons es detalla a la //TopSpin 1.3 Installation Guide Linux.// Primer esborro el fitxer que conté el la contrasenya actual, +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/etc/init.d# cd /opt/PV5.1/ +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1# rm /opt/PV5.1/conf/nmradminpassword  +
-</file> +
- +
-i després en creo una de nova, +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1# ./prog/bin/installnmr /opt/PV5.1 nmrsu +
- +
-*---------------------------------* +
- TOPSPIN 2.0PV processing package  +
-*---------------------------------* +
- +
-New password:  +
-Retype new password:  +
-Update permissions of ALL TOPSPIN FILES... +
-installation of TOPSPIN version processing package  +
-continue with acquisition +
- +
-*----------------------------------* +
- TOPSPIN ts_2_0 acquisition package  +
-*----------------------------------* +
- +
-... installing helevtransfer ... +
-- A copy of the original crontab file for user nmrsu is stored in +
-  /opt/PV5.1/cronfile.nmrsu.orig +
-... installation of helevtransfer finished. +
- File /opt/PV5.1/conf/instr/curinst exists! +
- 'cf' already done for Datastation +
-installation of TOPSPIN acquisition VS ts_2_0 finished +
-exit: 0 +
-</file> +
- +
-===== Comprovar la integritat de la instal·lació del ParaVision ===== +
- +
-Faig servir el programa ///~paravision/prog/service/chkpv.pl// per comprovar la integritat de la instal·lació, +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1# ./prog/service/chkpv.pl --verify /opt/PV5.1/ +
- +
- +
-./prog/service/chkpv.pl: +
-( $Id: chkpv.pl,v 1.10.2.1 2009/10/20 12:28:31 roe Exp $) +
-Test started at Fri Aug  4 11:51:48 2017 for PV version 5.1 +
-verifying /opt/PV5.1/ with file /opt/PV5.1//prog/service/configuration.md5, please wait ... +
-================================================ +
-Integrity check results for /opt/PV5.1/ +
-================================================ +
-Test finished at Fri Aug  4 11:51:51 2017 +
-Checksum file from Fri Aug  4 10:40:34 2017 +
-NUMBER OF FILES MODIFIED OR REMOVED: 46 +
- +
-00001 : /opt/PV5.1/prog/service/integrity.log : MODIFIED +
- last modification at Fri Aug  4 11:51:51 2017 +
- +
-00002 : /opt/PV5.1/prog/service/configuration.md5 : MODIFIED +
- last modification at Fri Aug  4 10:40:34 2017 +
- +
-00003 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/DemoGetv : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00004 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/PVMepiAdjust : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00005 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvFidStab : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00006 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvRxDcTest : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00007 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvRxadDcTest : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00008 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/csi_filterAU : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00009 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/Combine_Spec : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00010 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/pvplot : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00011 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/gen_lut : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00012 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/au_spiraltraj : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00013 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/spi_au : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00014 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/csi_copy.au : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00015 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvRxAllTest : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00016 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvB0OffsetAu : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00017 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/au_polar : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00018 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/csi_cr.au : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00019 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/NoOperation : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00020 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/pfObserveGrad : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00021 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/CsiSplit3d : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00022 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/navig_pf : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00023 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/NmrMonitorExport : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00024 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvRxadDcAdj : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00025 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvRxDcAdj : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00026 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/CsiExtract1dSpc : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00027 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/NAV_pressAU : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00028 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/CalcLinewidth : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00029 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/IntraGateAu : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00030 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/DemoFio : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00031 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/csi_autopk.au : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00032 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvWobble : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00033 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/OverlayGrid : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00034 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/CsiExtract1dSer : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00035 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/FastmapAu : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00036 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/CsiSplitMSlices : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00037 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/au_epitraj : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00038 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/csi_trans.au : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00039 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/au_spiralregrid : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00040 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvCurProbe_au : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00041 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/spiralAU : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00042 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/NmrMonitorAu : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00043 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/csi_save.au : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00044 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/SvRxAllAdj : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00045 : /opt/PV5.1/prog/au/bin/remove_zipper : REMOVED +
- after Thu Jan  1 01:00:00 1970 +
- +
-00046 : /opt/PV5.1/cronfile.nmrsu.orig : MODIFIED +
- last modification at Fri Aug  4 10:49:17 2017 +
-</file> +
- +
-<WRAP todo> +
-Caldrà comprovar els fitxers que no s'han trobat o que s'han modificat +
-</WRAP> +
- +
-===== La comanda 'source' no existeix al shell dash ===== +
- +
-Els primers intents d'executar el ParaVision no han funcionat, de vegades amb missatges d'error que apuntaven a una instal·lació incompleta del ParaVision i/o del TopSpin, i que suggerien córrer de nou els scripts d'instal·lació ''installpv'' i/o ''installnmr''. Però per més que els he executat amb diferents opcions, el resultat ha estat sempre el mateix, +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1# /opt/PV5.1/pv +
- +
-ParaVision Home Directory points to /opt/PV5.1 +
-TopSpin Home Directory points to  +
-Hit <ENTER> to continue ... +
-Not equal, installpv possibly not yet done! +
-ParaVision cannot be started. Press the return key to continue: +
-</file> +
- +
-Finalment, quan he provat d'executar directament el script ///opt/PV5.1/prog/bin/topspin//, he obtingut un missatge d'error informatiu, +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1# ./topspin +
-./topspin: 115: ./topspin: source: not found +
-./topspin: Error: Cannot find script './prog/bin/funclib.sh' +
-Your TopSpin installation is probably corrupted. +
-You have to run 'installnmr'. +
- +
-Hit <ENTER> to continue ... +
-</file> +
- +
-on el missatge "./topspin: 115: ./topspin: source: not found" m'ha dut a comprovar quin shell s'estava emprant, +
- +
-<file> +
-root@cie-50-189:/opt/PV5.1# ls -l /bin/sh +
-lrwxrwxrwx 1 root root 4 Nov  8  2014 /bin/sh -> dash +
-</file> +
- +
-i a trobar que la comanda ''source'' no està disponible al shell dash, +
-  * [[https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/dash/+bug/65046 | Dash doesn't understand "source"]] +
-  * [[https://stackoverflow.com/questions/13702425/source-command-not-found-in-sh-shell | source command not found in sh shell]] +
-  * [[https://askubuntu.com/questions/504546/error-message-source-not-found-when-running-a-script | Error message 'source: not found' when running a script]] +
- +
-i que **la solució** es substituir la comanda ''source <filename>'' per la seva equivalent a dash, el punt: ''. <filename>'' +
- +
-===== Afegir sermnadmin al grup nmrsu ===== +
- +
-Un cop resolt el problema amb la comanda ''source'', torno a provar d'engegar el ParaVision, i aquest cop em dona un error diferent: +
- +
-<file> +
-sermnadmin@sermn115:/opt/PV5.1$ ./pv  +
-id: sermnadm: no such user+
  
 ***** *****
-ERROR   (Fri Aug  4 15:52:57 2017)+ERROR   (Mon Aug  7 14:24:31 2017)
 ***** *****
-The user sermnadm does not belong to the primary group of the NMR Superuser +The first start of ParaVision includes the spectrometer configuration which 
-nmrsu. This will lead to potential permission problems. Please add the +has not yet been accomplished. It must be performed as NMR Superuser. 
-primary group of nmrsu to the group list of user sermnadm.+Please restart ParaVision with NMR Superuser rights (either re-login as 
 +user <Nmr 
 +Superuser>  or execute the shell command 'su <Nmr Superuser>')
 </file> </file>
  
-Afegeixo //sermnadmin// al grup //nmrsu//, però el programa continua escurçant //sermnadmin// en //sermnadm// i com que no troba que pertanyi al grup //nmrsu//, el problema persisteix. +Així doncs, surto de la sessió de //sermnadmin// i obro una sessió com a //nmrsu//, i executo ParaVision,
- +
-===== Corregir la truncació de sermnadmin en sermnadm ===== +
- +
-Amb l'ajut de la comanda ''strace -f -e execve /opt/PV5.1/pv'' trobo que l'error s'origina al fitxer //~paravision/prog/bin/startpv//, més concretament a la //Bruker Medical ParaVision Perl library//. Després d'examinar el fitxer //~paravision/perl/lib/perl5/Bruker/Medical/PvUtil.pm// trobo que la causa del problema està la funció ''GetUser()'', on es fa servir la funció ''POSIX::cuserid()'', la qual deu tornar el nom d'usuari truncat a 8 caràcters. Per resoldre el problema substitueixo la funció ''cuserid()'' per la resposta més recomanada a la pregunta [[https://stackoverflow.com/questions/1378221/how-can-i-get-name-of-the-user-executing-my-perl-script | How can I get name of the user executing my Perl script?]] +
- +
-<code Perl> +
-#-------------------------------------------------------------------------- +
-# function:     GetUser +
-# returns the user name of the user who started the script +
-# parameters:   none +
-# returns local user name +
-#-------------------------------------------------------------------------- +
-sub GetUser +
-{ +
-    if (GetOperatingSystem() eq 'Windows_NT') +
-    { +
-        eval 'use Win32'; +
-        return Win32::LoginName; +
-    } +
-    else +
-    { +
-        # 20180805 - MCE - POSIX::cuserid() REPLACED +
-        # POSIX::cuserid() replaced because it seems to truncate the username to +
-        # eight characters causing ParaVision to abort at start-up whenever the +
-        # username is longer than 8 chars. I apply the recommended answer from +
-        # https://stackoverflow.com/questions/1378221/how-can-i-get-name-of-the-user-executing-my-perl$ +
-        #  +
-        ## return POSIX::cuserid(); +
-        my $username = $ENV{LOGNAME} || $ENV{USER} || getpwuid($<); +
-        return $username; +
-    } +
-} +
-</code> +
- +
-Amb això aconsegueixo que finalment s'executi el programa. +
- +
-===== Instal·lació de biblioteques addicionals - 1a part ===== +
- +
-==== libomniORB4, libomniDynamic4 i libomnithread ==== +
- +
-Al següent intent d'executar ParaVision dóna un error perquè no troba unes biblioteques relacionades amb el CORBA,+
  
 <file> <file>
-nmrsu@sermn115:/opt/PV5.1$ ldd /opt/PV5.1/prog/bin/pvcmd +nmrsu@sermn115:/opt/PV5.1$ ./pv  
- linux-gate.so.1 (0xf77c9000) +Available disk memory for ParaVision is 40Gbytes. The partition load is 59%
- libomniORB4.so.0 => not found +
- libomniDynamic4.so.0 => not found +
- libomnithread.so.3 => not found +
- libpthread.so.0 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libpthread.so.0 (0xf778c000) +
- libpcre.so.0 => not found +
- libdl.so.2 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libdl.so.2 (0xf7787000) +
- librt.so.1 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/librt.so.1 (0xf777e000) +
- libstdc++.so.6 => /usr/lib32/libstdc++.so.6 (0xf768b000) +
- libm.so.6 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libm.so.6 (0xf7645000) +
- libgcc_s.so.1 => /lib/i386-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0xf7628000) +
- libc.so.6 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libc.so.6 (0xf747b000) +
- /lib/ld-linux.so.2 (0x565f5000) +
-</file>+
  
-Instal·lo els paquets que contenen les biblioteques que manquen: +Network Consistency Check : seems to be OK, ParaVision can be started
-  * libomniorb4-1:i386 que conté libomniORB4.so.1 +
-    * caldrà crear un enllaç simbòlic de nom libomniORB4.so.0 +
-    * arrossega el paquet libomnithread3c2:i386 que conté libomnithread.so.3 +
-  * libpcre:i386 que conté libpcre.so.3 +
-    * caldrà crear un enllaç simbòlic de nom libpcre3.so.0+
  
-i creo un enllaça símbolic pel cas de la biblioteca libomniDynamic4.so.0 que ja està instal·lada, +/opt/PV5.1/topspin  -developer -paravision 
- +CPR : Path to prog : "/opt/PV5.1/prog" 
-<file> +CPR : Path to exp  : "/opt/PV5.1/exp" 
-root@sermn115:/opt/PV5.1/prog/bin# apt-get install libomniorb4-1:i386 +CPR : Path to conf : "/opt/PV5.1/conf" 
-Reading package lists... Done +PVSTARTUP checkout in pvCmd : Your FLEXlm license for PVSTARTUP version 5.000 is valid until 5-mar-2034 
-Building dependency tree        +Turning on modules: 
-Reading state information... Done + org.openide.util [6.8.31 200704122300] 
-The following package was automatically installed and is no longer required: + org.openide.modules [6.5.31 200704122300] 
-  libgconf2-4 + org.openide.filesystems [6.4.31 200704122300] 
-Use 'apt-get autoremove' to remove it. + org.openide.awt [6.7.31 200704122300] 
-The following extra packages will be installed: + org.openide.options [6.4.31 200704122300] 
-  libomnithread3c2:i386 + org.openide.dialogs [6.5.31 200704122300] 
-The following NEW packages will be installed: + org.openide.nodes [6.7.31 200704122300] 
-  libomniorb4-1:i386 libomnithread3c2:i386 + org.openide.explorer [6.5.31 1 200704122300] 
-0 upgraded, 2 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. + org.openide.windows [6.5.31 200704122300] 
-Need to get 0 B/1,495 kB of archives. + org.openide.text [6.9.32 200704122300] 
-After this operation, 4,566 kB of additional disk space will be used. + org.openide.actions [6.5.31 200704122300] 
-Do you want to continue? [Y/n] y + de.bruker.mri.thirdparty [1.0 100505] 
-Selecting previously unselected package libomnithread3c2. + de.bruker.mri.lib [1.0 100505] 
-(Reading database ... 160073 files and directories currently installed.) + de.bruker.mri.serviceprovider [1.0 100505] 
-Preparing to unpack .../libomnithread3c2_4.1.6-2_i386.deb ... + org.netbeans.api.progress/1 [1.5.31 200704122300] 
-Unpacking libomnithread3c2 (4.1.6-2) ... + de.bruker.mri.util [1.0 100505] 
-Selecting previously unselected package libomniorb4-1. + de.bruker.mri.diagrams [1.0 100505] 
-Preparing to unpack .../libomniorb4-1_4.1.6-2_i386.deb ... + jmf [1.0 100505] 
-Unpacking libomniorb4-1 (4.1.6-2) ... + de.bruker.mri.infra [1.0 100505] 
-Setting up libomnithread3c2 (4.1.6-2) ... + de.bruker.mri.viewer [1.0 100505] 
-Setting up libomniorb4-1 (4.1.6-2) ... + de.bruker.mri.compat [1.0 100505] 
-Processing triggers for libc-bin (2.19-18+deb8u10) ... + de.bruker.mri.cpr [1.0 100505] 
- + de.bruker.mri.viewer2d [1.0 100505] 
-root@sermn115:/opt/PV5.1/prog/bin# ln -s /usr/lib/libomniORB4.so.1.6 /usr/lib/libomniORB4.so.0  + de.bruker.mri.recoviewer2d [1.0 100505] 
-root@sermn115:/opt/PV5.1/prog/bin# ls -l /usr/lib/libomniORB4* + org.openide.loaders [5.9.31 200704122300] 
-lrwxrwxrwx 1 root root      27 Aug  4 16:42 /usr/lib/libomniORB4.so.0 -> /usr/lib/libomniORB4.so.1.6 + org.netbeans.bootstrap/1 [2.3.31 200704122300] 
-lrwxrwxrwx 1 root root      18 Mar  6  2012 /usr/lib/libomniORB4.so.1 -> libomniORB4.so.1.6 + org.netbeans.core.startup/1 [1.5.31 200704122300] 
--rw-r--r-- 1 root root 1609476 Mar  6  2012 /usr/lib/libomniORB4.so.1.6 + org.netbeans.swing.plaf [1.5.31 200704122300] 
- + org.netbeans.core/2 [3.2.31.1 200704122300] 
-root@sermn115:/opt/PV5.1/prog/bin# ln -s /usr/lib/libomniDynamic4.so.1.6 /usr/lib/libomniDynamic4.so.0 + org.netbeans.modules.settings/1 [1.10.51 200704122300] 
-root@sermn115:/opt/PV5.1/prog/bin# ls -l /usr/lib/libomniDynamic4.so* + de.bruker.mri.pipeadm [1.0 100505] 
-lrwxrwxrwx 1 root root      31 Aug  4 16:43 /usr/lib/libomniDynamic4.so.0 -> /usr/lib/libomniDynamic4.so.1.6 + de.bruker.mri.exportservices [1.0 100505] 
-lrwxrwxrwx 1 root root      22 Mar  6  2012 /usr/lib/libomniDynamic4.so.1 -> libomniDynamic4.so.1.6 + org.netbeans.swing.tabcontrol [1.6.31 200704122300] 
--rw-r--r-- 1 root root 2372640 Mar  6  2012 /usr/lib/libomniDynamic4.so.1.6 + de.bruker.mri.viewer1d [1.0 100505] 
- + de.bruker.mri.acqviewer1d [1.0 100505] 
-root@sermn115:/home/sermnadmin# ln -s /lib/i386-linux-gnu/libpcre.so.3.13.1 /lib/i386-linux-gnu/libpcre.so.0 + org.netbeans.core.windows/2 [2.7.31.1 200704122300] 
-root@sermn115:/home/sermnadmin# ls -l /lib/i386-linux-gnu/libpcre.so*lrwxrwxrwx 1 root root     37 Aug  4 16:59 /lib/i386-linux-gnu/libpcre.so.0 -> /lib/i386-linux-gnu/libpcre.so.3.13.1 + org.netbeans.libs.formlayout/1 [1.2.31 1 200704122300] 
-lrwxrwxrwx 1 root root     17 Mar 26  2016 /lib/i386-linux-gnu/libpcre.so.3 -> libpcre.so.3.13.1 + de.bruker.mri.vip [ 100505] 
--rw-r--r-- 1 root root 464180 Mar 26  2016 /lib/i386-linux-gnu/libpcre.so.3.13.1 + de.bruker.mri.jni [1.0 100505] 
- + org.netbeans.modules.options.api/0 [1.3.31 200704122300] 
-nmrsu@sermn115:/opt/PV5.1$ ldd ./prog/bin/pvcmd  + de.bruker.mri.recoviewer1d [1.0 100505] 
- linux-gate.so.1 (0xf773a000) + de.bruker.mri.jive [1.0 100505] 
- libomniORB4.so.0 => /usr/lib/libomniORB4.so.0 (0xf758e000) + org.netbeans.core.ui/1 [1.9.31 200704122300] 
- libomniDynamic4.so.0 => /usr/lib/libomniDynamic4.so.0 (0xf734a000) +/opt/PV5.1/prog/pvmacros/PvStartup: 115: [: 1003: unexpected operator 
- libomnithread.so.3 => /usr/lib/libomnithread.so.3 (0xf7343000) +PVSTARTUP validation in pvScan : Your FLEXlm license for PVSTARTUP version 5.000 is valid until 5-mar-2034
- libpthread.so.0 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libpthread.so.0 (0xf7327000) +
- libpcre.so.0 => /lib/i386-linux-gnu/libpcre.so.0 (0xf72b4000) +
- libdl.so.2 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libdl.so.2 (0xf72af000) +
- librt.so.1 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/librt.so.1 (0xf72a6000) +
- libstdc++.so.6 => /usr/lib/i386-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0xf71b3000) +
- libm.so.6 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libm.so.6 (0xf716d000) +
- libgcc_s.so.1 => /lib/i386-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0xf7150000) +
- libc.so.6 => /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libc.so.6 (0xf6fa3000) +
- /lib/ld-linux.so.2 (0x56646000)+
 </file> </file>
  
-Ara que s'han instal·lat les biblioteques que necessita el programa, faig un nou intent d'executar el ParaVision, però dóna un nou error,+i el programa s'obre sense cap missatge d'error i només amb dos missatges d'avís: un per informar que la versió de GNU/Linux no és l'esperada (és més nova, mooolt més nova), i un altre per avisar de que no troba les darreres dades per mostrar-les en pantalla.
  
-<file> +{{ :informatica:paravision:20170807-1429-paravision-51-first-time-on-debian.png | Executant ParaVision 5.1 per primer cop a Debian 8.9 "Jessie"}}
-sermnadmin@sermn115:/opt/PV5.1$ ./pv +
-/opt/PV5.1/prog/bin/scripts/../topspin: 1: /opt/PV5.1/prog/bin/scripts/../topspin: /opt/PV5.1/pathScript: not found +
-/opt/PV5.1/prog/bin/scripts/../topspin: 1: /opt/PV5.1/prog/bin/scripts/../topspin: /opt/PV5.1/pathScript: not found +
-/opt/PV5.1/prog/bin/pvcmd: symbol lookup error: /opt/PV5.1/prog/bin/pvcmd: undefined symbol: _ZN4omni11omniORB_4_0E+
  
-***** +Com es pot veure a la captura de pantalla, es mostra la finestra de configuració de l'espectròmetre //Configuration check// i caldrà executar les comandes ''Cf'' i ''Expinstall'' per configurar l'espectròmetre (en aquest cas, una datastation).
-ERROR   (Sun Aug  6 17:17:18 2017) +
-***** +
-Cannot access the CORBA Name Service though it is running. You may restart +
-the CORBA Name Service by entering the command (as user root)+
  
-/etc/init.d/corbaNameService.default restart +===== Configuració del sistema amb 'cf' =====
-</file>+
  
-Comprovo amb ''ldd -d'' (-d, --data-relocs   process data relocations) quin és el problema,+<WRAP help> 
 +Abans de configurar el sistema consultar la següent documentació:
  
-<file> +**ParaVision Configuration after Installation.**\\ ParaVision 5.1 Manual. Chapter 1.\\  (Documentació en PDF del programa al fitxer ///opt/PV5.1/prog/docu/english/pvman/E/Docs/E01_ConfigurationStart.pdf//)
-sermnadmin@sermn115:/opt/PV5.1/prog/bin$ ldd -d ./pvcmd +
- linux-gate.so.1 (0xf770b000) +
- libomniORB4.so.0 => /usr/lib/libomniORB4.so.0 (0xf755f000) +
- ... +
- /lib/ld-linux.so.2 (0x565a9000) +
-undefined symbol: _ZN4omni11omniORB_4_0E (./pvcmd) +
-undefined symbol: _ZTIN14PortableServer19RefCountServantBaseE (./pvcmd) +
-</file>+
  
-i veig que hi ha dos símbols a l'executable ''pvcmd'' que no es troben en cap de les biblioteques dinàmiques enllaçades. Examino les biblioteques, i trobo que el símbol està disponible a ''libomniORB4.so.0'',+**System Configuration. Configuration for a Datastation.**\\  
 +ParaVision® 4.0. Advanced Users Manual. Part 1. Chapter 2.  Page D-2-66.\\ 
 +(Documentació impresa) 
 +</WRAP>
  
-<file> +Premo el botó <key>cf</key> a la pantalla inicial i edito la selecció de la configuració activa //Datastation//: 
-$ readelf --symbols /usr/lib/libomniORB4.so.0 | grep ZN4omni11omniORB +  * Configuration:  Datastation 
-  5428: 001879c8     4 OBJECT  GLOBAL DEFAULT   26 _ZN4omni11omniORB_4_1E +  * Spectrometer type:  Avance-AV 300 
-</file>+  * Frequency [MHz]:  300.13 
 +  * Type:  Datastation
  
-però amb un número de versió superior: **4_1E** en comptes de **4_0E**. Com que un canvi de versió vol dir que es perd la compatibilitat cap enrere, hauré de localitzar la versió de la biblioteca amb el símbol correcte, i instal·lar-la.+A les finestes següents accepto els paràmetres de configuració que es mostren per defecte, i premo el botó <key>Next > </key> per passar a la següent finestra. Tot i que no és necessari, a les finestres //Edit nuclei table// i //Edit Spectrometer Parameter//, premo el botó <key>Save</key> per guardar la configuració abans de passar a la finestra següent. Finalment m'aturo quan arribo a la finestra //Additional configuration programs//.
  
-==== Downgrading libomniORB4 ==== +La configuració final de la Datastation es pot consultar al fitxer //uxnmr.info//
- +
-Em descarrego els paquets //libomniORB4*// de les versions anteriors fins trobar el que conté la biblioteca ''libomniORB4.so.0'': //libomniorb4c2_4.0.6-2.1_i386.deb// de la versió Debian 4.0 (Etch) de setembre de 2007. +
- +
-Per instal·lar aquest paquet i les seves dependències, segueixo les instruccions i recomanacions que trobo als enllaços: +
-  * [[https://www.debian.org/distrib/archive | Distribution Archives - Debian archive]] +
-  * [[https://unix.stackexchange.com/questions/60555/debian-is-it-possible-safe-to-install-packages-from-an-older-version-of-the-rep | Debian: Is it possible/safe to install packages from an older version of the repository?]] +
-  * [[https://askubuntu.com/questions/138284/how-to-downgrade-a-package-via-apt-get | How to downgrade a package via apt-get?]] +
- +
-Començo per crear un fitxer amb la configuració per accedir al dipòsit de paquets de Debian Archive,+
  
 <file> <file>
-root@sermn115:/etc/apt/sources.list.d# cat 6-etch.list  +nmrsu@sermn115:/opt/PV5.1/conf/instr/Datastation$ more uxnmr.info  
-# DEBIAN ETCH FROM DEBIAN ARCHIVE+CONFIGURATION INFORMATION 
 +=========================
  
-deb http://archive.debian.org/debian/ etch contrib main non-free+Date         : Mon Aug  7 15:47:10 2017 
 +Release      : TopSpin Acquisition Version ts_2_0:pl-5 
 +Host         : sermn115 Linux 4.6.0-0.bpo.1-amd64 #1 SMP Debian 4.6.4-1~bpo8+1 (2016-08-11) x86_64 
 +User         : nmrsu (Bruker TopSpin/ParaVision Superuser,,,) 
 +System       : Datastation configured as Avance-AV NMR spectrometer 
 +               (no acquisition hardware available) 
 +1H-frequency : 300.13 MHz
 </file> </file>
  
-i tot seguit executo la comanda ''apt-get update'' per afegir els paquets de la versió //Etch// a la llista de paquets disponibles, finalment instal·lo el paquet de la versió antiga,+===== expinstall =====
  
-<file> +El pas següent és executar la comanda ''expinstall'' per instal·lar els experiments estàndard i adaptar-los a la freqüència de l'espectròmetre/datastation configurat.
-root@sermn115:/etc/apt/sources.list.d# apt-get -t etch install libomniORB4:i386 +
-Reading package lists... Done +
-Building dependency tree        +
-Reading state information... Done +
-Note, selecting 'libomniorb4c2:i386' instead of 'libomniorb4:i386' +
-The following extra packages will be installed: +
-  libssl0.9.8:i386 +
-The following NEW packages will be installed: +
-  libomniorb4c2:i386 libssl0.9.8:i386 +
-0 upgraded, 2 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. +
-Need to get 3,864 kB of archives. +
-After this operation, 10.2 MB of additional disk space will be used. +
-Do you want to continue? [Y/n] n        +
-Abort.+
  
-root@sermn115:/etc/apt/sources.list.d# apt-get -t etch install libomniORB4:i386 
-Reading package lists... Done 
-Building dependency tree        
-Reading state information... Done 
-Note, selecting 'libomniorb4c2:i386' instead of 'libomniorb4:i386' 
-The following extra packages will be installed: 
-  libssl0.9.8:i386 
-The following NEW packages will be installed: 
-  libomniorb4c2:i386 libssl0.9.8:i386 
-0 upgraded, 2 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded. 
-Need to get 3,864 kB of archives. 
-After this operation, 10.2 MB of additional disk space will be used. 
-Do you want to continue? [Y/n]  
-WARNING: The following packages cannot be authenticated! 
-  libssl0.9.8:i386 libomniorb4c2:i386 
-Install these packages without verification? [y/N] y 
-Get:1 http://archive.debian.org/debian/ etch/main libssl0.9.8 i386 0.9.8c-4etch9 [2,722 kB] 
-Get:2 http://archive.debian.org/debian/ etch/main libomniorb4c2 i386 4.0.6-2.1 [1,142 kB] 
-Fetched 3,864 kB in 1s (2,825 kB/s)          
-Preconfiguring packages ... 
-Selecting previously unselected package libssl0.9.8. 
-(Reading database ... 160171 files and directories currently installed.) 
-Preparing to unpack .../libssl0.9.8_0.9.8c-4etch9_i386.deb ... 
-Unpacking libssl0.9.8 (0.9.8c-4etch9) ... 
-Selecting previously unselected package libomniorb4c2. 
-Preparing to unpack .../libomniorb4c2_4.0.6-2.1_i386.deb ... 
-Unpacking libomniorb4c2 (4.0.6-2.1) ... 
-Setting up libssl0.9.8 (0.9.8c-4etch9) ... 
-Setting up libomniorb4c2 (4.0.6-2.1) ... 
-Processing triggers for libc-bin (2.19-18+deb8u10) ... 
-</file> 
- 
-Comprovo que efectivament s'hagi instal·lat la biblioteca que necessita el programa ''pvcmd'', 
- 
-<file> 
-root@sermn115:/usr/lib# ls -l libomniORB* 
-lrwxrwxrwx 1 root root      18 Aug 28  2006 libomniORB4.so.0 -> libomniORB4.so.0.6 
--rw-r--r-- 1 root root 1436828 Aug 28  2006 libomniORB4.so.0.6 
-</file> 
- 
-i que contingui la versió correcta **4_0E** del símbol ''ZN4omni11omniORB'', 
- 
-<file> 
-# readelf --symbols /usr/lib/libomniORB4.so.0 | grep ZN4omni11omniORB 
-  3581: 0015e90c     4 OBJECT  GLOBAL DEFAULT   23 _ZN4omni11omniORB_4_0E 
-</file> 
  
  
informatica/hp_z240mt_offstation_configuracio.txt · Last modified: 2017/08/07 16:28 by miquel

Page Tools

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki