SeRMN Wiki

This page is read only. You can view the source, but not change it. Ask your administrator if you think this is wrong.
====== Estació de treball HP Z240T pel processament de MRI/MRS ======

Aquesta estació de treball es va comprar al juliol de 2016 per substituir l'estació de treball HP xw4300 destinada al processament de dades de MRI/MRS adquirides amb l'espectròmetre Bruker BioSpec 70/30USR.

Es va instal·lar la versió 8.x de GNU/Linux Debian, i la versio 5.x del ParaVision.

===== Hardware specifications =====

Especificacions del maquinari amb data de 2017-04-18:

<file>
sermnadmin@sermn115:~$ sudo lshw
[sudo] password for sermnadmin: 
sermn115                  
    description: Computer
    width: 64 bits
    capabilities: smbios-2.7 vsyscall32
  *-core
       description: Motherboard
       physical id: 0
     *-memory
          description: System memory
          physical id: 0
          size: 7774MiB
     *-cpu
          product: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
          vendor: Intel Corp.
          physical id: 1
          bus info: cpu@0
          size: 895MHz
          capacity: 3900MHz
          width: 64 bits
          capabilities: fpu fpu_exception wp vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp x86-64 constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp cpufreq
     *-pci
          description: Host bridge
          product: Intel Corporation
          vendor: Intel Corporation
          physical id: 100
          bus info: pci@0000:00:00.0
          version: 07
          width: 32 bits
          clock: 33MHz
        *-display
             description: VGA compatible controller
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 2
             bus info: pci@0000:00:02.0
             version: 06
             width: 64 bits
             clock: 33MHz
             capabilities: pciexpress msi pm vga_controller bus_master cap_list rom
             configuration: driver=i915 latency=0
             resources: irq:125 memory:d0000000-d0ffffff memory:c0000000-cfffffff ioport:3000(size=64) memory:c0000-dffff
        *-usb
             description: USB controller
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 14
             bus info: pci@0000:00:14.0
             version: 31
             width: 64 bits
             clock: 33MHz
             capabilities: pm msi xhci bus_master cap_list
             configuration: driver=xhci_hcd latency=0
             resources: irq:124 memory:d1020000-d102ffff
           *-usbhost:0
                product: xHCI Host Controller
                vendor: Linux 4.6.0-0.bpo.1-amd64 xhci-hcd
                physical id: 0
                bus info: usb@1
                logical name: usb1
                version: 4.06
                capabilities: usb-2.00
                configuration: driver=hub slots=16 speed=480Mbit/s
              *-usb:0
                   description: Keyboard
                   product: HP USB Slim Keyboard
                   vendor: Hewlett-Packard
                   physical id: 6
                   bus info: usb@1:6
                   version: 1.10
                   capabilities: usb-1.10
                   configuration: driver=usbhid maxpower=98mA speed=2Mbit/s
              *-usb:1
                   description: Mouse
                   product: HP USB 1000dpi Laser Mouse
                   vendor: HP
                   physical id: 7
                   bus info: usb@1:7
                   version: 1.00
                   capabilities: usb-2.00
                   configuration: driver=usbhid maxpower=100mA speed=2Mbit/s
           *-usbhost:1
                product: xHCI Host Controller
                vendor: Linux 4.6.0-0.bpo.1-amd64 xhci-hcd
                physical id: 1
                bus info: usb@2
                logical name: usb2
                version: 4.06
                capabilities: usb-3.00
                configuration: driver=hub slots=10 speed=5000Mbit/s
              *-usb
                   description: Mass storage device
                   product: USB3.0 Card Reader
                   vendor: Realtek
                   physical id: 3
                   bus info: usb@2:3
                   logical name: scsi4
                   version: 29.08
                   serial: 201408282030
                   capabilities: usb-3.00 scsi emulated
                   configuration: driver=usb-storage maxpower=800mA speed=5000Mbit/s
                 *-disk
                      description: SCSI Disk
                      product: USB3.0 CRW
                      vendor: Generic-
                      physical id: 0.0.0
                      bus info: scsi@4:0.0.0
                      logical name: /dev/sdb
                      version: 1.00
                      serial: 2012062914345300
                      capabilities: removable
                      configuration: ansiversion=6 logicalsectorsize=512 sectorsize=512
                    *-medium
                         physical id: 0
                         logical name: /dev/sdb
        *-generic UNCLAIMED
             description: Signal processing controller
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 14.2
             bus info: pci@0000:00:14.2
             version: 31
             width: 64 bits
             clock: 33MHz
             capabilities: pm msi cap_list
             configuration: latency=0
             resources: memory:d104a000-d104afff
        *-communication:0
             description: Communication controller
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 16
             bus info: pci@0000:00:16.0
             version: 31
             width: 64 bits
             clock: 33MHz
             capabilities: pm msi bus_master cap_list
             configuration: driver=mei_me latency=0
             resources: irq:126 memory:d104b000-d104bfff
        *-communication:1
             description: Serial controller
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 16.3
             bus info: pci@0000:00:16.3
             version: 31
             width: 32 bits
             clock: 66MHz
             capabilities: msi pm 16550 cap_list
             configuration: driver=serial latency=0
             resources: irq:19 ioport:3080(size=8) memory:d104f000-d104ffff
        *-storage
             description: RAID bus controller
             product: 82801 SATA Controller [RAID mode]
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 17
             bus info: pci@0000:00:17.0
             version: 31
             width: 32 bits
             clock: 66MHz
             capabilities: storage msi pm bus_master cap_list
             configuration: driver=ahci latency=0
             resources: irq:123 memory:d1048000-d1049fff memory:d104e000-d104e0ff ioport:3088(size=8) ioport:3090(size=4) ioport:3060(size=32) memory:d104c000-d104c7ff
        *-isa
             description: ISA bridge
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 1f
             bus info: pci@0000:00:1f.0
             version: 31
             width: 32 bits
             clock: 33MHz
             capabilities: isa bus_master
             configuration: latency=0
        *-memory UNCLAIMED
             description: Memory controller
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 1f.2
             bus info: pci@0000:00:1f.2
             version: 31
             width: 32 bits
             clock: 33MHz (30.3ns)
             configuration: latency=0
             resources: memory:d1044000-d1047fff
        *-multimedia
             description: Audio device
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 1f.3
             bus info: pci@0000:00:1f.3
             version: 31
             width: 64 bits
             clock: 33MHz
             capabilities: pm msi bus_master cap_list
             configuration: driver=snd_hda_intel latency=64
             resources: irq:127 memory:d1040000-d1043fff memory:d1030000-d103ffff
        *-serial UNCLAIMED
             description: SMBus
             product: Intel Corporation
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 1f.4
             bus info: pci@0000:00:1f.4
             version: 31
             width: 64 bits
             clock: 33MHz
             configuration: latency=0
             resources: memory:d104d000-d104d0ff ioport:efa0(size=32)
        *-network
             description: Ethernet interface
             product: Ethernet Connection (2) I219-LM
             vendor: Intel Corporation
             physical id: 1f.6
             bus info: pci@0000:00:1f.6
             logical name: eth0
             version: 31
             serial: dc:4a:3e:6f:8d:fa
             size: 1Gbit/s
             capacity: 1Gbit/s
             width: 32 bits
             clock: 33MHz
             capabilities: pm msi bus_master cap_list ethernet physical tp 10bt 10bt-fd 100bt 100bt-fd 1000bt-fd autonegotiation
             configuration: autonegotiation=on broadcast=yes driver=e1000e driverversion=3.2.6-k duplex=full firmware=0.8-4 ip=192.168.2.15 latency=0 link=yes multicast=yes port=twisted pair speed=1Gbit/s
             resources: irq:122 memory:d1000000-d101ffff
     *-scsi:0
          physical id: 2
          logical name: scsi0
          capabilities: emulated
        *-disk
             description: ATA Disk
             product: WDC WD10EZEX-60W
             vendor: Western Digital
             physical id: 0.0.0
             bus info: scsi@0:0.0.0
             logical name: /dev/sda
             version: 1A01
             serial: WD-WCC6Y4CKDEX3
             size: 931GiB (1TB)
             capabilities: gpt-1.00 partitioned partitioned:gpt
             configuration: ansiversion=5 guid=7d144127-4058-4278-b714-e96fcfbd31a0 logicalsectorsize=512 sectorsize=4096
           *-volume:0
                description: Windows FAT volume
                vendor: mkfs.fat
                physical id: 1
                bus info: scsi@0:0.0.0,1
                logical name: /dev/sda1
                logical name: /boot/efi
                version: FAT32
                serial: efb4-af8d
                size: 510MiB
                capacity: 511MiB
                capabilities: boot fat initialized
                configuration: FATs=2 filesystem=fat mount.fstype=vfat mount.options=rw,relatime,fmask=0077,dmask=0077,codepage=437,iocharset=utf8,shortname=mixed,errors=remount-ro name=EFI System Partition state=mounted
           *-volume:1
                description: EXT4 volume
                vendor: Linux
                physical id: 2
                bus info: scsi@0:0.0.0,2
                logical name: /dev/sda2
                logical name: /boot
                version: 1.0
                serial: 253c05b3-1d90-46e1-902b-123b755da23c
                size: 244MiB
                capabilities: journaled extended_attributes huge_files dir_nlink recover extents ext4 ext2 initialized
                configuration: created=2016-08-19 17:00:17 filesystem=ext4 label=BOOT lastmountpoint=/boot modified=2017-04-11 10:59:53 mount.fstype=ext4 mount.options=rw,relatime,stripe=4,data=ordered mounted=2017-04-11 10:59:53 state=mounted
           *-volume:2
                description: LVM Physical Volume
                vendor: Linux
                physical id: 3
                bus info: scsi@0:0.0.0,3
                logical name: /dev/sda3
                serial: WLlbQo-zntX-xI1a-NbZZ-JCSw-8VFZ-XRZqeS
                size: 930GiB
                capabilities: multi lvm2
     *-scsi:1
          physical id: 3
          logical name: scsi2
          capabilities: emulated
        *-cdrom
             description: DVD-RAM writer
             product: DVDRW  GUD0N
             vendor: hp HLDS
             physical id: 0.0.0
             bus info: scsi@2:0.0.0
             logical name: /dev/cdrom
             logical name: /dev/cdrw
             logical name: /dev/dvd
             logical name: /dev/dvdrw
             logical name: /dev/sr0
             version: SD03
             capabilities: removable audio cd-r cd-rw dvd dvd-r dvd-ram
             configuration: ansiversion=5 status=nodisc           
</file>


===== CPU Specifications (cpuinfo) =====

Especificacions del processador amb data de 2016-04-18:

<file>
sermnadmin@sermn115:~$ cat /proc/cpuinfo 
processor	: 0
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 94
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
stepping	: 3
microcode	: 0x88
cpu MHz		: 3800.097
cache size	: 8192 KB
physical id	: 0
siblings	: 8
core id		: 0
cpu cores	: 4
apicid		: 0
initial apicid	: 0
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
cpuid level	: 22
wp		: yes
flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp
bugs		:
bogomips	: 7007.86
clflush size	: 64
cache_alignment	: 64
address sizes	: 39 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor	: 1
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 94
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
stepping	: 3
microcode	: 0x88
cpu MHz		: 3734.882
cache size	: 8192 KB
physical id	: 0
siblings	: 8
core id		: 1
cpu cores	: 4
apicid		: 2
initial apicid	: 2
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
cpuid level	: 22
wp		: yes
flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp
bugs		:
bogomips	: 7008.69
clflush size	: 64
cache_alignment	: 64
address sizes	: 39 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor	: 2
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 94
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
stepping	: 3
microcode	: 0x88
cpu MHz		: 878.417
cache size	: 8192 KB
physical id	: 0
siblings	: 8
core id		: 2
cpu cores	: 4
apicid		: 4
initial apicid	: 4
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
cpuid level	: 22
wp		: yes
flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp
bugs		:
bogomips	: 7008.70
clflush size	: 64
cache_alignment	: 64
address sizes	: 39 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor	: 3
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 94
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
stepping	: 3
microcode	: 0x88
cpu MHz		: 845.878
cache size	: 8192 KB
physical id	: 0
siblings	: 8
core id		: 3
cpu cores	: 4
apicid		: 6
initial apicid	: 6
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
cpuid level	: 22
wp		: yes
flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp
bugs		:
bogomips	: 7008.73
clflush size	: 64
cache_alignment	: 64
address sizes	: 39 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor	: 4
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 94
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
stepping	: 3
microcode	: 0x88
cpu MHz		: 887.304
cache size	: 8192 KB
physical id	: 0
siblings	: 8
core id		: 0
cpu cores	: 4
apicid		: 1
initial apicid	: 1
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
cpuid level	: 22
wp		: yes
flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp
bugs		:
bogomips	: 7009.03
clflush size	: 64
cache_alignment	: 64
address sizes	: 39 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor	: 5
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 94
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
stepping	: 3
microcode	: 0x88
cpu MHz		: 899.199
cache size	: 8192 KB
physical id	: 0
siblings	: 8
core id		: 1
cpu cores	: 4
apicid		: 3
initial apicid	: 3
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
cpuid level	: 22
wp		: yes
flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp
bugs		:
bogomips	: 7008.76
clflush size	: 64
cache_alignment	: 64
address sizes	: 39 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor	: 6
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 94
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
stepping	: 3
microcode	: 0x88
cpu MHz		: 871.171
cache size	: 8192 KB
physical id	: 0
siblings	: 8
core id		: 2
cpu cores	: 4
apicid		: 5
initial apicid	: 5
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
cpuid level	: 22
wp		: yes
flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp
bugs		:
bogomips	: 7008.76
clflush size	: 64
cache_alignment	: 64
address sizes	: 39 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor	: 7
vendor_id	: GenuineIntel
cpu family	: 6
model		: 94
model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz
stepping	: 3
microcode	: 0x88
cpu MHz		: 859.277
cache size	: 8192 KB
physical id	: 0
siblings	: 8
core id		: 3
cpu cores	: 4
apicid		: 7
initial apicid	: 7
fpu		: yes
fpu_exception	: yes
cpuid level	: 22
wp		: yes
flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb intel_pt tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm mpx rdseed adx smap clflushopt xsaveopt xsavec xgetbv1 dtherm ida arat pln pts hwp hwp_notify hwp_act_window hwp_epp
bugs		:
bogomips	: 7008.77
clflush size	: 64
cache_alignment	: 64
address sizes	: 39 b
</file>


===== Descripció tècnica =====

==== Dades per l'inventari ====

^ Descripció        | Estació de treball HP Z240T   |
^ Marca             | Hewlett Packard               |
^ Model             | HP Workstation Z240T          |
^ Núm. sèrie        | CZC6288P4V                    |
^ Núm. referència   | J9C05EA#ABE                   |
^ Potència          | 250 W                         |
^ Emplaçament       | c2/-135                       |
^ Núm. inventari    | 020683954                     |

==== Estació de treball pel processament de MRI/MRS ====

^ PC HP Z240T - MRI/MRS Off-Station              ^^
^ Data de compra     | 2016-07-20                |
^ DHCP UAB                                       ^^
^ Data d'alta        | 2016-08-18                |
^ Adreça MAC         | DC4A3E6F8DFA              |
^ Hostname           | sermn115                  |
^ Adreça IP          | 192.168.2.15 ((A la xarxa UAB té assignada l'adreça IP 158.109.50.189, actualment sense ús, pendent de donar de baixa de la xarxa UAB))    |
^ DADES TÈCNIQUES                                ^^
^ Descripció         | Estació de treball        |
^ Marca              | Hewlett Packard           |
^ Model              | HP Workstation Z240T      |
^ Núm. sèrie         | CZC6288P4V                |
^ Núm. referència    | J9C05EA#ABE               |
^ Potència           | 250 W                     |
^ Emplaçament        | c2/-135 (sala de l'Avance DPX 360MHz)             |
^ HP Care Pack       | FIXME      |

==== Monitor ViewSonic VA2445-LED ====

=== Dades per l'inventari ===

^ Descripció        | Monitor ViewSonic VA2445-LED - MRI/MRS Off-Station   |
^ Marca             | ViewSonic         |
^ Model             | VA2445-LED        |
^ Núm. sèrie        | TSQ160140056      |
^ Núm. referència   | VS15453           |
^ Potència          | 22 W              |
^ Emplaçament       | c2/-135 (sala de l'Avance DPX 360MHz)            |
^ Núm. inventari    | 020680391         |

=== Dades tècniques ===

^ Monitor ViewSonic VA2445-LED - MRI/MRS Off-Station      ^^
^ Data de compra     | 2016-07-22 (4.500.308.789)         |
^ DADES TÈCNIQUES                                         ^^
^ Descripció         | Monitor LCD TFT TN WLED Backlit    |
^ Marca              | ViewSonic                          |
^ Model              | VA2445-LED                         |
^ Núm. sèrie         | TSQ160140056                       |
^ Núm. referència    | VS15453                            |
^ Potència           | 22 W                               |
^ Emplaçament        | c2/-135 (sala de l'Avance DPX 360MHz)            |

===== Preparació del disc per la instal·lació de Debian GNU/Linux =====

Aquest cop no cal fer cap operació especial amb el disc dur abans d'instal·lar el Debian GNU/Linux.

==== Particions Windows originals ====

El disc dur ve amb Windows 7 / Windows 10 pre-instal·lats. Com que no els volem per res, decideixo sobreescriure el contingut i les particions de Windows, i aprofitar tot el disc per la instal·lació de GNU/Linux.


===== Particions per Debian GNU/Linux =====

En comptes de crear les particions abans d'instal·lar el Debian GNU/Linux, faré servir el programa d'instal·lació per repartir el disc fent ús del gestor de volums lògics LVM2, però miraré de seguir l'esquema de partició emprat a altres estacions de treball d'espectròmetres:

  * Partició primària **/ (root)** de 20 GiB. Inclou ''/usr'' i ''/tmp''
  * Partició lògica **/var** de 10 GiB.
  * Partició swap de 12 GiB.
  * Partició lògica **/opt** de 40 GiB. Pel ParaVision i altre programari Bruker.
  * Partició lògica **/home** de 350 GiB.

tot i que caldrà adaptar-ho al major volum de les dades adquirides amb el BioSpec, i a l'ús del gestor de volums lògics LVM2 en comptes de particions tradicionals.

===== Instal·lació de Debian GNU/Linux =====

Instal·lo la distribució de GNU/Linux instal·lada és la **Debian version 8.5, released on June 4th, 2016, codenamed //jessie,// AMD64 architecture.** a partir d'un pendrive. El programa d'instal·lació detecta que es tracta d'un ordinador compatible amb UEFI i tria aquesta versió del programa ''debian-installer''.

==== Configuració inicial ====

  * Language: English
  * Country: Spain
  * Locale: en_US.UTF-8
  * Keymap: Spanish
  * Host name: cie-50-189  (configuració manual provisional)
  * Domain name: uab.cat  (configuració manual provisional)
  * User name:
    * sermnuab  (SeRMN-UAB Users)
    * sermnadmin  (SeRMN-UAB Staff)
  * Time zone: Madrid

==== Partició del disc ====

Faig servir l'opció "Whole disk using LVM" que crea les següents particions al disc:

FIXME   esquema de particions: boot + ESP (UEFI) + LVM

amb la configuració del LVM:

FIXME

<file>
Physical volume: /dev/sda3
Volume groups:   cie-50-189-vg
Logical volumes: home, root, swap_1, tmp, var
</file>

<WRAP important>
Un cop finalitzada la instal·lació, caldrà
  * ajustar la mida dels volums lògics; i
  * crear un volum lògic addicional ///opt//
</WRAP>


==== Instal·lació i configuració inicial ====

=== Instal·lació bàsica de programes ===

Les //col·leccions// de programes a instal·lar seleccionades són:
  * Desktop Environment
  * Standard System

La resta de programes que poguessin ser necessaris, s'instal·laran més endavant.

== GRUB Boot Loader ==

GRUB Boot Loader s'instal·la a ''/dev/sda''

== Reiniciar per primer cop ==

Un cop s'han instal·lat tots els paquets, reinicio l'ordinador i entro a la sessió de GNU/Debian Jessie.

==== Problemes amb UEFI ====

Quan reinicio l'ordinador, surt un missatge que indica que no troba cap sistema operatiu al disc. Segueixo les indicacions a les pàgines següents per comprovar què passa:

  * [[https://wiki.debian.org/UEFI ]]
  * [[https://wiki.debian.org/GrubEFIReinstall ]]

i la solució final és [[https://wiki.debian.org/UEFI#Force_grub-efi_installation_to_the_removable_media_path | to force grub-efi installation to the removable media path ]] o [[https://wiki.debian.org/GrubEFIReinstall#Problem1:_Weak_EFI_implementation_only_recognizes_the_fallback_bootloader | to hijack the uefi fallback boot loader.]]

Per més informació sobre UEFI i els problemes associats a una implementació incorrecte consultar:

  * [[https://wiki.debian.org/UEFI | UEFI - Debian Wiki]]
  * [[https://help.ubuntu.com/community/UEFI | UEFI - Ubuntu Official Documentation]]
  * [[http://mjg59.livejournal.com/138188.html | Booting with EFI]]
  * [[http://www.rodsbooks.com/refind/getting.html | Documentation for the rEFInd boot manager]]

==== Addició d'altres magatzems (repositories) de programes ====

Afegeixo altres magatzems (repositories) de programes a //etc/apt/sources.list.d///:

  * :ok: 0-stable.list  (Debian Stable repository)
  * :ok: 1-security.list  (Debian Security repository)
  * :ok: 2-mozilla.list  (Debian Mozilla repository). Proporciona el navegador Firefox.
  * :ok: 3-google-chrom.list  (Google Chrome for Debian repository). Proporciona el navegador Chrome de Google.
  * :ok: 5-deb-multimedia.list  (Debian Multimedia repository). Proporciona el programa Acrobar Reader.

Abans de poder treballar amb el magatzem de Debian Mozilla instal·lo primer el paquet //pkg-mozilla-archive-keyring// del magatzem de Debian Stable.

Per poder treballar amb el magatzem de Debian Multimedia, el primer paquet a descarregar i install·lo és el //deb-multimedia-keyring//.

Per poder treballar amb el magatzem de Google Chrome per Debian, primer cal descarregar-se i instal·lar la seva clau de signatura amb la comanda ''<nowiki>wget -q -O - https://dl.google.com/linux/linux_signing_key.pub | sudo apt-key add -</nowiki>''.

A les següents pàgines es poden consultar altres magatzems disponibes:
  * [[https://wiki.debian.org/UnofficialRepositories | Debian Wiki - Unofficial Repositories]]
  * [[https://sites.google.com/site/mydebiansourceslist/ | My Debian source.list]]. Craigevil's Giant Debian /etc/apt/sources.list  Updated October 24, 2012. Si aquesta data és correcta, llavors aquesta llista no està actualitzada i cal prendre-se-la amb precaució.

==== Altres paquets i programes de Debian ====

Afegeixo els següents paquets o programes (aquest no és un llistat exhaustiu, només inclou els dimonis i servidors de xarxa, i altres programes importants):
  * :ok: ssh (openssh-server, openssh-client)
  * :ok: mc (midnight commander)
  * :ok: htop, iotop, sysstat
  * :ok: glances, atop, nmon
  * :ok: iftop, nethogs, iptraf-ng
  * :ok: strace, ltrace, latrace
  * :fail: sysdig (Per ara no l'instal·lo perquè requereix la instal·lació d'un munt de paquets addicionals. M'hauré de pensar si compensa).
  * :ok: rsync
  * :ok: ftp-ssl en comptes de ftp
  * :fail: fail2ban  (substitueix a //denyhosts// pels motius exposats a [[https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=732712 | Debian Bug report logs - #732712]]. Per configurar //fail2ban// consultar els enllaços [[https://www.chrissearle.org/2015/06/16/replacing-denyhosts-with-fail2ban-for-debian/ | Replacing denyhosts with fail2ban for Debian]] i [[http://yalis.fr/cms/index.php/post/2014/11/02/Migrate-from-DenyHosts-to-Fail2ban | Migrate from DenyHosts to Fail2ban]].
  * :fail: nfs-kernel-server
  * :fail: tftp-hpa
  * :fail: tftpd-hpa <color black/yellow>Cal reconfigurar!</color>
  * :fail: bootparamd <color black/yellow>Cal reconfigurar!</color>
  * :fail: xinetd (en comptes del programa per defecte: openbsd-inetd)
  * :ok: lshw i lshw-gtk

Elimino els paquets o programes:
  * :ok: telnet
  * ...

Elimino els següents metapackages per poder eliminar altres paquets o programes que depenen d'ells sense haver de desinstal·lar altres paquets que sí que m'interessen,
  * :fail: gnome
  * :fail: gnome-desktop-environment
  * :fail: gnome-office

Llavors desinstal·lo:
  * :fail: gnome-games, gnome-games-data, gnome-games-extra-data
  * :fail: simple-scan, xsane, xsane-common, i les biblioteques relacionades
  * ...

Substitueixo:
  * :fail: la versió lliure de Java (''java-6-openjdk'' i paquets que en dependen) per la versió oficial (''sun-java6-jdk'' i paquets que en depenen).

==== Configuració de la targeta gràfica ====

La pantalla es configura automàticament amb una resolució de 1024×768 en comptes de la resolució òptima del monitor: 1920×1080. Alhora, al menú //Display// no surt la marca i model del monitor, com si no el reconegués correctament, però comprovo que el sistema operatiu sí que detecta correctament el monitor,

<file>
root@cie-50-189:~# hwinfo --monitor
20: None 00.0: 10002 LCD Monitor                                
  [Created at monitor.95]
  Unique ID: rdCR.2arDg51H8e3
  Hardware Class: monitor
  Model: "VIEWSONIC VA2445 SERIES"
  Vendor: VSC "VIEWSONIC"
  Device: eisa 0x712e "VA2445 SERIES"
  Serial ID: "TSQ160140056"
  Resolution: 720x400@70Hz
  Resolution: 640x480@60Hz
  ...
  Resolution: 1600x900@60Hz
  Resolution: 1920x1080@60Hz
  Size: 521x293 mm
  Detailed Timings #0:
     Resolution: 1920x1080
     Horizontal: 1920 2008 2052 2200 (+88 +132 +280) +hsync
       Vertical: 1080 1084 1089 1125 (+4 +9 +45) +vsync
    Frequencies: 148.50 MHz, 67.50 kHz, 60.00 Hz
  Driver Info #0:
    Max. Resolution: 1920x1080
    Vert. Sync Range: 50-75 Hz
    Hor. Sync Range: 24-82 kHz
    Bandwidth: 148 MHz
  Config Status: cfg=new, avail=yes, need=no, active=unknown
</file>

i també la targeta gràfica que hi ha a la placa base,

<file>
root@cie-50-189:~# hwinfo --framebuffer
02: None 00.0: 11001 VESA Framebuffer                           
  [Created at bios.459]
  Unique ID: rdCR.QstqgPARaQB
  Hardware Class: framebuffer
  Model: ""
  Vendor: ""
  Device: ""
  SubVendor: "Intel(R) SKL Mobile/Desktop Graphics Chipset Accelerated VGA BIOS"
  SubDevice: 
  Revision: ""
  Memory Size: 127 MB + 960 kB
  Memory Range: 0xc0000000-0xc7feffff (rw)
  Mode 0x0307: 1280x1024 (+1280), 8 bits
  ...
  Mode 0x037d: 1920x1080 (+1920), 8 bits
  Mode 0x037e: 1920x1080 (+3840), 16 bits
  Mode 0x037f: 1920x1080 (+7680), 24 bits
  Config Status: cfg=new, avail=yes, need=no, active=unknown
</file>

Així doncs, tot apunta a que hi ha un problema amb el controlador de la targeta gràfica.

=== lsmod - Z240 vs Z230 ===

<WRAP group>
<WRAP half column>

**Z240**

<file>
root@cie-50-189:~# lsmod | grep intel
kvm_intel             139116  0 
kvm                   388784  1 kvm_intel
aesni_intel           151423  0 
aes_x86_64             16719  1 aesni_intel
lrw                    12757  1 aesni_intel
glue_helper            12695  1 aesni_intel
ablk_helper            12572  1 aesni_intel
cryptd                 14516  2 aesni_intel,ablk_helper
snd_hda_intel          26407  6 
snd_hda_controller     26646  1 snd_hda_intel
snd_hda_codec         104500  5 snd_hda_codec_realtek,snd_hda_codec_hdmi,snd_hda_codec_generic,snd_hda_intel,snd_hda_controller
snd_pcm                88662  4 snd_hda_codec_hdmi,snd_hda_codec,snd_hda_intel,snd_hda_controller
snd                    65244  20 snd_hda_codec_realtek,snd_hwdep,snd_timer,snd_hda_codec_hdmi,snd_pcm,snd_hda_codec_generic,snd_hda_codec,snd_hda_intel
crc32c_intel           21809  0 
</file>

</WRAP>

<WRAP half column>

**Z230**

<file>
root@cie-55-32:/home/sermnadmin# lsmod | grep intel
intel_rapl             20480  0 
iosf_mbi               16384  1 intel_rapl
intel_powerclamp       16384  0 
aesni_intel           167936  0 
snd_hda_intel          36864  5 
snd_hda_codec         131072  4 snd_hda_codec_realtek,snd_hda_codec_hdmi,snd_hda_codec_generic,snd_hda_intel
snd_hda_core           69632  5 snd_hda_codec_realtek,snd_hda_codec_hdmi,snd_hda_codec_generic,snd_hda_codec,snd_hda_intel
aes_x86_64             20480  1 aesni_intel
lrw                    16384  1 aesni_intel
snd_pcm               102400  4 snd_hda_codec_hdmi,snd_hda_codec,snd_hda_intel,snd_hda_core
glue_helper            16384  1 aesni_intel
ablk_helper            16384  1 aesni_intel
cryptd                 20480  2 aesni_intel,ablk_helper
snd                    86016  18 snd_hda_codec_realtek,snd_hwdep,snd_timer,snd_hda_codec_hdmi,snd_pcm,snd_hda_codec_generic,snd_hda_codec,snd_hda_intel
crc32c_intel           24576  0 
</file>
</WRAP>
</WRAP>

=== hwinfo --cpu - Z240 vs Z230 ===

<WRAP group>
<WRAP half column>

**Z240**

<file>
root@cie-50-189:~# hwinfo --cpu
01: None 00.0: 10103 CPU
  [Created at cpu.455]
  Unique ID: rdCR.j8NaKXDZtZ6
  Hardware Class: cpu
  Arch: X86-64
  Vendor: "GenuineIntel"
  Model: 6.94.3 "Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1245 v5 @ 3.50GHz"
  Features: fpu,vme,de,pse,tsc,msr,pae,mce,
  cx8,apic,sep,mtrr,pge,mca,cmov,
  pat,pse36,clflush,dts,acpi,mmx,
  fxsr,sse,sse2,ss,ht,tm,pbe,
  syscall,nx,pdpe1gb,rdtscp,lm,
  constant_tsc,arch_perfmon,pebs,
  bts,rep_good,nopl,xtopology,
  nonstop_tsc,aperfmperf,eagerfpu,
  pni,pclmulqdq,dtes64,monitor,
  ds_cpl,vmx,smx,est,tm2,ssse3,
  fma,cx16,xtpr,pdcm,pcid,sse4_1,
  sse4_2,x2apic,movbe,popcnt,
  tsc_deadline_timer,aes,xsave,
  avx,f16c,rdrand,lahf_lm,abm,
  3dnowprefetch,ida,arat,epb,
  xsaveopt,pln,pts,dtherm,
  tpr_shadow,vnmi,flexpriority,
  ept,vpid,fsgsbase,tsc_adjust,
  bmi1,hle,avx2,smep,bmi2,erms,
  invpcid,rtm,mpx,rdseed,adx,smap,
  clflushopt
  Clock: 800 MHz
  BogoMips: 7004.91
  Cache: 8192 kb
  Units/Processor: 16
  Config Status: cfg=new, avail=yes, need=no, active=unknown
</file>
</WRAP>

<WRAP half column>

**Z230**

<file>
root@cie-55-32:/home/sermnadmin# hwinfo --cpu
01: None 00.0: 10103 CPU                                        
  [Created at cpu.455]
  Unique ID: rdCR.j8NaKXDZtZ6
  Hardware Class: cpu
  Arch: X86-64
  Vendor: "GenuineIntel"
  Model: 6.60.3 "Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1246 v3 @ 3.50GHz"
  Features: fpu,vme,de,pse,tsc,msr,pae,mce,
  cx8,apic,sep,mtrr,pge,mca,cmov,
  pat,pse36,clflush,dts,acpi,mmx,
  fxsr,sse,sse2,ss,ht,tm,pbe,
  syscall,nx,pdpe1gb,rdtscp,lm,
  constant_tsc,arch_perfmon,pebs,
  bts,rep_good,nopl,xtopology,
  nonstop_tsc,aperfmperf,eagerfpu,
  pni,pclmulqdq,dtes64,monitor,
  ds_cpl,vmx,smx,est,tm2,ssse3,
  sdbg,fma,cx16,xtpr,pdcm,pcid,sse4_1,
  sse4_2,x2apic,movbe,popcnt,
  tsc_deadline_timer,aes,xsave,
  avx,f16c,rdrand,lahf_lm,abm,
  ida,arat,epb,pln,pts,dtherm,
  tpr_shadow,vnmi,flexpriority,
  ept,vpid,fsgsbase,tsc_adjust,
  bmi1,avx2,smep,bmi2,erms,
  invpcid,xsaveopt
  Clock: 3491 MHz
  BogoMips: 6983.65
  Cache: 8192 kb
  Units/Processor: 16
  Config Status: cfg=new, avail=yes, need=no, active=unknown
</file>
</WRAP>
</WRAP>

=== Intel Linux Drivers ===

Algun d'aquests enllaços podria ser útil:

  * [[http://www.intel.com/content/www/us/en/support/graphics-drivers/000005520.html | Graphics Drivers for Linux - Support Home Intel® Graphics Drivers¡]]
  * [[https://01.org/linuxgraphics/downloads | Intel Graphics for Linux]]
    * [[https://01.org/linuxgraphics/downloads/intel-graphics-installer-linux-1.4.0 | Intel Graphics Installer for Linux* 1.4.0 - Intel Graphics for Linux]]
  * [[http://www.phoronix.com/scan.php?page=news_item&px=Intel-SKL-Prelim-Support | Early Intel Skylake Linux Users May Run Into A Silly Issue]]
  * [[http://www.phoronix.com/scan.php?page=article&item=intel-hd-530&num=1 | Intel Skylake HD Graphics 530 Performance On Linux]]
  * [[http://askubuntu.com/questions/698168/cant-get-intel-hd-graphics-530-skylake-i7-6700-to-work | Can't get Intel HD Graphics 530 (Skylake i7 6700) to work]]
  * [[https://raphaelhertzog.com/2011/03/14/missing-firmware-in-debian-learn-how-to-deal-with-the-problem/ | Missing firmware in Debian? Learn how to deal with the problem]]

=== Diagnòstic final ===

Al final, després de consultar un munt de pàgines i fòrums a Internet, i després de comprovar els registres del sistema (entre altres: //Xorg.0.log//, ''dmesg'', ''lspci'') i comparlar-los amb els de l'estació de treball HP Z230, aconsegueixo acotar el problema al DRM/DRI del gestor de gràfics.

Així doncs, al fitxer //Xorg.0.log// de l'estació de treball HP Z240 veig que manca la línia ''(II) xfree86: Adding drm device (/dev/dri/card0)'' que sí que surt al fitxer de registre //Xorg.0.log// de l'estació de treball HP Z230, i que això es tradueix en un seguit d'errors a l'hora d'instal·lar diferents mòduls del gestor de gràfics X11.

<WRAP group>
<WRAP half column>

**Z240**

<file>
root@cie-50-189:/var/log# more Xorg.0.log 
[     9.613] 
X.Org X Server 1.16.4
Release Date: 2014-12-20
[     9.613] X Protocol Version 11, Revision 0
[     9.613] Build Operating System: Linux 3.16.0-4-amd64 x86_64 Debian
[     9.613] Current Operating System: Linux cie-50-189 3.16.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.16.7-ckt25-2+deb8u3 (2016-07-02
) x86_64
[     9.613] Kernel command line: BOOT_IMAGE=/vmlinuz-3.16.0-4-amd64 root=/dev/mapper/cie--50--189--vg-root ro
[     9.613] Build Date: 11 February 2015  12:32:02AM
[     9.613] xorg-server 2:1.16.4-1 (http://www.debian.org/support) 
...
[     9.685] (==) ModulePath set to "/usr/lib/xorg/modules"
[     9.685] (II) The server relies on udev to provide the list of input devices.
	If no devices become available, reconfigure udev or disable AutoAddDevices.
[     9.685] (II) Loader magic: 0x7f8383d1ed80
[     9.685] (II) Module ABI versions:
[     9.685] 	X.Org ANSI C Emulation: 0.4
[     9.685] 	X.Org Video Driver: 18.0
[     9.685] 	X.Org XInput driver : 21.0
[     9.685] 	X.Org Server Extension : 8.0
[     9.687] (--) PCI:*(0:0:2:0) 8086:191d:103c:802f rev 6, Mem @ 0xd0000000/16777216, 0xc0000000/268435456, I/O @ 0x0
0003000/64
[     9.687] (II) LoadModule: "glx"
[     9.688] (II) Loading /usr/lib/xorg/modules/extensions/libglx.so
...
[     9.758] (EE) open /dev/dri/card0: No such file or directory
[     9.758] (WW) Falling back to old probe method for modesetting
[     9.758] (EE) open /dev/dri/card0: No such file or directory
...
</file> 

</WRAP>

<WRAP half column>

**Z230**

<file>
root@cie-55-32:/var/log# more Xorg.0.log
[    24.069] 
X.Org X Server 1.16.4
Release Date: 2014-12-20
[    24.069] X Protocol Version 11, Revision 0
[    24.069] Build Operating System: Linux 3.16.0-4-amd64 x86_64 Debian
[    24.069] Current Operating System: Linux cie-55-32 4.4.0-0.bpo.1-amd64 #1 SMP Debian 4.4.6-1~bpo8+1 (2016-03-20) x
86_64
[    24.069] Kernel command line: BOOT_IMAGE=/boot/vmlinuz-4.4.0-0.bpo.1-amd64 root=UUID=71ea6b15-3a41-424f-8ade-86b90
d79aece ro
[    24.069] Build Date: 11 February 2015  12:32:02AM
[    24.069] xorg-server 2:1.16.4-1 (http://www.debian.org/support) 
...
[    24.168] (==) ModulePath set to "/usr/lib/xorg/modules"
[    24.168] (II) The server relies on udev to provide the list of input devices.
	If no devices become available, reconfigure udev or disable AutoAddDevices.
[    24.168] (II) Loader magic: 0x5572dcb65d80
[    24.169] (II) Module ABI versions:
[    24.169] 	X.Org ANSI C Emulation: 0.4
[    24.169] 	X.Org Video Driver: 18.0
[    24.169] 	X.Org XInput driver : 21.0
[    24.169] 	X.Org Server Extension : 8.0
[    24.169] (II) xfree86: Adding drm device (/dev/dri/card0)
[    24.170] (--) PCI:*(0:0:2:0) 8086:041a:103c:1905 rev 6, Mem @ 0xef000000/4194304, 0xd0000000/268435456, I/O @ 0x00
00f000/64
[    24.170] (II) LoadModule: "glx"
[    24.181] (II) Loading /usr/lib/xorg/modules/extensions/libglx.so
...
</file>

</WRAP>
</WRAP>

=== Solució ===

La solució és tan simple com actualitzar els paquets //libdrm// a la darrera versió disponible a //jessie-backports//,

<file>
root@cie-50-189:/boot# apt-cache search libdrm
libdrm-dev - Userspace interface to kernel DRM services -- development files
libdrm-intel1 - Userspace interface to intel-specific kernel DRM services -- runtime
libdrm-intel1-dbg - Userspace interface to intel-specific kernel DRM services -- debugging symbols
libdrm-nouveau2 - Userspace interface to nouveau-specific kernel DRM services -- runtime
libdrm-nouveau2-dbg - Userspace interface to nouveau-specific kernel DRM -- debugging symbols
libdrm-radeon1 - Userspace interface to radeon-specific kernel DRM services -- runtime
libdrm-radeon1-dbg - Userspace interface to radeon-specific kernel DRM services -- debugging symbols
libdrm2 - Userspace interface to kernel DRM services -- runtime
libdrm2-dbg - Userspace interface to kernel DRM services -- debugging symbols
libdrmaa1.0-java - Distributed resource management Application API library - Java bindings
libdrmaa1.0-java-doc - Distributed resource management Application API library - Java bindings docs
libdrmaa1.0-ruby - Distributed resource management Application API library - Ruby bindings
libdrm-amdgpu1 - Userspace interface to amdgpu-specific kernel DRM services -- runtime
libdrm-amdgpu1-dbg - Userspace interface to amdgpu-specific kernel DRM services -- debugging symbols
root@cie-50-189:/boot# 
root@cie-50-189:/boot# apt-get -t jessie-backports install libdrm-intel1 libdrm2
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
The following packages will be upgraded:
  libdrm-intel1 libdrm2
2 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 112 not upgraded.
Need to get 102 kB of archives.
After this operation, 53.2 kB disk space will be freed.
Get:1 http://ftp.caliu.cat/debian/ jessie-backports/main libdrm2 amd64 2.4.70-1~bpo8+1 [35.9 kB]
Get:2 http://ftp.caliu.cat/debian/ jessie-backports/main libdrm-intel1 amd64 2.4.70-1~bpo8+1 [65.7 kB]
Fetched 102 kB in 0s (660 kB/s)         
Reading changelogs... Done
(Reading database ... 153262 files and directories currently installed.)
Preparing to unpack .../libdrm2_2.4.70-1~bpo8+1_amd64.deb ...
Unpacking libdrm2:amd64 (2.4.70-1~bpo8+1) over (2.4.58-2) ...
Preparing to unpack .../libdrm-intel1_2.4.70-1~bpo8+1_amd64.deb ...
Unpacking libdrm-intel1:amd64 (2.4.70-1~bpo8+1) over (2.4.58-2) ...
Setting up libdrm2:amd64 (2.4.70-1~bpo8+1) ...
Setting up libdrm-intel1:amd64 (2.4.70-1~bpo8+1) ...
Processing triggers for libc-bin (2.19-18+deb8u4) ...
root@cie-50-189:/boot# /etc/init.d/gdm3 restart
[ ok ] Restarting gdm3 (via systemctl): gdm3.service.
</file>

<WRAP important>
Potser seria recomanable actualitzar altres paquets relacionats amb el gestor gràfic per processadors Intel, com ara:

  * //xserver-xorg-video-intel// **[1]**
  * ...

**[1]** La recomanació és desinstal·lar-ho del tot i emprar el //modeset driver//, però aquesta opció requereix una versió de Xorg més nova que la disponible a //jessie// o //jessie-backports//. Per més detalls consultar:
  * [[http://forums.debian.net/viewtopic.php?f=7&t=127868 | [stretch/sid] Get rid of xserver-xorg-video-intel!]]
  * [[http://www.phoronix.com/scan.php?page=news_item&px=Intel-DDX-May-Tests | Intel SNA vs. Modesetting GLAMOR - DDX Benchmarks,]]
  * [[https://tjaalton.wordpress.com/2016/07/23/intel-graphics-gen4-and-newer-now-defaults-to-modesetting-driver-on-x/ | Intel Graphics Gen4 and Newer Now Defaults to Modesetting Driver on X]]

</WRAP>

==== Modificacio dels volums logics ====

El programari de Bruker s'installa a la carpeta ///opt// i per evitar que estigui al volum logic //root// creo un volum logic per //opt//, pero per fer-ho haure de reduir de mida algun dels volums existents,

<file>
root@debian:/mnt/testroot/etc/lvm/backup# pvs
  PV         VG            Fmt  Attr PSize   PFree
  /dev/sda3  cie-50-189-vg lvm2 a--  930.77g    0 

root@debian:/mnt/testroot/etc/lvm/backup# vgs
  VG            #PV #LV #SN Attr   VSize   VFree
  cie-50-189-vg   1   6   0 wz--n- 930.77g    0 

root@debian:/mnt/testroot/etc/lvm/backup# lvs
  LV     VG            Attr       LSize   Pool Origin Data%  Meta%  Move Log Cpy%Sync Convert
  home   cie-50-189-vg -wi-a----- 905.51g                                                    
  root   cie-50-189-vg -wi-ao----   6.52g                                                    
  swap_1 cie-50-189-vg -wi-a-----  15.58g                                                    
  tmp    cie-50-189-vg -wi-a----- 380.00m                                                    
  var    cie-50-189-vg -wi-ao----   2.79g    
</file>

El volum logic triat es //home// perque es el mes gran. Arrenco l'ordinador amb una versio de Debian Live i instalo els seguents paquets per poder treballar amb els volums logics,

  * lvm2 i paquets dels que depen
  * system-config-lvm

Des del programa //system-config-lvm// selecciono el volum logic //home// i edito les seves propietats per reduir-lo de mida i alliberar 100 GBytes d'espai al grup de volums.

Llavors creo un nou volum logic amb el nom //opt// que ocupa l'espai de 100 GBytes disponible al grup de volums. Mes endavant, si cal, ja ajustare la mida d'aquest i altres volums logics.

El resultat es la creacio d'un nou volum logic //opt// dins el grup de volums //cie-50-189-vg// del volum fisic //dev/sda3//:

<file>
root@debian:/mnt/testroot/etc/lvm/backup# pvs
  PV         VG            Fmt  Attr PSize   PFree
  /dev/sda3  cie-50-189-vg lvm2 a--  930.77g    0 

root@debian:/mnt/testroot/etc/lvm/backup# vgs
  VG            #PV #LV #SN Attr   VSize   VFree
  cie-50-189-vg   1   6   0 wz--n- 930.77g    0 

root@debian:/mnt/testroot/etc/lvm/backup# lvs
  LV     VG            Attr       LSize   Pool Origin Data%  Meta%  Move Log Cpy%Sync Convert
  home   cie-50-189-vg -wi-a----- 805.51g                                                    
  opt    cie-50-189-vg -wi-ao---- 100.00g                                                    
  root   cie-50-189-vg -wi-ao----   6.52g                                                    
  swap_1 cie-50-189-vg -wi-a-----  15.58g                                                    
  tmp    cie-50-189-vg -wi-a----- 380.00m                                                    
  var    cie-50-189-vg -wi-ao----   2.79g    
</file>

amb les seguents especificacions,

<file>
  --- Logical volume ---
  LV Path                /dev/cie-50-189-vg/opt
  LV Name                opt
  VG Name                cie-50-189-vg
  LV UUID                zGzc38-VmXs-LtyG-m9TI-7Mhc-FV81-YikQ5H
  LV Write Access        read/write
  LV Creation host, time debian, 2016-08-29 08:42:23 +0000
  LV Status              available
  # open                 1
  LV Size                100.00 GiB
  Current LE             25601
  Segments               1
  Allocation             inherit
  Read ahead sectors     auto
  - currently set to     256
  Block device           254:5
</file>

Llavors munto provissionalment els volums logics //root// i //opt// i,

  * copio el contingut de la carpeta //root/opt/// a //opt//,
  * canvio el nom de la carpeta //root/opt/// a //root/opt2// per conservar-la com a copia de seguretat, i
  * creo una nova carpeta //root/opt// on es muntara el volum logic //opt//.

Tot seguit, edito el fitxer ///etc/fstab// per afegir el punt de muntatge del nou volum logic //opt// i fer que es munti al posar en marxa l'ordinador,

<file>
/dev/mapper/cie--50--189--vg-opt /opt    ext4    defaults    0    2
</file>

Finalment, reinicio l'ordinador per comprovar que els canvis s'apliquen i que tot funciona correctament.

==== Configuració de la xarxa ====

La connexió a la placa base s'identifica com a //eth1// i és una

<file>
Ethernet interface
/0/100/19

product: Ethernet Connection I217-LM [8086:153A]
vendor: Intel Corporation [8086]
bus info: pci@0000:00:19.0
logical name: eth1
version: 05
serial: 50:65:f3:3a:12:5e
size: 100Mbit/s
capacity: 1Gbit/s
width: 32 bits
clock: 33MHz
capabilities:
	Power Management,
	Message Signalled Interrupts,
	bus mastering,
	PCI capabilities listing,
	ethernet,
	Physical interface,
	twisted pair,
	10Mbit/s,
	10Mbit/s (full duplex),
	100Mbit/s,
	100Mbit/s (full duplex),
	1Gbit/s (full duplex),
	Auto-negotiation
configuration:
	autonegotiation: on
	broadcast: yes
	driver: e1000e
	driverversion: 2.3.2-k
	duplex: full
	firmware: 0.13-4
	latency: 0
	link: no
	multicast: yes
	port: twisted pair
	speed: 100Mbit/s
resources:
	irq: 40
	memory: efc00000-efc1ffff
	memory: efc3d000-efc3dfff
	ioport: f080(size=32)
this device has been disabled
</file>

i la targeta de xarxa addicional s'identifica com a //eth0// és una

<file>
Ethernet interface
/0/100/1c.1/0

product: I210 Gigabit Network Connection [8086:1533]
vendor: Intel Corporation [8086]
bus info: pci@0000:02:00.0
logical name: eth0
version: 03
serial: a0:36:9f:8f:0a:b3
size: 1Gbit/s
capacity: 1Gbit/s
width: 32 bits
clock: 33MHz
capabilities:
	Power Management,
	Message Signalled Interrupts,
	MSI-X,
	PCI Express,
	bus mastering,
	PCI capabilities listing,
	extension ROM,
	ethernet,
	Physical interface,
	twisted pair,
	10Mbit/s,
	10Mbit/s (full duplex),
	100Mbit/s,
	100Mbit/s (full duplex),
	1Gbit/s (full duplex),
	Auto-negotiation
configuration:
	autonegotiation: on
	broadcast: yes
	driver: igb
	driverversion: 5.0.5-k
	duplex: full
	firmware: 3.16, 0x800004ff, 1.304.0
	ip: 192.168.2.14
	latency: 0
	link: yes
	multicast: yes
	port: twisted pair
	speed: 1Gbit/s
resources:
	irq: 17
	memory: efa00000-efafffff
	memory: efb00000-efb03fff
	memory: ef900000-ef9fffff

</file>

Cal comprovar el fitxer ///etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules// (veure més avall) per tal que l'assignació de les targetes al sistema operatiu sigui estàtica i no es faci cada cop que es reinicia l'ordinador, de forma que la targeta a la placa base sigui sempre //eth1// i correspongui a la connexió a la consola (IPSO), i que la targeta addicional sigui sempre //eth0// i es faci servir per la connexió a la xarxa local (LAN).

Actualment la configuració de la xarxa interna del SeRMN la proporciona el propi ordinador en mode estàtica i els paràmetres són,
  * Hostname: cie-55-32
  * Domain: sermn.net
  * IP address: 192.168.2.14
  * Broadcast: 192.168.2.255
  * Netmask: 255.255.225.0
  * DNS:
    * domain sermn.net
    * search sermn.net 
    * nameserver 192.168.2.1

tal i com es pot comprovar a partir de la configuració del dispositiu //eth0//,

<file>
eth0      Link encap:Ethernet  HWaddr a0:36:9f:8f:0a:b3  
          inet addr:192.168.2.14  Bcast:192.168.2.255  Mask:255.255.255.0
          inet6 addr: fe80::a236:9fff:fe8f:ab3/64 Scope:Link
          UP BROADCAST RUNNING MULTICAST  MTU:1500  Metric:1
          RX packets:347295 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
          TX packets:242868 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
          collisions:0 txqueuelen:1000 
          RX bytes:356548362 (340.0 MiB)  TX bytes:29710200 (28.3 MiB)
          Memory:efa00000-efafffff 
</file>

i dels servidors de noms,

<file>
root@cie-55-32:/etc# more resolv.conf
# Generated by NetworkManager
nameserver 192.168.2.1
root@cie-55-32:/etc# 
</file>

El dispositiu //eth1// també es reconeix,

<file>
eth1      Link encap:Ethernet  HWaddr 50:65:f3:3a:12:5e  
          BROADCAST MULTICAST  MTU:1500  Metric:1
          RX packets:0 errors:0 dropped:0 overruns:0 frame:0
          TX packets:432 errors:0 dropped:0 overruns:0 carrier:0
          collisions:0 txqueuelen:1000 
          RX bytes:0 (0.0 B)  TX bytes:36715 (35.8 KiB)
          Interrupt:20 Memory:efc00000-efc20000 
</file>

però no té una configuració assignada. Caldrà configurar-ho de forma estàtica amb els paràmetres de connexió emprats actualment per la connexió de l'estació de treball a la consola.


=== Paquets i programes de Debian ===

Com que la configuració de la xarxa és estàtica, per evitar problemes elimino els paquets,
  * :ok: isc-dhcp-client (que alhora desinstal·la :ok: network-manager i :ok: network-manager-gnome), i
  * :ok: isc-dhpc-common,
i instal·lo
  * :ok: ifupdown-extra, que alhora arrossega els paquets
    * curl, i
    * ethtools
  * :ok: wireshark


=== Configuració de les targetes de xarxa ===

Per evitar que en algun moment es pugui bescanviar la configuració de les targetes de xarxa poso en pràctica les opcions esmentades a [[http://www.science.uva.nl/research/air/wiki/LogicalInterfaceNames | How to reorder or rename logical interface names in Linux.]]

Una consulta al fitxer ///etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules// indica que l'assignació del nom de dispositiu, //eth0// o //eth1// feta pel programa [[https://wiki.archlinux.org/index.php/Udev | udev]] és fixe, i que no hi ha perill de que canviï en reiniciar l'ordinador,

<file>
root@cie-55-32:/etc/udev/rules.d# more 70-persistent-net.rules 
# This file was automatically generated by the /lib/udev/write_net_rules
# program, run by the persistent-net-generator.rules rules file.
#
# You can modify it, as long as you keep each rule on a single
# line, and change only the value of the NAME= key.

# PCI device 0x8086:0x1533 (igb)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="a0:36:9f:8f:0a:b3", ATTR{dev_id}=="0x0", 
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"

# PCI device 0x8086:0x153a (e1000e)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="50:65:f3:3a:12:5e", ATTR{dev_id}=="0x0", 
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
</file>

Així doncs, podem fer servir //eth0// i //eth1// al fitxer de configuració //etc/network/interfaces// sense preocupacions.

=== Bibliografia ===

  * [[http://wiki.debian.org/NetworkConfiguration | Network Configuration]] a la wiki de Debian.
  * [[http://wiki.debian.org/NetworkManager | NetworkManager]] a la wiki de Debian.
  * [[http://www.debian.org/doc/manuals/debian-reference/ch05.en.html | Chapter 5. Network setup,]] a //Debian Reference,// by Osamu Aoki.
  * [[http://www.linuxquestions.org/questions/linux-networking-3/disable-networkmanager-598907/ | Disable NetworkManager]]
  * ...

=== Fitxers de configuració provissionals ===

Aquesta és la configuració de xarxa provissional emprada per la instal·lació i configuració del sistema operatiu i del programa TopSpin.

**/etc/hosts**

<file>
127.0.0.1	localhost
192.168.2.14	cie-55-32.sermn.net	cie-55-32
</file>

**/etc/resolv.conf**

<file>
# Generated by NetworkManager
nameserver 192.168.2.1
</file>

**/etc/network/interfaces**

<file>
# This file describes the network interfaces available on your system
# and how to activate them. For more information, see interfaces(5).

source /etc/network/interfaces.d/*

# The loopback network interface
auto lo
iface lo inet loopback

# Ethernet interfaces are assigned to physical devices in a
# persistent way according to rules in file:
#
#   /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules
#
# Hence, each of eth0 and eth1 will **always** correspond to
# the same device. The configuration below assumes that,
#
#   eth0 -> lan (internet)
#   eth1 -> nmr (spectrometer ccu or ipso)
#
auto eth0 eth1

# LAN / INTERNET - Assigned to the primary network interface,
# which usually will be the motherboard integrated NIC.
#
iface eth0 inet static
    address 192.168.2.14
    netmask 255.255.255.0
    broadcast 192.168.2.255
    gateway 192.168.2.1

# NMR CONSOLE LAN - Assigned to the secondary network interface,
# which usually will be the added NIC.
#
iface eth1 inet static
    address 149.236.99.1
    netmask 255.255.255.0
    network 149.236.99.0
    broadcast 10.10.255.255
</file>

**/etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules**

<file>
# This file was automatically generated by the /lib/udev/write_net_rules
# program, run by the persistent-net-generator.rules rules file.
#
# You can modify it, as long as you keep each rule on a single
# line, and change only the value of the NAME= key.

# PCI device 0x8086:0x1533 (igb)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="a0:36:9f:8f:0a:b3", ATTR{dev_id}=="0x0", 
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"

# PCI device 0x8086:0x153a (e1000e)
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="50:65:f3:3a:12:5e", ATTR{dev_id}=="0x0", 
ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
root@cie-55-32:/etc/udev/rules.d# 
</file>

==== Configuració de serveis ====

=== Avahi ===

FIXME S'ha de configurar (fitxer ''/etc/avahi/avahi-daemon.conf'') per tal de restringir la difusió dels serveis disponibles a l'ordinador i, potser, la cerca de serveis a la xarxa.

=== Trivial FTP daemon ===

Enllaços sobre la configuració del //tftpd// 

  * http://chschneider.eu/linux/server/tftpd-hpa.shtml
  * http://diablo.craem.net/wordpress/?p=171
  * ...

=== Bootparam ===

Cal configurar-lo per servir el sistema operatiu de la consola.

=== NFS ===

:ok: Cal configurar-lo per servir el sistema operatiu de la consola.

=== NTP ===

:ok: Instal·lo el paquet //ntp// i al final del fitxer ///etc/ntp.conf// afegeixo els següents servidors de temps,
  * server swisstime.ethz.ch 
  * server ntp.uab.es
  * server ntp.univ-lyon1.fr

=== DHCP Server ===

:ok: Instal·lo el paquet //isc-dhcpd-server// que alhora reinstal·la el paquet //isc-dhcp-common//.

=== Dial-in terminal (cu) ===

:ok: Instal·lo el paquet //cu//

==== Addició de l'arquitectura de 32-bits ====

Executo la comanda ''dpkg --add-architecture i386'' per afegir els paquets de 32-bits que es necessiten per executar alguns programes de TopSpin/ParaVision de 32-bits (per exemple, el servei //bfsd//).

Instal·lo els següents paquets:
  * libc6-i386:amd64
  * libx11-6:i386
  * libxft2:i386
  * libfreetype6:i386
  * libfontconfig1:i386
  * libxrender1:i386
  * libsm6:i386
  * libxext6;i386
  * libxtst6:i386
  * libxi6:i386

==== Compilació dels programes AU ====

Per la compilació dels programes AU cal instal·lar els següents paquets de l'arquitectura i386 i les seves dependències:
  * libc6-dev:i386
    * instal·la libc-dev-bin, linux-libc-dev:i386, manpages-dev
  * libc6-dev-i386:amd64
    * instal·la multiples paquets de l'arquitectura amd64 relacionats amb gcc, lib32, libc6, libx32, i altres, necessaris per compilar aplicacions de 32-bits en un entorn de 64-bits

===== Instal·lació i/o transferència del ParaVision =====

  * [[informatica:hp_z240mt_offstation_paravision | Tranferència del ParaVision 4.0, 5.0 i 5.1 ]]
  * [[informatica:hp_z240mt_offstation_diskless | Tranferència del diskless i FlexLM ]]
  * [[informatica:hp_z240mt_offstation_pvlicense | LLicències del ParaVision ]]
  * [[informatica:hp_z240mt_offstation_comprovacio | Comprovació del ParaVision ]]
  * [[informatica:hp_z240mt_offstation_configuracio | Configuració del ParaVision ]]
  * [[informatica:hp_z240mt_offstation_paravision51 | Instal·lació del ParaVision 5.1 Patchlevel xx]]
  * [[informatica:hp_z240mt_offstation_paravision50 | Instal·lació del ParaVision 5.0 Patchlevel xx]]

===== Transferència de les carpetes `home' =====

  * [[informatica:hp_z240mt_offstation_home | Tranferència de les carpetes `home']]

===== Millores pendents =====

<WRAP todo>
Aquesta és una llista de millores pendents que no afecten al funcionament de l'ordinador o del ParaVision, però que ajudaran a que l'experiència sigui més agradable.
</WRAP>

  * Posició de les finestres del ParaVision.
  * "Pinning" del paquet o paquets instal·lats de la versió Debian Etch.
  * Disminuir la prioritat de la versió Debian Etch perquè els seus paquets no siguin mai els triats en les instal·lacions o actualitzacions.
  * Decidir cóm s'organtizen les dades: per grups de recerca? per usuari directe?
SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Page Tools
