Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_xw4400_400sb_topspin35 [2017/05/30 15:46]
miquel [Sonda BB & ATMA]
+++ informatica:hp_xw4400_400sb_topspin35 [2017/06/02 16:12] (current)
miquel [Instal·lació del Topsin 3.5 Pl 6]
@@ Line 3: / Line 3: @@
 <WRAP todo>
 **2017-05-18 - TREBALL EN MARXA / WORK IN PROGRESS**
+  * :ok: instal·lar el sistema operatiu Debian GNU/Linux
+  * :ok: instal·lar i configurar el TopSpin 3.5 pl 6
+  * :ok: recuperar els //parameter sets// a partir d'una còpia antiga i de l'av3-600
+  * :warn: comprovar el CORTAB
+    * no està disponible per tots els nuclis
+    * caldrà recalibrar de nou els que manquen
+  * :warn: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (''edprosol'')
+    * tasca feta pels nuclis més habituals
+  * :warn: convertir els //parameter sets// de PL/SP a PLW/SPW
+    * tasca feta pels //parameter sets// més habituals. Per la resta cal executar ''getprosol'' després de carregar un //parameter set// amb ''rpar''
+  * :ok: exportar les carpetes de dades i de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp.
+  * :ok: optimar l'homogeneïtat: ''topshim 3d'' i després ''topshim''
+  * :ok: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching.
+  * ...
+  * ...
 </WRAP>
 S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.5 Patchlevel 6.
@@ Line 386: / Line 400: @@
   * :ok: libxmu6 [i386]  (instal·la libxt6)
-<WRAP tip>
+<WRAP info>
 Els missatges "libjvm.so => not found" es poden ignorar ja que la biblioteca "libjvm.so" està disponible al TopSpin (///opt/topspin3.2/jre/lib/i386/[client|server]/libjvm.so//).
 </WRAP>
@@ Line 545: / Line 559: @@
 ==== Sonda BB & ATMA ====
+<WRAP info>
+**Probe information:**
+  * Name: PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z
+  * ID:   Z104450\-182457200 ECL: 2.0 Var: 0.0
+  * ATM Nuclei: 1H BB
+  * Required ATMA-SW Version: 2.1
+**BB Information:**
+  * BB range: 19F-109Ag
+</WRAP>
 El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, trobo que funciona amb un experiment de protó (rpar sr_proto all) i de fósfor amb i sense desacoblament (rpar sr_fosfor[cpd] all), però que no funciona amb carboni.
@@ Line 566: / Line 590: @@
 Després de comentar-ho amb el servei tècnic de Bruker i de fer diverses comprovacions, la solució és carregar un nou firmware (PICS) a la sonda.
-Un cop resolt el problema, comprovo la sintonia dels següents nuclis i que tingui definida la seva potència màxima a la sonda:
+Un cop resolt el problema, comprovo la sintonia dels següents nuclis i que tinguin definida la seva potència màxima a la sonda:
 ^ Nuclei   ^ ATMA/ATMM   ^ BB-Tuning   ^ BB-Matching   ^ Power\\ Limit   ^
@@ Line 591: / Line 615: @@
 | 119Sn  |  :ok:  |  326.0092 |  76.0014 |   80.00 W |
+<WRAP tip>
+Compte! no n'hi ha prou amb que la sonda s'hagi sintonitzat a un nucli per poder-lo detectar. També s'ha de:
+  * configurar l'//Acquisition Correction Table// o CORTAB del nucli; i
+  * mesurar el puls de 90° per totes les combinacions de fonts de rf i amplificadors que es vulguin fer servir (normalment observació i desacoblament); i
+  * entrar al PROSOL els valors dels pulsos de 90° mesurats i calibrar la resta de pulsos.
+</WRAP>
 ==== Sonda HR-MAS ====
@@ Line 784: / Line 814: @@
 ==== Dades de rmn d'una antiga instal·lació ====
-<WRAP todo>
-**WORK-IN-PROGRESS   Started on Monday 22 May, at 16:41**
-</WRAP>
 Copio les dades de rmn que hi havia en una còpia de seguretat antiga
@@ Line 800: / Line 826: @@
 <file>
-[root@cie-55-32 etc]# cat /etc/exports
+root@cie-55-31:/etc# cat /etc/exports
-# export data folder to SeRMN data server
+# /etc/exports: the access control list for filesystems which may be exported
-/home/sermnuab/data sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
+#               to NFS clients.  See exports(5).
+#
+# Example for NFSv2 and NFSv3:
+# /srv/homes       hostname1(rw,sync,no_subtree_check) hostname2(ro,sync,no_subtree_check)
+#
+# Example for NFSv4:
+# /srv/nfs4        gss/krb5i(rw,sync,fsid=0,crossmnt,no_subtree_check)
+# /srv/nfs4/homes  gss/krb5i(rw,sync,no_subtree_check)
 #
-# export lists folder to SeRMN data server
-/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
-[...]
-data/test/nmr/tune-31P/1/pdata/1/title
-100%    0.02kB/s    0:00:00 (xfr#1048377, to-chk=0/1245348)
-Number of files: 1,245,348 (reg: 1,048,377, dir: 196,971)
+# SERMN - EXPORTED FOLDERS
-Number of created files: 1,245,348 (reg: 1,048,377, dir: 196,971)
-Number of deleted files: 0
+# Export data folder to SeRMN data server
-Number of regular files transferred: 1,048,377
+/home/sermnuab/data sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
-Total file size: 85,823,932,533 bytes
-Total transferred file size: 85,823,932,533 bytes
-Literal data: 85,823,932,533 bytes
-Matched data: 0 bytes
-File list size: 4,915,041
-File list generation time: 0.001 seconds
-File list transfer time: 0.000 seconds
-Total bytes sent: 85,909,762,834
-Total bytes received: 21,195,209
-sent 85,909,762,834 bytes  received 21,195,209 bytes  23,906,233.98 bytes/sec
+# Export TopSpin 3.5 pl6 lists folder to SeRMN data server
-total size is 85,823,932,533  speedup is 1.00
+/opt/topspin3.5pl6/exp/stan/nmr/lists sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
+# DO NOT MAKE CHANGES BELOW THIS LINE
+/usr/diskless/dl_usr            spect(sync,ro)
+/usr/diskless/clients/spect     spect(sync,rw,no_root_squash)
 </file>
@@ Line 831: / Line 854: @@
 <file>
-[root@cie-55-32 etc]# /usr/sbin/exportfs -av
+root@cie-55-31:/etc# exportfs -av
-exporting sermnserver.sermn.net:/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists
+exportfs: /etc/exports [7]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/dl
+_usr".
+  Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
+  NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
+exportfs: /etc/exports [8]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/cl
+ients/spect".
+  Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
+  NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
 exporting spect:/usr/diskless/clients/spect
 exporting spect:/usr/diskless/dl_usr
-exporting sermnserver.sermn.net:/home/sermnuab/data
+exporting sermn.uab.es:/opt/topspin3.5pl6/exp/stan/nmr/lists
+exporting sermn.uab.es:/home/sermnuab/data
-root@cie-55-32:/etc# exportfs -v
-/home/sermnuab/data
-                sermnserver.sermn.net(ro,wdelay,insecure,root_squash,all_squash,no_subtree_check,sec=sys,ro,root_squash,all_squash)
-/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists
-                sermnserver.sermn.net(ro,wdelay,insecure,root_squash,all_squash,no_subtree_check,sec=sys,ro,root_squash,all_squash)
-/usr/diskless/dl_usr
-                spect(ro,wdelay,root_squash,no_subtree_check,sec=sys,ro,root_squash,no_all_squash)
-/usr/diskless/clients/spect
-                spect(rw,wdelay,no_root_squash,no_subtree_check,sec=sys,rw,no_root_squash,no_all_squash)
 </file>
@@ Line 871: / Line 894: @@
 | 13C      | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |
 | 31P      | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |
+| 19F      | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |
+| 2H       | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools