Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- informatica:hp_xw4400_400sb_topspin35 [2017/05/30 12:24]
miquel [Cortab dels nuclis]
+++ informatica:hp_xw4400_400sb_topspin35 [2017/06/02 16:12] (current)
miquel [Instal·lació del Topsin 3.5 Pl 6]
@@ Line 3: / Line 3: @@
 <WRAP todo>
 **2017-05-18 - TREBALL EN MARXA / WORK IN PROGRESS**
+  * :ok: instal·lar el sistema operatiu Debian GNU/Linux
+  * :ok: instal·lar i configurar el TopSpin 3.5 pl 6
+  * :ok: recuperar els //parameter sets// a partir d'una còpia antiga i de l'av3-600
+  * :warn: comprovar el CORTAB
+    * no està disponible per tots els nuclis
+    * caldrà recalibrar de nou els que manquen
+  * :warn: definir els valors de referència de durada i potència dels pulsos (''edprosol'')
+    * tasca feta pels nuclis més habituals
+  * :warn: convertir els //parameter sets// de PL/SP a PLW/SPW
+    * tasca feta pels //parameter sets// més habituals. Per la resta cal executar ''getprosol'' després de carregar un //parameter set// amb ''rpar''
+  * :ok: exportar les carpetes de dades i de llistes (pulse programs, etc.) al servidor de dades i fer-les accessibles a través del servidor de ftp.
+  * :ok: optimar l'homogeneïtat: ''topshim 3d'' i després ''topshim''
+  * :ok: comprovar la sintonia del canal BB pels nuclis més habituals, i, si cal, corregir els valors per defecte de Tuning & Matching.
+  * ...
+  * ...
 </WRAP>
 S'instal·la la darrera versió disponible per consoles AvanceIII: Topspin 3.5 Patchlevel 6.
@@ Line 386: / Line 400: @@
   * :ok: libxmu6 [i386]  (instal·la libxt6)
-<WRAP tip>
+<WRAP info>
 Els missatges "libjvm.so => not found" es poden ignorar ja que la biblioteca "libjvm.so" està disponible al TopSpin (///opt/topspin3.2/jre/lib/i386/[client|server]/libjvm.so//).
 </WRAP>
@@ Line 546: / Line 560: @@
 ==== Sonda BB & ATMA ====
-El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament.
+<WRAP info>
+**Probe information:**
-<WRAP alert>
+  * Name: PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z
-ERROR a l'executar ATMA
+  * ID:   Z104450\-182457200 ECL: 2.0 Var: 0.0
+  * ATM Nuclei: 1H BB
+  * Required ATMA-SW Version: 2.1
+**BB Information:**
+  * BB range: 19F-109Ag
 </WRAP>
-ATMA funciona amb un experiment de protó (rpar sr_proto all) i de fósfor amb i sense desacoblament (rpar sr_fosfor[cpd] all), però amb un experiment de carboni (rpar sr_carboni all) dóna un missatge d'error en pantalla quan intenta canviar de nucli per sintonitzar el 2n nucli:
+El TopSpin detecta el PICS de la sonda, i es descarrega el paràmetres de configuració i la configura correctament. Però quan comprovo el funcionament de la sintonia automàtica ATMA, trobo que funciona amb un experiment de protó (rpar sr_proto all) i de fósfor amb i sense desacoblament (rpar sr_fosfor[cpd] all), però que no funciona amb carboni.
+Amb un experiment de carboni (rpar sr_carboni all) dóna un missatge dona un missatge d'error en pantalla quan, després d'haver sintonitzat la sonda a la posició inicial, crida el wobb per mostrar en pantalla la senyal de sintonia mentre la optimitza:
 <file>
@@ Line 558: / Line 578: @@
 </file>
-que es correspon a aquest error al fitxe ///opt/topspin3.5pl6/prog/curdir/sermnuab/history//
+Aquest missatge es correspon al següent error al fitxer ///opt/topspin3.5pl6/prog/curdir/sermnuab/history//
 <file>
@@ Line 568: / Line 588: @@
 </file>
-Quan premo el botó <key>Details...</key> es mostra en pantalla la següent informació:
+Després de comentar-ho amb el servei tècnic de Bruker i de fer diverses comprovacions, la solució és carregar un nou firmware (PICS) a la sonda.
-<file>
+Un cop resolt el problema, comprovo la sintonia dels següents nuclis i que tinguin definida la seva potència màxima a la sonda:
-Atma Info
-atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't start the wobble process [NucBB-NucBB-]
-(Original message = Atma Info
-atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't start the wobble process [NucBB-NucBB-])
-====================================================
+^ Nuclei   ^ ATMA/ATMM   ^ BB-Tuning   ^ BB-Matching   ^ Power\\ Limit   ^
-atma_ProbeCorba_impl::start exception: Error:can't start the wobble process [NucBB-NucBB-]
+| 1H     |  :ok:  |       --- |      --- |   40.00 W |
+| 19F    |  :ok:  |  899.0052 |  99.0321 |   50.00 W |
+| 7Li    |  :ok:  |  799.0083 |  99.0232 |   80.00 W |
+| 31P    |  :ok:  |  799.0056 |  99.0268 |   80.00 W |
+| 117Sn  |  :ok:  |  799.0159 |  99.0235 |   80.00 W |
+| 13C    |  :ok:  |  798.0277 |  89.0203 |  100.00 W |
+| 11B    |  :ok:  |  798.0122 |  99.0227 |   81.34 W |
+| 87Rb   |  :ok:  |  798.0092 |  99.0223 |   80.00 W |
+| 23Na   |  :ok:  |  797.0154 |  67.0053 |   95.80 W |
+| 79Br   |  :ok:  |  795.0093 |  99.0035 |  100.00 W |
+| 113Cd  |  :ok:  |  794.0229 |  99.0022 |  100.00 W |
+| 29Si   |  :ok:  |  792.0222 |  99.0062 |  100.00 W |
+| 127I   |  :ok:  |  792.0198 |  99.0068 |  100.00 W |
+| 77Se   |  :ok:  |  792.0168 |  89.0172 |  100.00 W |
+| 2H     |  :ok:  |  784.0282 |  95.0228 |  100.00 W |
+| 17O    |  :ok:  |  779.0198 |  87.0118 |  100.00 W |
+| 15N    |  :ok:  |  754.0171 |  83.0146 |  120.00 W |
+| 14N    |  :ok:  |  682.0179 |  74.0218 |  120.00 W |
+| 95Mo   |  :ok:  |  657.0303 |  70.0112 |  120.00 W |
+| 109Ag  |  :ok:  |  480.0231 |  46.0233 |  120.00 W |
+| 119Sn  |  :ok:  |  326.0092 |  76.0014 |   80.00 W |
-May 2017 11:30:08.978 +0200
+<WRAP tip>
-Topspin Version  = 3.5 pl 6 (of August 4 2016),build 1784
+Compte! no n'hi ha prou amb que la sonda s'hagi sintonitzat a un nucli per poder-lo detectar. També s'ha de:
-JVM Version      = 1.8.0_102 (32 bit) Oracle Corporation
+  * configurar l'//Acquisition Correction Table// o CORTAB del nucli; i
-JVM Total memory = 342 MB
+  * mesurar el puls de 90° per totes les combinacions de fonts de rf i amplificadors que es vulguin fer servir (normalment observació i desacoblament); i
-JVM Free  memory = 189 MB
+  * entrar al PROSOL els valors dels pulsos de 90° mesurats i calibrar la resta de pulsos.
+</WRAP>
-java.lang.Exception: Stack trace
-	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.getDetailsString(AbstractMessage.java:827)
-	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.setMsgSource(AbstractMessage.java:790)
-	at bruker.bio.topspin.bfw.gui.warn.AbstractMessage.<init>(AbstractMessage.java:774)
-	at de.bruker.nmr.mfw.base.BWarning.<init>(BWarning.java:102)
-	at de.bruker.nmr.mfw.base.BError.<init>(BError.java:93)
-	at de.bruker.nmr.sc.atma.AtmaPanelStart.showAtmaException(AtmaPanelStart.java:1972)
-	at de.bruker.nmr.sc.atma.AtmaPanelStart.connect(AtmaPanelStart.java:280)
-	at de.bruker.nmr.sc.atma.AtmaPanelStart.start(AtmaPanelStart.java:138)
-	at de.bruker.nmr.sc.atma.AtmaPanelStart.atmm(AtmaPanelStart.java:110)
-	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
-	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
-	at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
-	at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
-	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:600)
-	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:509)
-	at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:489)
-</file>
 ==== Sonda HR-MAS ====
@@ Line 701: / Line 719: @@
   * ''MICS setup'': no executo aquesta comanda.
+===== Cortab dels nuclis =====
+Comprovo si s'ha importat el calibratge (Cortab) dels nuclis:
+  * 1H, 2H, 6Li, 7Li, 11B, 13C, 15N, 19F
+  * 23Na, 27Al, 29Si, 31P, 39K, 67Zn, 71Ga, 77Se, 79Br, 87Rb, 95Mo
+  * 103Rh, 111Cd, 113Cd, 119Sn, 127I, 195Pt, 199Hg, 207Pb
+i trobo que només estan disponibles els taules de:
+  * 39K, 95Mo, 15N, 2H, 29Si, 79Br, 13C, 23Na, 11B, 31P, 19F, 1H, 2H
@@ Line 788: / Line 814: @@
 ==== Dades de rmn d'una antiga instal·lació ====
-<WRAP todo>
-**WORK-IN-PROGRESS   Started on Monday 22 May, at 16:41**
-</WRAP>
 Copio les dades de rmn que hi havia en una còpia de seguretat antiga
@@ Line 804: / Line 826: @@
 <file>
-[root@cie-55-32 etc]# cat /etc/exports
+root@cie-55-31:/etc# cat /etc/exports
-# export data folder to SeRMN data server
+# /etc/exports: the access control list for filesystems which may be exported
-/home/sermnuab/data sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
+#               to NFS clients.  See exports(5).
+#
+# Example for NFSv2 and NFSv3:
+# /srv/homes       hostname1(rw,sync,no_subtree_check) hostname2(ro,sync,no_subtree_check)
+#
+# Example for NFSv4:
+# /srv/nfs4        gss/krb5i(rw,sync,fsid=0,crossmnt,no_subtree_check)
+# /srv/nfs4/homes  gss/krb5i(rw,sync,no_subtree_check)
 #
-# export lists folder to SeRMN data server
-/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
-[...]
-data/test/nmr/tune-31P/1/pdata/1/title
-100%    0.02kB/s    0:00:00 (xfr#1048377, to-chk=0/1245348)
-Number of files: 1,245,348 (reg: 1,048,377, dir: 196,971)
+# SERMN - EXPORTED FOLDERS
-Number of created files: 1,245,348 (reg: 1,048,377, dir: 196,971)
-Number of deleted files: 0
+# Export data folder to SeRMN data server
-Number of regular files transferred: 1,048,377
+/home/sermnuab/data sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
-Total file size: 85,823,932,533 bytes
-Total transferred file size: 85,823,932,533 bytes
+# Export TopSpin 3.5 pl6 lists folder to SeRMN data server
-Literal data: 85,823,932,533 bytes
+/opt/topspin3.5pl6/exp/stan/nmr/lists sermn.uab.es(ro,sync,no_subtree_check,root_squash,all_squash,insecure)
-Matched data: 0 bytes
-File list size: 4,915,041
-File list generation time: 0.001 seconds
-File list transfer time: 0.000 seconds
-Total bytes sent: 85,909,762,834
-Total bytes received: 21,195,209
-sent 85,909,762,834 bytes  received 21,195,209 bytes  23,906,233.98 bytes/sec
+# DO NOT MAKE CHANGES BELOW THIS LINE
-total size is 85,823,932,533  speedup is 1.00
+/usr/diskless/dl_usr            spect(sync,ro)
+/usr/diskless/clients/spect     spect(sync,rw,no_root_squash)
 </file>
@@ Line 835: / Line 854: @@
 <file>
-[root@cie-55-32 etc]# /usr/sbin/exportfs -av
+root@cie-55-31:/etc# exportfs -av
-exporting sermnserver.sermn.net:/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists
+exportfs: /etc/exports [7]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/dl
+_usr".
+  Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
+  NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
+exportfs: /etc/exports [8]: Neither 'subtree_check' or 'no_subtree_check' specified for export "spect:/usr/diskless/cl
+ients/spect".
+  Assuming default behaviour ('no_subtree_check').
+  NOTE: this default has changed since nfs-utils version 1.0.x
 exporting spect:/usr/diskless/clients/spect
 exporting spect:/usr/diskless/dl_usr
-exporting sermnserver.sermn.net:/home/sermnuab/data
+exporting sermn.uab.es:/opt/topspin3.5pl6/exp/stan/nmr/lists
+exporting sermn.uab.es:/home/sermnuab/data
-root@cie-55-32:/etc# exportfs -v
-/home/sermnuab/data
-                sermnserver.sermn.net(ro,wdelay,insecure,root_squash,all_squash,no_subtree_check,sec=sys,ro,root_squash,all_squash)
-/opt/topspin3.2/exp/stan/nmr/lists
-                sermnserver.sermn.net(ro,wdelay,insecure,root_squash,all_squash,no_subtree_check,sec=sys,ro,root_squash,all_squash)
-/usr/diskless/dl_usr
-                spect(ro,wdelay,root_squash,no_subtree_check,sec=sys,ro,root_squash,no_all_squash)
-/usr/diskless/clients/spect
-                spect(rw,wdelay,no_root_squash,no_subtree_check,sec=sys,rw,no_root_squash,no_all_squash)
 </file>
@@ Line 870: / Line 889: @@
 La taula següent resumeix l'estat actual dels nuclis que haurien d'estar disponibles a la sonda 1H-BB/19F BBO+ATMA:
-^       ^ 1H-BB/19F BBO+ATMA  ^^^^
+^          ^ Probe: 1H-BB/19F BBO+ATMA   ^^^ Console: SGU & Amp   ^
-^ Nuc   ^ ATMA   ^ Tune   ^ Matching   ^ Power\\ Limit   ^
+^ Nuclei   ^ ATMA / ATMM\\ (Tune & Match)   ^ Power\\ Limit  ^ PROSOL\\ (Pulses)  ^ CORTAB\\ (RF Calibration)   ^
-| 1H    | :ok:   | ---    | ---        | 40 W            |
+| 1H       | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |
+| 13C      | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |
+| 31P      | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |
+| 19F      | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |
+| 2H       | :ok:   | :ok:  | :ok:  | :ok:   |

SeRMN Wiki

User Tools

Site Tools

Differences

Page Tools