Table of Contents

Avance III 400 MHz - Instal·lació del Topspin 3.6.3

Instal·lació del Topspin 3.6.3

Instal·lo el TopSpin 3.6.3 a partir del fitxer d'instal·lació descarregat al maig i que vaig fer servir per instal·lar el programa a l'Avance III 600 MHz,

$ sh ./topspin-3.6.3-linux.sh 
Verifying archive integrity... All good.
Uncompressing TopSpin 3.6.3  100%  
NOTE: using DISPLAY=:0.0
Please enter root password if prompted for it.
Password: ******
NOTE: using DISPLAY=:0.0
NOTE: using TCL_LIBRARY=/tmp/selfgz158608332/linux/tcl-8.6.9/lib/tcl8.6
NOTE: using TK_LIBRARY=/tmp/selfgz158608332/linux/tk-8.6.9/lib/tk8.6
NOTE: running /tmp/selfgz158608332/linux/tk-8.6.9/bin/wish8.6 -f /tmp/selfgz158608332/xwinstall.d/swim/lib/xwinstall.tcl --
NOTE: using log file: /tmp/install.log

S'obre la finestra on es mostra el progrés de la instal·lació, i la finestra inicial de la instal·lació, on premo el botó Next per començar a instal·lar el TopSpin.

Selecciono que s'instal·lin tots els components,

i el directori on s'instal·larà el programa és,

Llavors trio que s'instal·li la versió completa del programa,

i que la carpeta del TopSpin s'afegeixi al global PATH.

Al pas següent accepto que nmrsu sigui el NMR Super User, i que es crei el compte d'usuari (la contrasenya del compte és l'habitual). Després em demana la contrasenya per NMR Administration i assigno l'habitual.

Accepto les altres carpetes d'instal·lació proposades pel programa d'instal·lació,

Defineixo ens3 com la connexió de xarxa a l'espectròmetre, i dic que es configuri el tallafocs.

A continuació comença el procés d'instal·lació de fitxers:

Es nota que el disc dur és d'estat sòlid (SSD) i que és molt més ràpid que un disc tradicional perquè en pocs minuts s'acaba la instal·lació i surt en pantalla el missatge “Installation finished with the following results”, i es mostra que s'han instal·lat tots els components del programa.

Per acabar premo el botó Finish i surto del programa d'instal·lació.

Posada en funcionament del TopSpin 3.6.3

Abans de posar en marxa el TopSpin per primer cop, comprovo que l'IPSO es pugui connectar a l'ordinador i descarregar-se el diskless.

Obro el programa Wireshark per capturar i examinar els paquets a la xarxa de l'espectròmetre i així comprovar l'activitat i detectar qualsevol problema que pugui aparèixer. El primer que veig és que l'IPSO pregunta per la IP 149.239.99.90, que coincideix amb l'adreçs definida al fitxer /etc/hosts,

# cat /etc/hosts
## 127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4
### ::1         localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6

127.0.0.1       localhost localhost.localdomain
158.109.54.214  cie-54-214.uab.es        cie-54-214       av3-400-sb

# The following lines are related to Bruker NMR spectrometers
# DO NOT REMOVE THEM.
#
# An older TS version?
# 149.236.99.99   spect

# TS 3.6.3
149.236.99.90   spect

149.236.99.1    ASP_ST2

[...]

i a Wireshark puc veure que ja s'estableix la correspondència entre adreça IP i MAC, i que l'IPSO sol·licita descarregar-se el seu sistema operatiu PXE/PXELinux, però que no ho aconsegueix, potser perquè cal configurar o activar el servidor o servei (tftp? bootparams?).

Comprovo l'estat de TFTP i, com que està inactiu, l'engego

# systemctl status tftp
● tftp.service - Tftp Server
   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled)
   Active: inactive (dead)
     Docs: man:in.tftpd

# systemctl start tftp

# systemctl status tftp
● tftp.service - Tftp Server
   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/tftp.service; indirect; vendor preset: disabled)
   Active: active (running) since Tue 2021-08-24 13:08:07 CEST; 2s ago
     Docs: man:in.tftpd
 Main PID: 22527 (in.tftpd)
   CGroup: /system.slice/tftp.service
           └─22527 /usr/sbin/in.tftpd -s /var/lib/tftpboot

Aug 24 13:08:07 cie-54-214.uab.cat systemd[1]: Started Tftp Server.

poc després el Wireshark mostra que l'IPSO aconsegueix connectar-se i descarregar-se el seu sistema operatiu, i es restableix la connexió entre l'ordinador i l'IPSO,

# ping -c 5 spect
PING spect (149.236.99.90) 56(84) bytes of data.
64 bytes from spect (149.236.99.90): icmp_seq=1 ttl=64 time=0.123 ms
64 bytes from spect (149.236.99.90): icmp_seq=2 ttl=64 time=0.153 ms
64 bytes from spect (149.236.99.90): icmp_seq=3 ttl=64 time=0.147 ms
64 bytes from spect (149.236.99.90): icmp_seq=4 ttl=64 time=0.157 ms
64 bytes from spect (149.236.99.90): icmp_seq=5 ttl=64 time=0.147 ms

--- spect ping statistics ---
5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 3999ms
rtt min/avg/max/mdev = 0.123/0.145/0.157/0.016 ms

Problema amb el PXE de l'IPSO

Quan vaig a l'adreça web de l'IPSO (http://149.236.99.90) surt el missatge

PXES on IPSO
Under construction.

System information    PXES variables    Boot messages    Administration

i quan clico a l'enllaç Administration, surt

                           IPSO Service Web
                                  Main
                          Version: Diskless 3.6 3


Fatal error: Unknown action (undefined)

Aquest error ja sortia amb la versió anterior. Després de consultar el registre de missatges del PXE, se m'ocorre que potser l'error té a veure amb la connexió via port sèrie. Desconnecto el cable sèrie del port TTY0 de l'IPSO, el reinicio, i aquest cop puc accedir a l'aplicació web de gestió de l'IPSO

                           IPSO Service Web
                                  Main
                          Version: Diskless 3.6 3

* Information
* Administration
* RS Devices
* Function Test
* Help

                                 →Main

   Main | Information | Administration | RS Devices | Function Test | Help

                         ©BRUKER BIOSPIN GMBH

Particions a l'antic disc dur del 400SB

Abans de continuar, munto les particions que hi ha a l'antic disc dur per tal de poder accedir als fitxers de configuració del TopSpin i a les carpetes de dades,

# pvscan
  PV /dev/sdc5   VG cie-55-31-vg        lvm2 [<465.52 GiB / 5.98 GiB free]
  PV /dev/sda2   VG centos_cie-54-214   lvm2 [<464.76 GiB / 4.00 MiB free]
  Total: 2 [<930.28 GiB] / in use: 2 [<930.28 GiB] / in no VG: 0 [0   ]

# vgscan
  Reading volume groups from cache.
  Found volume group "cie-55-31-vg" using metadata type lvm2
  Found volume group "centos_cie-54-214" using metadata type lvm2

# lvscan
  ACTIVE            '/dev/cie-55-31-vg/root' [<8.38 GiB] inherit
  ACTIVE            '/dev/cie-55-31-vg/var' [2.79 GiB] inherit
  ACTIVE            '/dev/cie-55-31-vg/swap_1' [<8.00 GiB] inherit
  ACTIVE            '/dev/cie-55-31-vg/tmp' [380.00 MiB] inherit
  ACTIVE            '/dev/cie-55-31-vg/home' [400.00 GiB] inherit
  ACTIVE            '/dev/cie-55-31-vg/opt' [40.00 GiB] inherit
  ACTIVE            '/dev/centos_cie-54-214/swap' [7.50 GiB] inherit
  ACTIVE            '/dev/centos_cie-54-214/home' [407.25 GiB] inherit
  ACTIVE            '/dev/centos_cie-54-214/root' [50.00 GiB] inherit

Edito el fitxer /etc/fstab i afegeixo les línies,

## 20210824 - MCE - Munto provisionalment les particions de l'antic
##                  disc dur per poder accedir a les carpetes de
##                  configuració del tospin i a les carpetes de dades.
##                        
/dev/mapper/cie--55--31--vg-home    /mnt/old-400sb-home    ext4    ro,defaults    0 0
/dev/mapper/cie--55--31--vg-opt     /mnt/old-400sb-opt     ext4    ro,defaults    0 0
/dev/mapper/cie--55--31--vg-root    /mnt/old-400sb-root    ext4    ro,defaults    0 0
/dev/mapper/cie--55--31--vg-var     /mnt/old-400sb-var     ext4    ro,defaults    0 0

## no cal muntar les antigues particions swap i tmp
##
## cie--55--31--vg-swap_1          
## cie--55--31--vg-tmp

i llavors munto les particions (ignoro els avisos de SELinux perquè no tinc intenció de modificar el contingut d'aquestes particions, per això les munto read-only),

# mount -v /mnt/old-400sb-home/
mount: /mnt/old-400sb-home does not contain SELinux labels [...]
mount: /dev/mapper/cie--55--31--vg-home mounted on /mnt/old-400sb-home.

# mount -v /mnt/old-400sb-root/
mount: /mnt/old-400sb-root does not contain SELinux labels [...]
mount: /dev/mapper/cie--55--31--vg-root mounted on /mnt/old-400sb-root.

# mount -v /mnt/old-400sb-var/
mount: /mnt/old-400sb-var does not contain SELinux labels [...]
mount: /dev/mapper/cie--55--31--vg-var mounted on /mnt/old-400sb-var.

# mount -v /mnt/old-400sb-opt/
mount: /mnt/old-400sb-opt does not contain SELinux labels [...]
mount: /dev/mapper/cie--55--31--vg-opt mounted on /mnt/old-400sb-opt.

# df -hl
Filesystem                            Size  Used Avail Use% Mounted on
devtmpfs                              3.7G     0  3.7G   0% /dev
tmpfs                                 3.7G   59M  3.7G   2% /dev/shm
tmpfs                                 3.7G  9.6M  3.7G   1% /run
tmpfs                                 3.7G     0  3.7G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/mapper/centos_cie--54--214-root   50G   13G   38G  25% /
/dev/sda1                            1014M  237M  778M  24% /boot
/dev/mapper/centos_cie--54--214-home  408G  1.4G  406G   1% /home
tmpfs                                 751M   48K  751M   1% /run/user/1000
/dev/mapper/cie--55--31--vg-home      394G  206G  169G  55% /mnt/old-400sb-home
/dev/mapper/cie--55--31--vg-root      8.2G  4.2G  3.6G  55% /mnt/old-400sb-root
/dev/mapper/cie--55--31--vg-var       2.7G  910M  1.7G  36% /mnt/old-400sb-var
/dev/mapper/cie--55--31--vg-opt        40G  6.4G   31G  18% /mnt/old-400sb-opt

Posada en marxa del TopSpin

Poso en marxa per primer cop el TopSpin i detecta la consola i arrenca amb la “spectrometer service license”,

$ topspin
TopSpin 3.6.3  -  Copyright (C) 2021 Bruker BioSpin GmbH
Installation directory: "/opt/topspin3.6.3"
Waiting for CodeMeter license

2021-08-24 13:32:12.790 +0200
Cannot checkout TopSpin CodeMeter license
No matching license entry found for feature "TOPSPIN3" mapped to product code 1011013000 .
CmContainer Entry not found, Error 200.

CodeMeter Runtime Version: 7.10.4196
empty CodeMeter Server Search List Configuration

      If your workstation controls the spectrometer,
      you may run the program without license.
      This requires the acquisition server to be ready.

checking connection to spectrometer (may last several minutes)
CPR : 2021-08-24 13:32:14.290 +0200 
      TopSpin is currently running under
      the spectrometer service license.
      Please apply to receive a correct
      license for your workstation
      using the online license form:
      https://www.bruker.com/nmr_license_requests.html

Configuració de l'espectròmetre

Un cop es posa en marxa el TopSpin, s'obre una finestra on posa que cal executar cf i després expinstall per completar la instal·lació.

Executo cf, trio crear un nou espectròmetre, i aprofito l'opció d'importar una configuració anterior per importar el fitxer creat a la darrera instal·lació (carpeta /run/media/sermnadmin/1b902ee2-c0bc-4868-9b8b-f4d714bd19cf/topspin3.6.1) que es guardarà a la carpeta /opt/topspin3.6.3/conf/instr/topspin3.6.1.

però quan provo a editar, em dona un error perquè no es pot connectar a la DRU ja que la xarxa de l'espectròmetre està caiguda.

Crec que la millor solució serà reiniciar l'ordinador i que configuri la xarxa correctament.

Després de reiniciar-ho el problema amb la xarxa externa persisteix, però la xarxa de l'espectròmetre està configurada. Tanmateix, quan engego el TopSpin no detecta l'IPSO, de forma que el reinicio, i poc després ja el detecta i el TopSpin es posa en marxa.

Executo cf i trio la configuració d'espectròmetre importada Avance III 600 (configured in spect), la carrega i vaig passant pàgines alhora que comprovo que no surti cap missatge d'error.

Problemes:

Després de repetir cf, el contingut del fitxer uxnmr.info és semblant al de la darrera instal·lació.

Fitxer "uxnmr.info"

# cat uxnmr.info 
CONFIGURATION INFORMATION
=========================

Path         : /opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.info
Date         : Tue Aug 24 17:18:18 2021
Release      : TopSpin 3.6.3
Installed in : /opt/topspin3.6.3
Host         : cie-54-214.uab.cat
OS           : CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)
CPU          : Intel(R) Xeon(R) CPU E3-1246 v3 @ 3.50GHz (8 cores at 3500 MHz with Hyperthreading)
User         : sermnadmin (SeRMN Staff)
System       : Avance III 400 NMR spectrometer
1H-frequency : 400.13 MHz
Description  : Avance III 400 MHz SB - SeRMN, UAB
Configured in: cie-54-214.uab.cat:/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect

IPSO: connected to spectrometer subnet
- TCP/IP address = 149.236.99.90
 - IPSO type: AQS
- Tctrl : 1
- Fctrls: 2
- Gctrl1: with digital preemphasis
- Rctrl : 1
- FREDs : none
- DPP : 1

DRU1: AQS DRU Z100977/00582 ECL 04.00
- TCP/IP address = 149.236.99.89
- Firmware Version = 170619
- DRU1 controls AQS-Rack and HPPR/2

AQS: connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
  _Slot_ SBSB _____________________Board_____________________
  Number Addr Type HW-VS FW-VS ID  ECL Name   Description
  -----------------------------------------------------------
     2   0x10 0x72   0x3    AW  R  3.0 REC-1  AQS RXAD400 Z102116/705 ECL 03.00
     3   0x34  0x2   0x1        X  5.0 REF-1  REF-400 Reference Board for AQS Receiver
     4   0x24 0x11   0x8    AE  S  2.0 SGU-1  AQS SGU/2 400 Z103080/00351 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
     5   0x25 0x11   0x8    AE  S  2.0 SGU-2  AQS SGU/2 400 Z103080/00340 ECL 02.00 FPGA-Vs=AF
     9   0x36  0x5     0        A  6.0 BLA-1  BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817 ECL 6
    21   0x21 0xcf     0        P  1.0 PSD-1  PSD/3 Power Supply Distribution Board
    --   0x20 0xd1     0        B  2.0 MASTER AQS/3 Chassis
     1   0x20  0x7     0        B      MASTER AQS Rack Master
  Logical Receiver/SGU configuration:

Router: 1 AQS-Minirouter

Amplifiers (AQS configuration):
  RO  Amplifier  Module  Nucleus  Power/W  Switchbox Name PN/SN/FW
   1      1         1        B      150    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
   2      1         2        B       60    N         BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817/-
   3      2         1       2H       20    N         2HTX in BSMS -/-/-

Gradient amplifiers at the spectrometer subnet:
----------------------------------------------
BGA1: BGA_W1213891_0040
- TCP/IP address   = 149.236.99.92
- Firmware version = 20080206
- Web version      = 1.1
- Current limits   = 0.0/X, 0.0/Y, -10.0/Z (in A)

BSMS: BSMS/2 connected to ethernet
- TCP/IP address = 149.236.99.20
- ELCB firmware version = 20150423
- SCB channels = 20
- Shim System = BOSS1-SB
- 2HTX Amplifier: available
- Lock: installed

MAS2 control unit: connected to 149.236.99.90:/dev/tty05
- Boot Software        : 20031216
- Application Software : 20120329
- Insert Time          : 10 s
- Eject Time           : 10 s
- Spin Lock Tolerance  : 5 Hz

Eurotherm VTU: device connected to 149.236.99.90:/dev/tty04

Preamplifiers :
HPPR2: - HPPR/2 preamplifier connected to 149.236.99.89:/dev/tty10
    Type      : HPPR/2
    Controller: Cover/1 with Application firmware = AQ
                15 LEDs for tuning, 15 LEDs for matching
    Module  1 : 1H/2H 1H (virtual 50 Ohm reference: 274.9%/85.9deg)
                PN=Z003959, SN=00418 from 20070319
    Module  2 : 1H/2H 2H (virtual 50 Ohm reference: 116.6%/-71.1deg)
                PN=Z003959, SN=00418 from 20070319
    Module  3 : XBB19F 2HS
                PN=Z003504, SN=00415 from 20070425

Gradient Controller cable connections
--------------------------------------------------------------------
GCtrl1: connected via DPP to GREAT 1-10 Gradient Amplifier Unit W1213891/0040

RF cable connections (assumed)
--------------------------------------------------------------------
SGU1 NORM output -> input 2 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817)
SGU1 AUX  output -> input 1 of transmitter 2 (2HTX in BSMS)
SGU2 NORM output -> input 3 of transmitter 1 (BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817)
SGU2 AUX  output -> TUNE signal input of HPPR

Blanking cable connections (assumed)
--------------------------------------------------------------------
transmitter 1 = BLA2BB 150/60 20-400 W1345049/1817:
- amplifier B-150W uses blanking 1
- amplifier B-60W uses blanking 2

transmitter 2 = 2HTX in BSMS:
- amplifier 2H-20W uses blanking 3

Fitxers de configuració de les connexions RS232

La configuració de les connexions per port sèrie (RS232) també coincideix amb la del mes de maig,

# for FILE in ./rs232_device/*
> do
> echo $FILE
> cat $FILE
> echo
> done

./rs232_device/aqs
# TOPSPIN alpha TTY configuration file
# created automatically by 'cf'
# do not edit, changes are lost after next 'cf'
unit   = AQS
host   = 149.236.99.89
device = /dev/tty10
type   = RS485
stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal

./rs232_device/mas
# TOPSPIN alpha TTY configuration file
# created automatically by 'cf'
# do not edit, changes are lost after next 'cf'
unit   = MAS control unit
host   = 149.236.99.90
device = /dev/tty05
type   = RS232
stty   = 9600 cs8 cstopb hupcl cread clocal ignpar istrip igncr isig icanon noflsh

./rs232_device/mas2
# TOPSPIN alpha TTY configuration file
# created automatically by 'cf'
# do not edit, changes are lost after next 'cf'
unit   = MAS2 control unit
host   = 149.236.99.90
device = /dev/tty05
type   = RS232
stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal

./rs232_device/preamp1
# TOPSPIN alpha TTY configuration file
# created automatically by 'cf'
# do not edit, changes are lost after next 'cf'
unit   = HPPR/2 preamplifier
host   = 149.236.99.89
device = /dev/tty10
type   = RS485
stty   = 9600 min 1 time 50 cs8 hupcl cread clocal

./rs232_device/temp
# TOPSPIN alpha TTY configuration file
# created automatically by 'cf'
# do not edit, changes are lost after next 'cf'
unit   = Eurotherm VTU
host   = 149.236.99.90
device = /dev/tty04
type   = RS232
stty   = 9600 time 5 parenb cs7 cread clocal istrip