====== Base de dades de metabolòmica SBASE 1-2-2 ======
L'any 2007 el SeRMN va sol·licitar un ajut per la compra d'un base de dades de metabonòmica a la convocatòria de [[http://www10.gencat.net/agaur_web/ | l’Agència de Gestió d’Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR)]] per a atorgar [[http://www10.gencat.net/agaur_web/AppJava/a_beca.jsp?categoria=recerca&id_beca=12321 | ajuts per a equipament i infraestructura destinats a la recerca (PEIR - DGR 2007)]]. La petició es va resoldre favorablement amb la concessió de l'ajut PEIR07-B-00010-50. L'any 2008 es va executar la compra a l'empresa Bruker Española, S.A., compra que va incloure,
* la base de dades BBIOREFCODE 2-0-0
* una llicència flotant del programa [[http://www.bruker-biospin.com/amix.html | Amix]], i
* una llicència del programa [[http://www.perchsolutions.com/products/PERCH%20Tools%20for%20BRUKER%a0Software.html | PERCH Tools for BRUKER Software.]]
La llicència de l'AMIX inclou una llicència de la base de dades SBASE 1-1-2 que hi ha al DVD del Topspin 2.5.
===== SBASE 1-1-2 =====
==== Organització de la base de dades ====
El contingut de la base de dades s'organitza en carpetes de la següent forma,
sbase-1-1-2
504 directories
on
* les carpetes **docu** i **info** no contenen cap fitxer,
* la carpeta **pat** conté els següents fitxers,
- 1D.med
- cosygs.med
- invchlr.med
- invch.med
- invchmod.txt
- jresa.med
- pattern1.med
- pattern_file.txt
- pattern_hasc.med
- tocsyph.med
* i la carpeta **ref** conté 500 carpetes, cadascuna de les quals conté les **dades espectroscòpiques** d'un dels 500 metabòlits que composen la base de dades.
==== Compostos a la base de dades ====
Aquest és l'informe generat per l'AMIX del contingut de la base de dades:
SBASE statistics
Thu May 28 12:00:11 2009
host : C2-135AR08
user : sermnuab
spectra base : C:/SBASE-1-1-2/
-----------------------------------------
compounds : 107
compressed 1D spectra : 422 (total size = 1.60 Mb, originally 76.8 Mb)
crypted 1D spectra : 422
compressed 2D spectra : 256 (total size = 2.94 Mb, originally 375.5 Mb)
crypted 2D spectra : 256
list of compounds (1D 2D MOL)
adipicacid 4 5 1 C6H10O4 146.06
adipicacid-2-amino 6 0 1 C6H11O4N 161.07
adrenaline-r 4 5 1 C9H13O3N 183.09
alanine 4 3 1 C3H7O2N 89.05
anthranilicacid-3-hydroxy 2 0 1 C7H7O3N 153.04
arabitol-d 4 5 1 C5H12O5 152.07
arginine 8 3 1 C6H14O2N4 174.11
ascorbicacid 4 5 1 C6H8O6 176.03
butyricacid-3-hydroxy 4 3 1 C4H8O3 104.05
butyricacid-4-amino 6 6 0
choline 4 4 1 C5H14ON 104.11
citrulline 11 2 1 C6H13O3N3 175.10
cysteicacid 1 0 0
cystine-d,l 7 3 1 C6H12O4N2S2 240.02
erythritol 4 3 1 C4H10O4 122.06
ethanol-2-amino 4 6 1 C2H7ON 61.05
ethionine 3 0 1 C6H13O2NS 163.07
folicacid 2 0 1 C19H21O5N7 427.16
fructose 3 2 6 C6H12O6 180.06
fucose 2 2 0
fucose-d 0 1 2 C6H12O5 164.07
fucose-l 0 1 2 C6H12O5 164.07
fumarate 3 0 2 C4H2O4Na2 159.97
galactopyranoside-b-D-1-o-methyl 8 6 3 C6H12O6 180.06
galactosamine-d+ 4 3 0
galactose 4 1 0
glucono-1,5-lacton-l 0 2 1 C6H10O6 178.05
glucopyranose-D-3-o-methyl 4 1 4 C6H12O6 180.06
glucose 4 5 2 C6H12O6 180.06
glucuronicacid 8 4 2 C6H10O7 194.04
glutamicacid 3 2 2 C5H9O4N 147.05
glutaricacid 2 1 1 C5H8O4 132.04
guanidinoaceticacid 1 0 0
guanidinosuccinicacid 6 0 0
histamin2HCl 2 0 1 C5H9N3 111.08
histidine 9 3 2 C6H9O2N3 155.07
homoarginine 4 0 0
hydroxyproline 9 2 0
hypoxanthine 2 0 0
indoxylsulfate-3 4 0 0
inositol-myo 4 5 0
isobutyricacid-a-amino 6 2 0
isocitricacid-d,l 6 6 1 C6H8O7 192.03
isoleucine-d,l 6 1 0
isovalericacid-d,l-2-hydroxy 6 6 0
kynurenine-d,l 2 0 0
lactate 2 3 0
leucine 9 2 0
lysine 2 2 0
lysine-5-hydroxy-d,l 6 6 0
lyxose-d 6 2 0
malate 2 0 0
malicacid-d,l 4 4 1 C4H6O5 134.02
maltotriose 6 6 0
mandelicacid-m-hydroxy-d,l 2 0 0
mannitol-d 3 5 0
mannoheptulose-d 4 4 0
mannose-d 4 3 0
methionine 6 3 0
methylamine 2 0 0
mevalonicacid 2 1 0
nicotinamide-1-methyl 10 2 0
nicotinuricacid 2 0 0
norleucine 5 1 0
phenylaceticacid-m-OH 2 0 0
phenylaceticacid-o-OH 1 0 0
phenylaceticacid-p-OH 8 2 0
phenylalanine 6 3 0
phenyllacticacid-d,l-p-OH 8 2 0
picolinicacid 6 2 0
piperidine 4 4 0
proline 10 2 0
pyridoxine 2 0 0
rhamnose-d,l 4 5 0
ribitol 4 5 0
ribofuranose-a 0 1 0
ribofuranose-b 0 1 0
ribopyranose-a 0 1 0
ribopyranose-b 0 1 0
ribose 2 4 0
saccharicacid-d 6 0 0
saccharose 4 5 0
sebacicacid 2 0 0
serine 4 3 0
shikimicacid 2 0 0
sorbitol-d 4 5 0
spermidine 3 4 0
spermine 3 4 0
succinicacid 2 0 0
tartaricacid 2 1 0
taurine 6 6 0
threonine 9 3 0
thymine 2 0 0
trimethylamine-n-oxide 2 0 0
tryptamine 0 1 0
tryptophane 4 3 0
tyramine 8 6 0
tyrosene 4 4 0
uracil 4 4 0
valine 11 3 1 C5H11O2N 117.08
vitamin-b12 1 2 0
xanthine 1 0 0
xanthurenicacid 4 6 0
xylitol 2 3 0
xylopyranose-a-d 0 1 0
xylopyranose-b-d 0 1 0
xylose 4 5 0
===== AMIX =====
Aquest programa fa servir el mateix software gestor de llicències que el Topspin, és per això que es va demanar una llicència flotant que permet executar el programa AMIX a qualsevol ordinador autoritzat (caldrà comprovar cóm restringir l'accés al servidor de llicències).
===== PERCH Tools for BRUKER Software =====
Al lloc web de l'empresa desenvolupadora trobareu una [[http://www.perchsolutions.com/products/PERCH%20Tools%20for%20BRUKER%a0Software.html | descripció breu del programa]] i unes senzilles [[http://www.perchsolutions.com/Downloads/install.html | instruccions d'instal·lació]] on s'explica com obtenir la llicència d'ús del programa.
Aquest programa només està disponible per Windows i la llicència només és vàlida per l'ordinador en que s'instal·la.
Sortosament, hi ha una versió gratuïta "The LITE-Edition covering most of the features of previous version is now FREEWARE for academic users." Per més informació consulta [[http://www.perchsolutions.com/sales/sales.html | la pàgina de vendes]] o la pàgina que compara les [[http://www.perchsolutions.com/sales/licenses.html | característiques de les versions disponibles.]]
===== Ordinador DataAnalysis/AMIX =====
Els programes AMIX, Perch Tools i les bases de dades BBIOREFCODE i SBASE s'han instal·lat en un ordinador disponible pels usuaris del SeRMN. La [[administracio_sermn:amix-computer_configuracio | configuració d'aquest ordinador]] es pot consultar a la Intranet del SeRMN.