====== Avance III 400 MHz SB - Configuració del TopSpin ======
Aquesta és la llista de tasques de configuració a rer per completar la instal·lació i configuració del TopSpin:
* :ok: edprobe
* copiar els fitxers de configuració de les sondes i seleccionar la sonda TBI que està muntada
* :ok: expinstall
* copiar els parameter sets ''~/par/user''
* :ok: prosol
* copiar els valors de la darrera instal·lació.
* :ok: pulse programs
* copiar els fitxers de la darrera instal·lació.
* :ok: pulse shapes
* copiar els fitxers de la darrera instal·lació.
* :ok: compilació dels programes AU amb ''cplbruk all'' i ''cpluser all''
* :fail: Variable Temperature Unit (VTU) & EdTE
* la comanda ''edte'' dona un error i la finestra de control de la VTU s'obre però no conté res.
* **Aquest error es resol instal·lant la versió 3.6.4 del TopSpin.**
* :ok: topshim
* no es pot executar fins que es defineixin els pulsos de 2H al PROSOL
===== Edprobe =====
Les tres sondes disponibles per aquest espectròmetre són,
^ Nickname ^ Probe ID ^ Description ^
| 1H+BB+Fluor - ATMA | Z104450 / 0188 | PA BBO 400S1 BBF-H-D-05 Z |
| OLD 1H+BBI (19F-109Ag) | Z8202 / 0003 | 5 mm BBI-1H/D Z-GRD Z8202/0003 |
| 4 mm HRMAS 1H/13C/31P | B3748 / 0321 | 4 mm HRMAS 1H/13C/31P-2H Z-GRD B3748/0321 |
La segona (OLD 1H+BBI) és la que està muntada però el TopSpin no la detecta perquè no té PICS. Per configurar-les, copio els fitxers de configuració de l'anterior instal·lació i comprovo que apareixen a ''edprobe''. Llavors selecciono la sonda OLD 1H+BBI com a sonda actual (''Set as current''), i comprovo i guardo la configuració de les connexions (''Edit RF Connections'').
Els fitxers de configuració actuals són,
# pwd
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/probeheads
# ls -l
total 48
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9584 Aug 25 09:53 B3748_0321.par
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 15 Mar 2 2020 curprobe
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 3061 Mar 2 2020 Z104450_0188.bb
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9854 Aug 25 09:51 Z104450_0188.par
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 1314 Mar 2 2020 Z104450_0188.ph
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 9585 Aug 25 09:56 Z8202_0003.par
===== Expinstall =====
Executo la comanda ''expinstall'' per copiar i configurar els //parameter sets// a les especificacions de l'espectròmetre. Les opcions triades són:
* Select the type of acquisition: High Resolution Systems
* Available spectrometer or datastation copnfigurations
* Select the configuration you want to use: spect
* Select the items you want to install
* Install Pulse Programs
* Install Bruker AU Programs
* [unchecked] Recompile All User AU Programs
* Install Library CPD Programs
* Install Library Gradient Files
* Install Library Shape Files
* Convert Standard Parameter Sets
* Install Standard Scaling Region Files
* Install Bruker Python Programs
* Select the basic frequency of your spectrometer
* Basic Frequency: 400.13
* Select the pre-scan delay DE
* Default pre-scan-delay (us): 6.5
* Select the plotter paper format
* Paper format: A4 / Letter
===== Còpies de seguretat automàtiques =====
==== Fixers de configuració del TopSpin ====
Configuro i activo l'opció de crear còpies de seguretat automàtiques de la configuració del TopSpin amb les següents opcions:
* SAVE INSTALLATION FILES
* Location of backup file: ''/opt/topspin3.6.3/nmr_backup
* Installation to be saved (TopSpin home): ''/opt/topspin3.6.3
* Spectrometer configuration (e.g. spect): ''spect''
* Display default informaiton: checked
* Display additional informaiton: unchecked
* Execute "Save installation specific files" periodically: [Automatic Backup]
Deixo les opcions per defecte i es crea el cron-job que periòdicament farà una còpia dels fitxers de configuració.
Quan surto es compila el programa AU ''nmr-save'' i es crea la primera còpia de seguretat.
El contingut de les còpies de seguretat es pot veure al fitxer de registre
retrieving path to diskless (may take some time)...
found /usr/diskless
prepare backup: Copy /usr/diskless/prog/logfiles to /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/tmp_backup_dir/logfiles
extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/
=>
extract and backup /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/wb/
now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/conf/instr/servtool/bsmstool/boss/wb/...
[...]...
Every file of the following directories will be saved:
/opt/topspin3.6.3/QTP/
/opt/topspin3.6.3/conf/global/
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/...
[...]
/opt/topspin3.6.3/db/user/
/opt/topspin3.6.3/data/final/nmr/protocolfiles/
Additionally the following files will be saved (if existing):
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.par
/opt/topspin3.6.3/conf/instr/spect/uxnmr.info
[...]
/opt/topspin3.6.3/prog/server/export.conf
------------------------------------------------------------------
start to generate back-up copy...
Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/completeDirectories.zip1...
[...]
Backing up of NMR data was successful!
The backup file
/opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_20210824-1726.zip
has been generated!
####################################
==== Fixers dels usuaris ====
Configuro l'opció de crear còpies de seguretat automàtiques de la configuració del TopSpin amb les següents opcions:
* SAVE USER FILES
* Location of backup file: ''/opt/topspin3.6.3/nmr_backup''
* Overwrite existing backup file unchecked
* Display default information: checked
* Display additional information: unchecked
* Execute ''Save user files'' periodically:
premo el botó [Automatic Backup] i s'obre una nova finestra amb els paràmetres de la tasca automàtica. Deixo les opcions per defecte i es crea el cron-job que periòdicament farà una còpia dels fitxers de configuració.
Quan surto es compila el programa AU ''nmr-save'' i es crea la primera còpia de seguretat.
El contingut de les còpies de seguretat es pot veure al fitxer de registre
retrieving path to diskless (may take some time)...
found /usr/diskless
Every non-Bruker file in /home/sermnadmin/.topspin-cie-54-214.uab.cat/ will be saved:
Every non-Bruker file in /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/ will be saved:
now extracting from dir /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/au/src/...
Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/extractedDirectories.zip1...
[...]
Now writing zip file /opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210812-1137.zip...
####################################
Backing up of NMR data was successful!
The backup file
/opt/topspin3.6.3/nmr_backup/nmr_backup_sermnadmin_20210826-1027.zip
has been generated!
####################################
===== Còpia dels fitxers de PROSOL =====
Copio els fitxers que hi ha a la carpeta ''~topspin/conf/instr/spect/prosol'' de la darrera instal·lació del TopSpin, la 3.6.1.
===== Còpia dels fitxers a les carpetes "~topspin/exp/stan/nmr/*/user/" =====
Copio els fitxers que hi ha a les carpetes ''exp/stan/nmr/*/user/'' de les dues darreres instal·lacions del TopSpin, la 3.6.1 instal·lada al maig perquè és la més recent, i la 3.5 per si de cas conté algun fitxer que no es va importar a la 3.6.1.
==== exp/stan/nmr/au/src/user ====
* Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1
* **PENDENT** Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6
==== exp/stan/nmr/par/user ====
* Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1
* **PENDENT** Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6
==== exp/stan/nmr/py/user/ ====
* Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1
* **PENDENT** Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6
==== exp/stan/nmr/lists/ (multiples carpetes) ====
* Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.6.1
* **PENDENT** Copio els fitxers de /mnt/old-opt/topspin/3.5pl6
===== Compilació dels programes AU =====
Executo les comandes ''cplbruk all'' per compilar els programes AU de Bruker, i ''cpluser all'' per compilar els de la carpeta ''user''. També es pot fer servir la comanda ''compileall'' per compilar-los tots alhora.
===== Configuració dels paràmetres del client i sistema =====
Comprovar i/o completar les dades
Un cop completada la configuració del TopSpin amb la comanda ''cf'', a la finestra de //Additional Setups - Important// executo la comanda ''Edcstm'' per entrar la informació sobre el sistema i el client:
^ Customer Info ||
^ Customer Name * | Servei de Ressonància Magnètica Nuclear |
^ Operator Name | --- |
^ Company * | Universitat Autònoma de Barcelona |
^ Address | Edifici C, Campus de Bellaterra s/n |
^ Postal Code | 08193 |
^ City * | Cerdanyola del Vallès |
^ Country * | Catalunya (Spain) |
^ Phone Contact Customer * | +34 93 581 2291 |
^ Mobile | --- |
^ Fax | --- |
^ E-Mail * | |
^ Bruker Info ||
^ Engineer * | Òscar Benítez |
^ Office * | Bruker Española, S.A. |
^ Central Hotline Phone * | +34 686 944 920 |
^ Central Hotline E-Mail * | |
^ System Info ||
^ Order No. * | Instal·lat al 1993 |
^ Contract Service No | --- |
^ System Type | Avance III 400 MHz SB - SeRMN, UAB |
^ Console Part and Serial No | H03128OB / Var 0.00 & 0122 / ECL 01 |
^ Coil | BZH 161 40 70B |
^ Dewar | D 105 52 1275 |
^ Shim System Offset * | 769 mm from magnet top / 768 mm |
^ Shim System Angle | --- |
^ CryoProbe Order No. | --- |
^ Location | Servei de Ressonància Magnètica Nuclear |
^ Register No. | |
* Required Fields
===== Finestra de la BSMS Tool =====
Obro la finestra de la BSMS Tool sense problemes, la configuro perquè es mostri com finestra externa
* ''Config / External checked''
i la moc a la seva ubicació final al monitor secundari. Llavors mesuro el nivell d'heli actual i comprovo que la BSMS Tool funciona.
===== Finestra del senyal de lock =====
Obro la finestra "LOCK Signal Display" sense problemes. Ja està configurada com finestra externa, o sigui que només l'he de moure a la seva ubicació al monitor secundari.
===== Lectura del fitxer de shims =====
Executo la comanda ''rsh'' per carregar un dels fitxers de shims més actuals. s'0bre la finestra per seleccionar el fitxer a carregar, trio un i el TopSpin el llegeix sense problemes.
===== TopShim =====
Un cop configurat PROSOL, executo la comanda ''topshim'' i funciona sense problemes.
===== PROBLEMA - Unitat de temperatura (VTU) =====
Provo d'obrir amb la comanda ''edte'' la finestra de control de la Unitat de temperatura (VUT) i em dona un error,
Command table does not exist
cmdtab_edte.prop
(Original message = Command table does not exist
cmdtab_edte.prop)
====================================================
25 August 2021 15:13:17.353 +0200
Topspin Version = TopSpin 3.6.3 (of 2021-01-04 15:18:28),build 311
OS Name = Linux 3.10.0-1160.25.1.el7.x86_64
JVM Version = 1.8.0_202 (32 bit) Oracle Corporation
JVM Total memory = 235 MB
JVM Free memory = 155 MB
Command table does not exist
cmdtab_edte.prop
java.lang.reflect.InvocationTargetException
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.executeMethod(CmdThreadImpl.java:652)
at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.doJmethod(CmdThreadImpl.java:565)
at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.exec(CmdThreadImpl.java:514)
at de.bruker.nmr.mfw.base.CmdThreadImpl.run(CmdThreadImpl.java:494)
Caused by: de.bruker.nmr.mfw.base.CommandTableDoesNotExistsException: Command table does not exist
cmdtab_edte.prop
at de.bruker.nmr.mfw.base.Comint.(Comint.java:91)
at de.bruker.nmr.sc.vtu.ContPanel.(ContPanel.java:81)
at de.bruker.nmr.sc.vtu.Starter.createApplFrame(Starter.java:176)
... 8 more
i la finestra que s'obre no conté res. Comprovo que hi ha un fitxer amb aquest nom
# ls -l /opt/topspin3.6.3/classes/prop/cmdtab_edte.prop
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 2427 Jan 4 2021 /opt/topspin3.6.3/classes/prop/cmdtab_edte.prop
Comprovo els permisos dels fitxers a ''/opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm'' i trobo que el fitxer ''EdteLogSettings.txt'' té permisos incorrectes,
# ls -ld /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/
drwxrwxrwx. 7 nmrsu nmrsu 95 Aug 25 11:08 /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/
# ls -l /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/
total 4
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 44 Jun 7 2019 config
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 6 Aug 23 13:47 corr
-rw-rw-rw-. 1 1003 1003 345 Aug 21 2019 EdteLogSettings.txt
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 6 Aug 23 13:47 hex
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 6 Aug 23 13:47 record
drwxrwxrwx. 2 nmrsu nmrsu 6 Aug 23 13:47 tcf
El corregeixo, però això no resol el problema,
# chown nmrsu:nmrsu /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt
# ls -l /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt
-rw-rw-rw-. 1 nmrsu nmrsu 345 Aug 21 2019 /opt/topspin3.6.3/exp/stan/nmr/lists/eurotherm/EdteLogSettings.txt
**Aquest error es resol instal·lant la versió 3.6.4 del TopSpin**
4.1 Bug Fixes in TopSpin
* SKB-230: Fixed an error in edte stating that BVT units were not supported
TopSpin. Release Letter 3.6.4- User Manual Version 003. July 19, 2021.
===== PENDENT: Instal·lació del gestor de llicències CodeMeter =====
Instal·lar el CodeMeter i preguntar a Bruker quin cost tindria aconseguir una llicència per l'espectròmetre.